为何新刊物Microbiome影响因子这么高？主编Jacques Ravel教授来告诉你
本文转载自"微生物组创新创业者"
在冷泉港亚洲会议期间，微生物组创新创业者协会对外国嘉宾进行了专访，一起来思考和品味协会发起人秦楠博士和海外项目负责人毛瑞芳博士都向大牛问了什么样的问题，以及大牛对微生物组的理解与看法。
这周我们发布马里兰大学医学院基因科学中心副主任、美国国立卫生研究院性传播疾病研究中心副主任、《Microbiome》主编Jacques Ravel教授的访谈录，看看Jacques 教授对高质量文章的要求以及自己团队的最新研究。
采访人：作为《microbiome》主编，什么样的稿件能引起您的兴趣？您对中国学者有什么建议哪？
Jacques 教授：主要是数据的质量，数据能否被别人所用，数据的质量和分析是否比较好，都是需要考虑的。自《Microbiome》影响因子出来后，我们收到很多的稿件，首先我们需要对稿件进行整理，然后分类淘汰，最后推荐最佳的稿件。很多稿件被拒稿的原因是稿件质量低，有些只做了些关联研究，也没讨论研究的意义是什么，好像就如同“嗯，我可以做，所以我做了；我有2个样品，我可以做呀！我们做到这里就停止了，没有后续研究了”。我认为如果想做一个研究，不仅需要大量数据，而且需要一系列的样品。到2050年全球人口不会减少，无论是环境还是医疗市场需求会越来越大，大量的研究需要意识到我们到底需要达到什么样的目的。
其次是研究的方法，如果仅仅只做16SrDNA测序，可以运用大量的分析方法，或做更多的体系和方法学验证，获得更多的功能。对待研究的态度，我们需要去服务、验证，而非强制关联。目前研究者还没有完全解开微生物的奥秘，如果不清晰自己的研究目的，就不会带来研究的益处和创造性，也就不能解决问题。
最后就是功能研究，大量研究实际上可以获得许多重要的结果及功能，还有一些发现会证实微生物是如何起作用的，我认为这是关键。写文章时，需要一个明确的方向，清晰的思路，不能强行关联，需要很好的功能验证，如果能达到这些，就可以写出一篇好文章。
采访人：您是马里兰大学的教授，还是主编，怎么协调2个工作的时间？
Jacques 教授：我花费较长时间在期刊工作上，因为需要保证高质量稿件，就需要对每篇稿件认真阅读，给投稿者提出建议，尤其是拒稿的时候要告诉投稿人原因，为什么不合适及文章存在哪些问题，这些需要花费许多时间。我每天工作时间超过8个小时，一周15个小时是要花在主编工作上。
采访人：《Microbiome》影响因子一出来就有9分，过去的几年里你们如何提升IF？
Jacques 教授：我认为主要是已发表文章的质量较高，作为一个小的编辑团队，我们明确需要什么样的稿件，知道如何保证稿件质量。我不太清楚是如何评估影响因子的，我们有很多文章被多次引用，可能与这相关。说实话我们不出版过多的文章，不想让团队感觉有压力，如果一年我们就收到20篇好文章，我们就按每年20篇出版，这样非常好。
采访人：您的期刊有个非常好的名字“Microbiome”，它聚焦环境和人体领域，您觉着一些老牌杂志如何？如Nature，Nature Biotechnology等。
Jacques 教授: Nature期刊也有微生物专刊，它有很多子刊，其中Nature Biotechnology是之一。我最感兴趣的是Nature旗下的微生物期刊，聚焦微生物学的前沿，里面有很多好文章。与老牌期刊相比，我们期刊是集中精力在一方面，努力收集环境、农业以及人体微生物方面的好文章。期刊之间的竞争是非常好的，会有大量的文章呈现，但竞争不能使稿件质量降低，不能只讲数量而忽视了质量。
采访人：从BMC处听说一些老的杂志不再看重影响因子了？您听说了吗？
Jacques 教授：我认为在美国影响因子并不能起到促进作用，研究者一般不会提起影响因子，除非说发表在Science、Nature上，人人都知道影响因子，而其他的期刊人们是不怎么看重影响因子，不会在简介上放影响因子，有些期刊网址上也不会显示影响因子。当然现在的体系并不完美，有些提出的解决办法也仅仅是隐藏问题而不能解决根本。Journal of Bacteriology 期刊是个非常好的杂志，我不清楚为什么他们的影响因子下降那么多。
采访人：我认为一些开放期刊，如PLOS ONE期刊,也有很多微生物前沿研究，但它们的影响因子上升的幅度较慢，期刊也比较容易发。
Jacques 教授：有很多好文章且并不是特别被人所知的期刊，当人们开始大量发表时，用PubMed搜索时还是那个分数，但是期刊持续这么做，你会发现会出现“科学污染”，好的科学被稀释，如果还是以日为单位发稿，那么它的影响因子将降为0.00。
采访人：Jacques教授，可以告诉我们一些您的团队的研究吗？是否有新的计划、新的进展？
Jacques教授:我们建立了肠道和女性生殖道微生物菌群的分型，同时做了许多流行病学的研究，证明了群体分型与性传播易感性疾病的关联，我们的工作主要集中在关联分析上，研究结果很好。现在的工作重点为微生物与性传播易感病寄主关系的研究，要证明微生物产生的什么产物影响寄主以及寄主对这些产物是如何应答的，如果想改变它们之间的关联来修复或起作用，我们需要改变微生物，改变其对寄主的作用。如果不理解微生物与寄主的关系，我们什么事情也做不了，这就是为什么我们要努力研究性传播易感病与肠道菌群关系,以及微生物对寄主的影响和寄主是如何应答的原因。
合影留念
毛瑞芳博士、Jacques Ravel教授、秦楠博士
猜你喜欢
10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑
文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”