Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows

windows缺少shell命令支持

用过Linux服务器分析数据的小伙伴，一定对Linux强大Shell命令所折服，经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。

还有想学习Linux Shell命令的小伙伴，一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全，虚拟机效率太低，服务器也是不每个人都会买的。

现在方便了，Github推出了一款软件 gitforwindows，只有30 M的一个windows软件，却可以取代windows下的dos环境，轻松实现200多个linux命令，让每个windows用户轻松拥有一个功能强大的终端。

Windows用户和Mac只差一个git的距离！

安装 gitforwindows

Git for Windows，主页：http://gitforwindows.org/
Git本来是github网站推出的代码版本备份和管理软件，但其也提供了高仿真的shell命令，使用windows用户体验相似的Linux强大命令行工具。

点击页面中“Download”进入下载列表。可根据个人喜好和系统选择下载版本。
这里我选择下载最新版64位版：Git-2.16.1.4-64-bit.exe (如有更新请下载最新版)

下载完毕，双击开始安装，全都默认选项，一路Next至安装成功。

如何使用

默认安装成功，在桌面或任何文件目录中，点击右键菜单中会有Git Bash Here选项

左键单击Git Bash Here即打开Git Bash终端

现在你有了一个功能强大的终端，管理你windows文件系统像linux一样。

如~家目录，就是用户主目录，我们位置在桌面，即~/Desktop

值得注意几点：

• 启动Git bash的位置即当前目录

• /为系统根目录，系统的分区c/d仅为根目录下的目录，如进入C盘，则输入cd /c

• git只是实现了部分shell命令

• git运行/bin目录中所有命令，同时支持系统中的dos命令和安装的程序，如查看文件可以使用ls也可以使用dos命令dir

Git有那些Shell命令

本质上Git将Linux命令重新编写了适合windows使用的exe可执行文件版本，查看一下系统中有那些可用的linux命令：

# 进入系统命令目录 cd /bin # 查看所有exe可执行程序 ls *.exe

列出了247个Shell命令程序，不在目录的shell命令也可上网搜索相应的windows版本exe文件，人工添加至windows环境变量即。

看看git支持哪些常用命令

是不是已经很强大了，强大到了一多半你都没用过。刚入门的小伙伴够学习一阵了。

其实我们常用的也就几个：

• awk   文本行列处理，如两个表共有列合并，即是一个小命令，也是一门语言，用好了功能极其强大

• cat   显示文件内容

• cp    复制文件，与windows系统的copy功能类似

• cut   文件列操作

• dos2unix  转换windows换行符为linux格式

• gzip  文件压缩解压

• head  显示文件前N行，或去除后N行

• less  按页查看文件内容

• ln    建立文件软链(快捷方式)和硬链

• ls    显示文件目录，windows中类似命令为dir

• mkdir 创建新目录

• mv    移动或改名

• rm    删除文件

• rmdir 删除空目录

• scp   远程复制文件

• sed   文本替换，也是一门语言，功能极强

• seq   产生连续等间隔数值序列

• sort  排序，可实现excel中多条件同时排序

• ssh   登陆ssh服务器，你和mac只差一个ssh的距离

• zless 查看压缩文件

简单的fasta文件操作例子

我们在桌面上进建一个test文件夹，进入后右键执行 git bash，这时我们的起始目录即为当前test目录~/Desktop/test。

我们创建一个fasta序列文件，内容如下：

>protein1 MEMEQEKMTMNKELSPDAAAYCCSACHGDETWSYNHPIRGRAKSRSLSASPALGSTKEFRRTRSLHGPCP >protein2 VTTFGPKACVLQNPQTIMHIQDPASQRLTWNKSPKSVLVIKKMRDASLLQPFKELCTHLMEENMIVYVEK KVLEDPAIASDESFGAVKKKFCTFREDYDDISNQIDFIICLGGDGTLLYASSLFQGSVPPVMAFHLGSLG >protein3 FLTPFSFENFQSQVTQVIEGNAAVVLRSRLKVRVVKELRGKKTAVHNGLGENGSQAAGLDMDVGKQAMQY QVLNEVVIDRGPSSYLSNVDVYLDGHLITTVQGDGVIVSTPTGSTAYAAAAGASMIHPNVPAIMITPICP HSLSFRPIVVPAGVELKIMLSPEARNTAWVSFDGRKRQEIRHGDSISITTSCYPLPSICVRDPVSDWFES >protein4 LAQCLHWNVRKKQAHFEEEEEEEEEG

复制上以fasta格式蛋白序列全部内容，在终端中输入如下命令：cat加>创建新文件test.txt并写始写入

cat > test.txt

回车执行上述命令即开始编写文件状态，我们只需按鼠标滚轮即可快速粘贴剪切板中内容，再按Ctrl+D组合实现结束编辑并保存。

接下来对这个序列文件进行简单的操作：

# 使用cat命令显示文件内容 cat test.txt # fasta文件通常为.fa的扩展名，mv命令改名 mv test.txt test.fa # 文件很大可使用less按页查看，空格翻页，q退出查看模式 less test.fa # 只查看序列名称行 grep '>' test.fa # 统计序列条数：即上条命令接wc统计字数，-l只统计行数 grep '>' test.fa |wc -l # sed去除序列名中的大于号 grep '>' test.fa | sed 's/>//' # 显示每条序列长度 # 基本思路将fasta文件多行并单行两列，为序列名和序列 # 统计第二列长度并输出 awk '/^>/ {printf("\n%s\t",$0);next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' test.fa | awk '{print $1,length($2)}'

现在我们可以在windows里轻松实现大文件操作，文件查看、压缩解决，序列分析，是不是很方便。

筒子们，燥起来吧！

Linux小抄

入门小伙伴推荐学习Linux CheatSheet —— 常用linux命令速记表，来自fosswire.com，有多国语言版本，随身常看，快速入门。

更深入的学习，推荐陈同博士写过的Linux学习系统推文，现在不用不用装Linux或必须买服务，一个软件就搞定：

Reference

官方：https://gitforwindows.org/

Windows平台下Git的安装与配置 http://mp.weixin.qq.com/s/32bVu-pjbPI70KuNgQBMug

Linux小抄 cheatsheet 多国语言版: https://fosswire.com/

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