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如何随意截断ggplot2图像的y轴?
The following article is from Chris生命科学小站 Author Chris Lou
gg.gap诞生记
“站长,小站工具qPCR在线分析功能非常好,但有些基因的表达量太高了,图做出来值非常大,能否想prism那样把y轴做个截断呢?”
ggplot2以及依赖它开发的包已经丰富,原以为在网络搜索一下肯定有解决方案,但谁曾想这样的需求真的没有找到完美的解决方案。
为了完善这个看起来很平常的功能,站长决定亲自操刀去写个包。
路不平,大神助
不管三七二一,画个草图先:
一顿野路子代码操作,beta版出来了:gg1gap和gg2gap这两个包只能完成bar图y轴切割,而截断数最多也就只能两段。
都能切什么图,切几段
#install
install.packages("gg.gap")
data(mtcars)
library(ggplot2)
p<-ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +
geom_bar() +
ggtitle("Number of Cars by Gear") +
xlab("Gears")
#single segments and missing tick_width
gg.gap(plot=p,
segments=c(5,10),
ylim=c(0,50))
#tick_width can be one or more numbers
gg.gap(plot=p,
segments=c(5,10),
tick_width = c(1,10),
ylim=c(0,50))
#segments list cantains more than one number vectors
gg.gap(plot=p,
segments=list(c(2.5,4),c(5,10)),
tick_width = c(1,0.5,10),
ylim=c(0,50))
#rel_heights can set the relative height for segments and segmented y-axis
gg.gap(plot=p,
segments=list(c(2.5,4),c(5,10)),
tick_width = c(1,0.5,10),
rel_heights=c(0.2,0,0.2,0,1),
ylim=c(0,50))
#reversed y-axis
p<-ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +
geom_bar() +
ggtitle("Number of Cars by Gear") +
xlab("Gears")+
scale_y_continuous(trans = 'reverse')
#single segments and missing tick_width
gg.gap(plot=p,
segments=c(10,5),
ylim=c(15,0))
#add.legend
library(ggplot2)
mtcars$gear <- factor(mtcars$gear)
bp <- ggplot(data = mtcars, aes(x = gear, fill = gear)) +
geom_bar() +
ggtitle("Number of Cars by Gear") +
xlab("Gears")
gg.gap(plot = bp,
ylim = c(0,16),
segments = c(6,8))
add.legend(plot = bp,
margin = c(top=1,right=1,bottom=1,left=460))
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