利用conda管理R包

转载自基因学苑，原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/ZJUmYPSp9mALJDpA0sIArQ

R语言每个半年进行一次升级，同时Bioconductor也同时升级。然而其他平台的R并没有同步，比尔yum源，apt源，bioconda源等，这就造成不同步的问题，等到这些源做了升级，已经过了三个月，距离下次R升级又临近了。另外，有些R包比较难安装，尤其是在Linux系统下，要安装很多依赖，这个还好说，但是遇到要升级某个系统配置或者降级的时候就比较坑了，让人抓狂。所以，还是利用conda来管理R和R包吧。

---

bioconda

bioconda是一个管理生物信息软件的一个工具软件，我经常和别人讲其类似于苹果的App store，可以在里面进行搜索，下载，安装，升级，删除等等操作，目前已经是最好的生物软件管理工具了，尽管前面我提到因为bioconda的目录很乱，我不喜欢用，但还是非常推荐给大家。bioconda最大的一个好处是普通账户也可以安装很多工具，比如之前如果缺少个库，管理员一条命令就完成了，但是普通用户自己编译比登天还难，还得修改bashrc。

conda本来是用于管理python包的，但是太好用了，有了bioconda来管理生物软件，这其中除了包括传统生物软件，还可以同时用来管理perl，R等包，毕竟很多生物软件就得依赖perl或者R的包吗。

https://anaconda.org/bioconda/repo?sort=_name&sort_order=desc&type=conda&page=11

利用conda管理R包

关于如何安装和使用bioconda这里我们就不介绍了，前面有专门的推文来介绍。

R的包一般都是以r-开头的，比如R语言本身为r-base。

利用bioconda安装R与R包

配置R源

#查看当前配置哪些源
$ conda config --show channels
#添加R源
$ conda config --add channels r

安装R

#查看系统当前R版本
$ which R
/usr/bin/R
#利用conda搜索R
$ conda search r-base
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel             
r-base                         3.1.2               0  pkgs/r              
 conda-forge         
r-base                         3.6.3      h7ed4ef7_0  conda-forge         
r-base                         3.6.3      h7ed4ef7_1  conda-forge         
r-base                         4.0.0      hdca8982_2  conda-forge         
r-base                         4.0.0      hdca8982_3  conda-forge 
#安装R语言
$ conda install -c conda-forge -y r-base=4.0.0
#再次搜索默认R
$ which R
~/miniconda3/bin/R

安装R包

#搜索deseq2包

$ conda search deseq2
Loading channels: done
No match found for: deseq2. Search: *deseq2*
# Name                       Version           Build  Channel             
bioconductor-deseq2            1.8.2        r3.2.2_0  bioconda            
bioconductor-deseq2           1.10.0        r3.2.2_0  bioconda            
bioconductor-deseq2           1.10.0        r3.2.2_1  bioconda            
bioconductor-deseq2           1.10.1        r3.2.2_0  bioconda 
#安装deseq2包
$ conda install -y bioconductor-deseq2

注意事项

1、bioconda最好升级到最新版本

conda update -n base -c defaults conda

2、R的名字为r-base

3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀

4、一些Bioconductor包的名字为bioconductor-前缀

5、如果bioconda安装终端了，再多试几次

---

猜你喜欢

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读