手把手教你做单基因GSEA分析，找目的基因的下游基因和下游通路。

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之前我们给大家分享了R语言绘制50种SCI插图的视频教程（点击免费下载）。

也将输入文件和代码分享出来了（点击下载）。

今天给大家免费分享的是：

“单基因GSEA分析的输入文件及代码”

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对话框输入关键词：单基因GSEA

一、前言：

咱们在科研的过程中经常苦于寻找某基因下游的信号通路，这时候单基因GSEA分析就可以为我们指点方向（范文：Nat Commun PMID: 31844113）。

比方说我有一个测序数据，其表达矩阵如下（行名是基因名，列名是对照组和分实验疾病组的样本名）：

那我们想知道TP53在这个疾病种发挥什么作用，具有什么样的功能。我们就可以做单基因的GSEA富集分析。从而得到一张结果表（如下）。那么，我们就知道了该基因高表达之后主要通过Human cytomegalovirus infection通路里面的HLA-B、GNAI1等基因发挥功能（nes是＞0）。如果是nes＜0，则结果相反。

这样，我们就知道这个基因的功能是啥了，它的下游分子是啥了。就非常实用。也会得到nes＞0的前5个通路和nes排名＜0的前5条可视化图。如下：

那这样就有利于我们继续开展研究了。其原理简单点说，就是将研究分子分成高低表达组后，从而得到跟这个分子关联的差异表达列表，从而进行 GSEA 分析，推测可能参与的信号通路。参考文献为：Nat Commun PMID: 31844113。

二、实操：

第1步、布置好输入文件+代码：

我们把输入文件+代码放在一个没有中文的文件夹下：

输入文件的矩阵格式如下：

第2步、运行万能代码：

这是万能代码哦，只要一键R运行即可（大概原理是根据该基因的表达中位数将样本分为高表达组和低表达组，随后差异分析，并且GSEA分析）。运行完之后，就出来了单基因GSEA富集分析的各种中间结果和最后结果文件：

1.DIFF_all文件就是单基因分组差异分析之后得到的结果文件；2.DIFF_heatmap是其对应的热图；3.DIFF_vol是其对应的火山图；4.all_GSEA是单基因GSEA分析的结果文件；4_1.down_GSEA是nes＜0的可视化；4_3.all_5_GSEA是排名前5的可视化。

这一份GSEA代码和输入文件我已经打包好了：

如下即可免费下载：

“单基因GSEA分析的输入文件及代码”

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对话框输入关键词：单基因GSEA

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辛苦整理，全文无任何广告！

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