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拿到基因两眼一抹黑?没关系,先做个基因富集分析吧!

Blue 生信宝典 2022-03-28

本文转载自“科研小助手(微信号:SciRes)”

随着测序技术的发展,基于特殊算法找到实验组与对照组的显著差异基因后,接下来就需要运用生物信息学的方法分析这些基因参与了哪些功能,常见的就是GO功能注释KEGG通路富集分析。今天为大家介绍两款基因富集网站。通过基因富集,我们可以初步分析基因可能参与的生物学过程或者信号通路。

更多基因富集分析的方法可点击以下链接进行阅读:

一、DAVID

DAVID是常用的基因富集分析网站,主要用于差异基因的初步分析以及GO注释功能分析,目前是6.8版本。那今天我们就来看一下如何使用DAVID进行通路富集分析,网址https://david.ncifcrf.gov/

  1. 进入DAVID主页,选择并点击Functional Annotation


2.按照如下步骤操作:

Step1:将需要分析的基因复制在对话框内(选择A),或者上传文件列表(选择B)。
Step2:选择基因命名方式,一般选择基因的官方名称OFFICIAL-GENE SYMBOL
Step3:根据上传数据类型,选择gene list
Step4:点击Submist list,提交基因。

3.提交基因后,网页会弹出提示框 ,点击确定。

4.网页出现以下界面时,首先点击background,选择需要分析的物种,点击use

5.点击list,按以下步骤操作:

(1)点击list1(2)选择Use(3) 选择物种mus musculus(4 )点击Select Species

6.点击右侧栏clear all清空默认选项,然后根据自己想要分析的内容进行选择。比如 Gene Ontology可分为分子功能(molecular function),生物过程(biological process)和细胞组成((cellular component)三个部分,比如选中Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT。

7. 选择完成后,点击第二栏Functional Annotation Chart

8. 以下输入基因列表所分析的GOTERM_BP_DIRECT结果,网站根据输入基因分析其可能参与的生物学途径(term),以及参与该途径的相关基因(count),点击即可查看基因的详细情况。

二、Metascape

Metascape提供自动化元分析工具,网站使用方法简单、方便、而且还是免费的。网站http://metascape.org/gp/index.html网站可以进行基因富集分析、蛋白质相互作用(PPI)分析以及Gene Ontology(GO)网络的交互式网络图的生成。

  1. 进入网站后,按以下步骤操作:

Step1:将需要分析的基因复制至对话框内,或者选择列表进行上传。
Step2:选择基因物种。
Step3:点击expression analysist


2.数据上传结束后,点击Analysis report page,网站可生成pdf版分析数据供用户下载。

3.数据分析结果:根据输入基因进行GO注释分析,结果显示这些基因可能参与的生物学途径。

4.根据GO/KEGG分析的富集基因统计相似性分层聚类,构建基因网络图,基因簇的大小与落入该基因簇的基因数量成比例,并且其颜色表示其簇(生物学途径)的相关基因。

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