CADD谈药

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新冠小分子 -- 既生瑜, 又生亮

近期小分子抗击新冠捷报频传,先是默沙东Molnupiravir临床结果积极,并于近日英国获批,近有辉瑞Paxlovid(主要成分PF-07321332)临床结果更加积极,也寻求近日获批。图1是小分子抗击新冠的三个主力(不全面),其中Remdesivir最早被寄予厚望,但结果很一般,新近的Molnupiravir与Paxlovid(PF-07321332)目前看还是很有希望。Remdesivir与Molnupiravir靶点都是RdRp,但机理不尽相同,PF-07321332靶点则是蛋白酶Mpro(或称3CLpro)。图1灰色是前药部分,高亮发挥作用的关键基团。如图2,PF-07321332是一个可逆共价酶抑制剂,腈基为warhead,与Mpro
2021年11月7日
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默沙东新冠小分子--机理与结构

(病毒基因组),就会在里面引入大量的错误,包括渗入“M”及碱基“A”/“G”的转换。也就是说往病毒基因组中引入了大量的突变,病毒遗传信息被大量“篡改”,基本上完全失去正常功能。图3
2021年10月3日
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Highly Productive的ARRAY公司

Array衍变来的Boulder研发中心看起来也未有明显的独门绝技,似乎比较注重基于结构的药物设计,但更重要的也许是将已有的技术善用之,充分发挥各自的作用罢。
2021年5月30日
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Relay Therapeutics技术一窥

Relay技术平台概览图2为Relay目前的管线,包括FGFR2、PI3K、SHP2等,基本上是抗肿瘤小分子靶向药。进展最快的FGFR2及SHP2抑制剂,在一期临床。图2
2021年5月5日
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大环 -- LOXO-195 & TPX-0005

Point的另两个在研分子。TPX-0131是靶向ALK,TPX-0046是靶向RET,二者结构好像都没公布,但都是大环分子,也都是为解决耐药突变。图4[4,
2021年1月16日
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修订版 -- FDA批准的63个激酶抑制剂

元旦假期发过一个获批激酶抑制剂图表,上传到领英还有较多人喜欢,这里修订一下,供参考。另外,获批激酶抑制剂图表里面国产激酶抑制剂那张图有点小错误,就是百济的泽布替尼是3个hinge-HB,图片只标了两个,但发出的已经不能改了,只能借改错字的机会,在正文简单提及。说明一下:这63个激酶抑制剂不包括mTOR抑制剂。mTOR虽然也是激酶,但获批的几个mTORi不是典型的激酶抑制剂。根据结合类型,将63个激酶抑制剂分为type
2021年1月10日
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大环分子 -- 劳拉替尼

天然产物有一些大环分子,这里不做讨论;人工设计的大环分子也有上市,并似乎有些popular的趋势。合理大环化,是提高活性的一种方式;而且可能做到分子量相对小(而活性好),加之比较刚性,透膜及入脑可能有改善。当然,IP通常也有新颖性。图1摘自Schrodinger,右上角示意未环化的线型分子的活性构象,下面是三种环化效果:左边那种使得活性构象不可及,分子活性降低甚至可能丧失;中间那种未起到环化固定构象的目的,比如linker过长过柔,分子活性也难有提高;右侧是合理环化的,稳固了分子的活性构象,活性可能有明显提升。分子要大环化,最好线型分子活性构象本身呈U字形,就是环化的两个位点之间距离较近。另外,要蛋白结合口袋容得下,容得下关环所添加的基团。至于所添加的基团会不会与蛋白有额外作用(或者不好的作用),那得具体看。图1
2021年1月9日
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获批激酶抑制剂图表

先接上回,说一下昨天图表分子的hinge-binding,即下图1:灰色高亮的原子预计是与激酶形成hinge-HB的。除泽布替尼,这些分子都没有(公开的)晶体结构,但大多数能找到相似度较高且有晶体结构的的分子。总的来说,这里标识的hinge-binding
2021年1月2日
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获批及临床BTKi之CADD观

还是kinase,不过这次主要从药物设计角度,看看BTK的几个上市药物及临床分子。BTK,具体生物学背景就不介绍了,总之是个kinase,适应症及潜在适应症是一些肿瘤(白血病、淋巴瘤)及自身免疫性疾病。今年新冠也有BTKi的身影,大概是用其免疫抑制的功能,减轻“细胞因子风暴”,不过具体效果不知如何。目前BTKi批准了3个分子,分别是Ibrutinib、Acalabrutinib及Zanubrutinib,适应症都是肿瘤领域。这3个分子都是共价结合,事实上正是Ibrutinib的巨大成功(近几年销售额top10),让人们重新审视共价抑制剂,开发了更多选择性共价抑制剂,比如奥希替尼(AZD9291)、KRASG12Ci等。后续的BTKi,分了两个发展方向,一个是做非共价抑制剂解决耐药问题(Cys481突变会导致现有药物无效),另一个是做其它适应症也就是自身免疫性疾病。机理上来讲BTKi对一些自身免疫疾病应该有效果,但现有药物选择性还不够高,要开发自身免疫病的适应症,还需要进一步提高选择性、减轻脱靶副作用。更新:写完后发现Ibrutinib于2017年拓展适应症cGVHD(移植物抗宿主病),也是个自身免疫病;不过总的来说,上市的3个药,适应症仍主要局限在抗肿瘤领域。表1是下面要讨论的分子,包括上市的3个药物及部分临床分子。图1
2020年11月29日
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激酶变构抑制剂(分类)简介

蛋白激酶是比较大的家族,它可以将ATP上的磷酸基团转移到蛋白上,导致蛋白磷酸化,激活信号通路进而参与众多的生理过程,如细胞存活,增值,分化,迁移等,所以蛋白激酶抑制剂为药物研发热点之一。激酶抑制剂有不同分类方法,同样是按照结合模式,不同文章提到的分类方法也略有不同。个人感觉首先可分ATP竞争性与ATP非竞争性,ATP竞争性可进一步分为type
2020年11月22日
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获批kinase inhibitor晶体结构ID

inhibitor,基本都靶向EGFR、BTK。图表为个人制作,信息来源于网络(点击下方阅读原文),转载请标明。
2020年11月10日