CheckM——国家微生物科学数据中心云工具
国家微生物数据中心推出免费的全套在线视频教程——微课堂,对近百个微生物组学数据分析工具进行详细介绍和手把手教学。让你迅速上手使用国家微生物科学数据中心推出的一站式在线分析平台。
国家微生物科学数据中心一站式生物信息分析云平台可提供包括生物信息在线分析工具、计算资源、公共参考数据的整合在线服务。用户无需任何编程基础,无需配置Linux操作系统,无需安装复杂的生物信息分析软件,无需下载庞大的生物数据库,只需在图形化界面进行简单点击操作,就能一键搞定生物数据分析。并且每项分析都可以自定义分析参数,实现在鼠标点击之间即可在国家微生物科学数据中心进行在线生物信息数据分析,挖掘出准确、详细、专业的分析结果,让更多领域内科研人员能更快、更高效、更自主的完成交互分析。
那么究竟如何快速使用这些分析工具进行线上数据分析呢,又在哪里能找到这些专业详细的分析工具教程视频和pdf版本使用说明呢,小编现在就带您一探究竟:
01
首先进入国家微生物科学数据中心首页www.nmdc.cn,选择分析工具的入口按钮,进入分析工具界面。
02
在分析工具主界面,选择工具进行使用,这里以CheckM为例。
03
点击CheckM工具的查看详情按钮进到CheckM的工具详情页,链接地址:http://www.nmdc.cn/analyze/details?id=60063a780b38496ee0c908b0
04
在CheckM工具详情页,用户可以看到使用帮助栏目的CheckM视频版使用教程和pdf版使用说明。点击CheckM使用教程可以直接观看在线视频教学。(CheckM视频课程链接:http://www.nmdc.cn/analyze/details/video?name=CheckM&type=analysis )
在国家微生物科学数据中心首页,点击微课堂查看更多,可以查看所有分析工具的视频教程。
微课堂中培训课程的链接地址:http://nmdc.cn/video
CheckM工具介绍
CheckM是用于评估分离出的微生物、单细胞和宏基因组的质量工具。
CheckM的工作流程如下图所示:
可视化工具:
如在使用分析工具的过程中有任何相关问题请联系网站下方服务邮箱、QQ或电话咨询。服务邮箱:nmdc@im.ac.cn;服务QQ: 3415782117; 联系电话:010-64806052。
下期预告 微课堂:SPAdes——国家微生物科学数据中心云工具,敬请关注。
来国家微生物科学数据中心http://nmdc.cn/,获取更多精彩内容。
官网:www.nmdc.cn
地址:北京市朝阳区北辰西路一号院3号中国科学院微生物研究所
电话:010-64806052
邮箱:nmdc@im.ac.cn
Q Q:3415782117
猜你喜欢
10000+:菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑
文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份,另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍未解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”