手把手教你用万能代码完成任一lncRNA泛癌分析(内附原价5999元的代码免费送),一键搞定差异表达、分期表达、生存分析等。
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挖掘TCGA数据库分析某一单基因(mRNA)在泛癌中的表达情况,分分钟就是一篇SCI。如下这篇2021年6.5分的SCI:
其图如下:泛癌表达+差异表达+生存分析。
我们调制了万能代码,可以帮助大家5分钟内一键出以上结果图。
对于mRNA的泛癌分析的万能代码,我们之前已经分享了(点击即可下载)。你换一个基因就是一篇SCI。
今天,我们换个角度,用lncRNA做泛癌分析(泛癌表达+差异表达+生存分析)。可谓是创新性十足。
【TCGA数据源文件+lncRNA泛癌分析万能代码(原价5999元)】
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已经给大家准备好了
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你只要用R语言软件打开这个【任意基因在任意肿瘤中的表达量情况(TCGA_lncRNA).R】代码,傻瓜式运行。一键5分钟之内就可以知道:
1、任何一个lncRNA在任何一种癌症(泛癌)中的表达情况;
2、任何一个lncRNA在任何一种癌症(泛癌)中和其对应的正常组织中的表达情况;
3、任何一个lncRNA在任何一种癌症中的差异表达情况(癌症比上正常组)
4、任何一个lncRNA在任何一种癌症任何分期的表达情况;
5、任何一个lncRNA对任何一种癌症生存分析。
操作如下:
第一步:打开代码。
把这些文件放在一个英文文件夹内,用Rstudio打开代码:
第二步:数据整理:
一键运行到125行之前的代码:
中间就是lncRNA在各个样本中的表达情况整理,临床信息的整理等等。(这里要注意,因为这个代码运行需要很大的R语言内存,但是我给大家解决了这个问题,里面会有一句代码memory.limit(18138)#加大内存条。所以,一般大学生都用的电脑都能跑通这个代码,我目前是普通的win10电脑)。
第三步:单个lncRNA在泛癌中的表达情况:
运行125-131行代码,我这里是看的lncRNA PVT1,所以我就输入y =PVT1。如果你需要看别的lncRNA,你就将PVT1修改为别的lncRNA名字就行,随后就可以将右下角的图片点击export保存为pdf文件图,直接用来投稿:
第四步:看单个lncRNA在泛癌和其对应正常样本的表达情况:
运行139-143行代码就行:
你把y = "PVT1"里面的PVT1改为别的lncRNA就可以看到别的lncRNA表达情况了。
第五步:看单个lncRNA在某种肿瘤和其对应正常样本的差异表达:
运行152-159行代码就行:
这里是看lncRNA在LIHC癌症中的差异表达,你可以将LIHC换成别的肿瘤,将lncRNA PVT1换成别的lncRNA。
第六步:看单个lncRNA在某种肿瘤各个时期的差异表达:
运行190-204行代码就行:
这里是看lncRNA在LIHC癌症中各个时期的差异表达,你可以将LIHC换成别的肿瘤,将lncRNA PVT1换成别的lncRNA。
第七步:看单个lncRNA对某种肿瘤的生存预后:
运行212-243行代码就行:
这里是看lncRNA在LIHC的生存预后,你可以将LIHC换成别的肿瘤,将lncRNA PVT1换成别的lncRNA。
是不是非常简单?赶紧用起来吧:
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那除了代码,2、3、4文件是怎么下载的呢?如下:
首先我们要从生物医学之家(swyxzj.com)进入,随后从UCSC Xena下载pancancer测序后(泛癌测序数据)的标准化基因表达矩阵(下载之后是tcga_RSEM_gene_tpm)和样本临床信息(下载之后是Survival_SupplementalTable_S1_20171025_xena_sp),还要下载基因组注释文件(下载之后是Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gtf.gz)。
前两者下载方式如下:
下载下来之后解压:
第三份基因组注释文件下载方式如下:
然后加上我们的万能代码就是这样啦:
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二、资源免费送
Adobe illustrator绘图Nature插图,用那些已有的素材,一键修改颜色、一键修改大小,然后组在一起就是一张高质量Nature插图:
所以,科研部两周年,给大家免费赠送:
【Adobe illustrator科研绘图矢量素材合集(共1万个素材,原价9999元,可编辑修改)】
一共是1.22GB,15个分类,共1万个素材,如下:
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里面,素材和图片是一一对应的,大家可以用AI打开自己想要的素材:
然后随意编辑(变大、缩小、修改颜色):
再组装在一起,就是一份SCI插图,2分钟就可以搞定。
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那这些素材有哪些呢?如下一共15大类:
具体如下:
0、小鼠大鼠兔子素材:
1、细胞分子通路素材:
2、箭头素材:
3、细胞分子、外泌体等素材:
4、各种细胞、细菌、病毒素材:
5、分子素材:
6、人体组织素材:
7、蛋白素材:
8、受体-配体素材:
9、通道素材:
10、化学类:
11、医疗设备:
12、植物:
13、昆虫素材:
14、CNS插图矢量可编辑源文件:
这些素材已经上传百度云了:
大家可以保存起来,以后发文章的时候肯定需要!
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为满足部分老师对人才、项目答辩PPT模板的更高需求,科研部将历年好看的:
“19份长江、杰青、优青答辩PPT(原价3599元)”
免费分享给大家,这个ppt还可应用于省部级及国奖答辩,毕业答辩,国自然答辩,课题申报等。赶紧下载收藏,以后肯定用得着。如下免费下载:
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大家赶快收藏起来,以后总会需要!导师、朋友需要的时候也可以分享给大家,很有面。19份PPT如下:
太多了,就不一一截图了,前6份如下:
1、优秀青年科学基金项目答辩1:
2、优秀青年基金项目汇报PPT模板2:
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现在论文投稿附带的图片,一般都是要提交Adobe illustrator(AI)绘制的矢量图(PDF或者svg格式),因为矢量图是无限高清的。同时,杂志社那边也可以继续打开你的PDF或者Svg矢量图图片进行修饰后发表,高质量图如下:
那对于没有想象力的初学者来说,一个线粒体、烧杯、细胞核等可能就需要画一天。
因此,今天我们这里有:
“77套CNS级插图源文件(附Adobe illustrator 直装激活版安装包)”
原价3699元的,现在免费发送给大家。
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资源介绍如下:
一、Adobe illustrator 2021(Win自带激活直装版安装包):
这是win版的,自带激活的Adobe illustrator 2021安装包,一键安装激活即可使用。
二、77套CNS级插图源文件(Adobe illustrator绘制,打开可继续编辑):
图片和可编辑的源文件都是一一对应的,方便大家选择自己想要的图片源文件继续修改成自己的论文插图:
那这些源文件怎么用呢?
比如我想绘制一个细胞与细胞互作的图,外泌体等,那我们就选择第20个图,用AI打开源文件:
打开后是可以继续编辑的:
里面的每一个元素都能为我们所用:
我们可以通过删除、添加、修改里面的各种元素,修改成自己想要绘制的类型,这样就OK啦,一张CNS级插图就出来了。
也可以批量一键修改为我们自己所用:
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那一共有哪些CNS级图片呢?一共77个,部分图放大给大家看看:
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