这是数据更新最实时的TCGA网站，功能强大

TCGA是研究肿瘤相关机制的重要资源。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似，输入一个或多个关注的目的基因，查看基因的功能注释，基因在哪些样品中存在突变，突变位点的分布，共表达网络，生存分析等。

本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载，尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台，再是FIREBROWSE，比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。

TCGA主站

TCGA分析了11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的数据，共获得2.5 PB数据。意在解析癌症发生的分子接触、肿瘤的亚型和治疗靶点等。TCGA网站主要提供的是数据的浏览和下载功能，可以根据项目、个体、数据类型、肿瘤类型等筛选需要的数据，使用TCGA提供的工具下载，进一步分析。TCGA项目促成了不少的高水平文章，对这些文章的阅读是对癌症知识的学习，也可以很好的扩展研究思路。如果你需要帮助，WIKI是最好的伙伴。最新版的TCGA增加了一些分析的功能，主要是展示基因的信息、突变频率、突变位点分布、OncoGrid信息等。

在搜索框搜索基因，癌症类型，个体编号会有不同的结果体验。查看基因在哪种癌症中突变最频繁突变位点在基因和功能域的分布，纵轴表示突变个体数目。基因每个位点的突变频率，为上图纵轴信息的表格展示。乳腺癌中突变频率最高的基因和病人生存曲线500个突变最多的个体和50个最高突变的基因，顶部柱状图代表每个个体中这50个基因的突变位点数目，右侧柱状图表示含有每个基因突变位点的个体数目，热图不同颜色代表不同的突变类型，下方2个颜色条代表临床信息和数据类型，右侧的第一个颜色条代表该基因是否是Cancer Gene Census (The Cancer Gene Census is a list of genes with substantial published evidence in Oncology.)，第二个颜色条代表突变影响到的个体数。

（点点固然好，批量最是爽，

R统计和作图

• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression

这么好玩的数据库，也搞一个吧，功在当代，利在千秋

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