ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生信宝典 2022-03-29

Editor's Note

很好的绘图工具，调整图片的同时还可以输出代码，简单且可重复性好，推荐！

The following article is from 宏基因组 Author 宏基因组

R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节需要写大量代码，而且还要反复修改、预览，很是费时费力。

当然你可以用Adobe Illustrator等工具做后期编辑，但要是图重画，所有后期编辑的工作又要重来，无法实现可重复分析，每个修改都很崩溃。

有没有更方便的方式调整主题细节呢？

ggThemeAssist横空出世，它依赖shiny (>= 0.13), miniUI (>= 0.1.1), rstudioapi (>= 0.5), ggplot2和formatR，可以对ggplot2图形结果直接修改，并实时预览效果，同时编辑结束返回代码。相当于一个帮你写代码的翻译官！

此包必须在Rstudio环境中使用。运行下面示例代码：

# install.packages("ggThemeAssist")
library(ggplot2)
library(ggThemeAssist)
# 使用mtcars生成一个点图示例
gg <- ggplot(mtcars, aes(x = hp, y = mpg, colour = as.factor(cyl))) + geom_point()
# 开始调整主题
ggThemeAssistGadget(gg)

看到打开了一个窗口，上部为图形预览窗口，下部有6个选项卡，分别对应各类主题细节的调整，下面我们进行详细解释。

设置Settings

绘图维度 Plot dimensions

Width、Height可鼠标点击文本框右侧箭头来微调图片宽、高尺寸，也可直接修改数字。

通用选项 General options

Use FormatR 选项可以设置输出R代码的格式，勾选时的可读性更高，这可是R界大神，统计之都和R语言大会创始人谢益辉写的包。

默认勾选时，输出代码格式如下：

gg + theme(panel.background = element_rect(fill = NA),
plot.background = element_rect(fill = NA))

不勾选，编辑后返回代码格式如下：

gg + theme(panel.background = element_rect(fill = NA), plot.background = element_rect(fill = NA))

默认选项虽然占用多行，但更利于阅读。具体选择则凭借个人喜好。个人推荐勾选，可实现多行并缩进排版，方便阅读和与同行交流。

Multiline results 是选择输出绘图代码形式，可以是行相加所有参数的形式，也可以是一行行独立累加主题的形式。

默认不勾选多行，推荐这个，示例如下：

gg + theme(panel.grid.major = element_line(linetype = "solid"),
panel.grid.minor = element_line(linetype = "solid"),
plot.background = element_rect(linetype = "blank"))

勾选多行会是独立累加主题的格式，示例如下，此种方案方便累加后去除参数，但变量会多次重复出现，各有利弊：

gg <- gg + theme(panel.grid.major = element_line(linetype = 'dashed'))
gg <- gg + theme(panel.grid.minor = element_line(linetype = 'dashed'))
gg <- gg + theme(panel.background = element_rect(fill = 'gray87'))

面板和背景 Panel & Backgroud

绘图区背景 Plot Background

即整个作图区的背景，包括填充色Fill，外边框类型Type、线宽Size和颜色Colour

面板背景 Panel Backgroud

即坐标轴围成的数据分布区域，属性同上，包括填充色Fill，外边框类型Type、线宽Size和颜色Colour

主网格 Grid Major

即图中X、Y轴刻度线对应的网格，建议使用，方便辅助识别数据位置；

次网格 Grid Minor

即图中X、Y轴刻度线间的补充网格，看具体情况使用，方便进一步辅助识别特定数据准确位置；

坐标轴 Axis

坐标轴文字 Axis text

Family：字体家族，默认为Sans，和我们常用的Arial类似；还常用Courier系列等宽字体，如显示核酸、蛋白序列对齐时要求使用；Helvetica是Science杂志推荐字体；
Face: 字体样式，如标准 plain(Adobe系列软件称Regular)、加粗 bold、斜体 italic、粗斜体 bold.italic
Size：字体大小，推荐8(无纸质版在线网络杂志，如Nature Communication、Communication Biology、Scientific Report等)；“７”是Nature、Science最终发表字体大小；最小不要小于5，否则看不清。
Colour：颜色，默认为30%灰度 gray30，想突出坐标同刻度数值，可选black或gray0；
Hjust：X轴刻度值水平位置调整，默认0.5为相对刻度线居中对齐，0为相对刻度线左对齐；1为相对刻度线右对齐
Vjust：Y轴刻度值垂直位置调整，默认0.5为相对刻度线居中对齐，0为相对刻度线下对齐；1为相对刻度线上对齐
Angle：坐标轴角度，如标签过长，可调为30度或45度旋转，避免文字重叠的同时还可以节约空间，一般要配合Hjust等于1（右对齐）才更美观；一般情况下要对x或y轴单独修改

x坐标轴文字属性 Axis text.x

默认可以不修改，自动继承Axis text的属性。仅用于x轴属性需单独设置时修改，解释同上

y坐标轴文字属性 Axis text.y

默认可以不修改，自动继承Axis text的属性。仅用于y轴属性需单独设置时修改，解释同上

坐标轴线属性 Axis line

主要修改X/Y轴的线型Type、宽度Size和颜色Colour

刻度线 Axis ticks

同坐标轴线，可修改X/Y轴的线型Type、宽度Size和颜色Colour

标题与标签 Title and label

标签 Lable

Title：图表标题，直接输入即可，方便吧
x-Axis label: 添加X轴标签
y-Axis label: 添加y轴标签
Colour：图例标题
Fill label：填充色标签
Size label：点大小标签
Alpha label：透明度标签
Linetype label：线型标签
Shape label：形状标签

标题属性 Plot Title

与坐标轴属性类似，详见前面“坐标轴文字 Axis text”说明
Family：字体家族
Face: 字体样式，如标准plain、加粗bold、任何italic、粗斜体bold.italic
Size：字体大小，标题可以使用12，即标准字体系1.5倍，并加粗
Colour：颜色
Hjust：沿X轴水平位置调整
Vjust：沿Y轴垂直位置调整
Angle：文字旋转角度，逆时针

坐标轴标签属性 Axis Labels

解释同上

图例 Legend

图例位置 Legend position

Position：位置，可选无－none，左－left，右－right，上－top，下－buttom
Direction：方向，水平－horizontal，垂直－vertical

图例标题属性 Legend Title

Family：字体家族
Face: 字体样式
Size：字体大小，可调8-10，个人喜欢和坐标轴同样大小，有人喜欢大点
Colour：颜色

图例文字属性 Legend Text

同上

图例背景属性 Legend Background

括填充色Fill，外边框类型Type、线宽Size和颜色Colour

图例核心属性 Legend Keys

即图例中颜色图状的属性，同上

子标题和图注

可以修改子标题(Subtitle)和图注(Caption)中的内容。同时还可以修改文字的属性，如字体家族、样式、大小、颜色和水平位置

编辑结果导出绘图代码

以上面板中可修改上百个参数，并提供几百个属性值的选择。这些要是靠自己记住，那可真是太难了。此包为R语言绘图的细节调节提供了极大帮助。

而且调好样式之后，点击done就能马上输出规范的代码，方便可重复计算和进一步修改。这就是代码的强大之处。

gg + theme(plot.subtitle = element_text(size = 8,
colour = "gray25", hjust = 0.25), axis.line = element_line(linetype = "dotdash"),
panel.grid.minor = element_line(colour = "gray95",
linetype = "dotted"), axis.text = element_text(size = 8,
face = "bold", colour = "black",
hjust = 1), axis.text.x = element_text(size = 1,
angle = 45), legend.key = element_rect(fill = "antiquewhite4"),
legend.background = element_rect(fill = "gray93",
colour = "antiquewhite4", size = 1,
linetype = "solid")) +labs(title = "Title for figure ", x = "x-Axis label",
colour = "汽纲数量", fill = "fill title",
subtitle = "Subtitle")

注意：在使用中最好不要有中文，否则会出现引号缺失，导致代码无法运行的情况。想要添加中文信息的话可以在代码输出之后手动添加，重新运行。

R环境信息

> sessionInfo()
R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936 LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

other attached packages:
[1] shiny_1.3.2 ggThemeAssist_0.1.5 ggplot2_3.1.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 pillar_1.4.1 compiler_3.6.0 formatR_1.7 later_0.8.0 plyr_1.8.4 tools_3.6.0
[8] digest_0.6.19 jsonlite_1.6 tibble_2.1.3 gtable_0.3.0 pkgconfig_2.0.2 rlang_0.3.4 cli_1.1.0
[15] rstudioapi_0.10 withr_2.1.2 dplyr_0.8.1 grid_3.6.0 tidyselect_0.2.5 glue_1.3.1 R6_2.4.0
[22] sessioninfo_1.1.1 purrr_0.3.2 magrittr_1.5 scales_1.0.0 promises_1.0.1 htmltools_0.3.6 assertthat_0.2.1
[29] mime_0.6 colorspace_1.4-1 xtable_1.8-4 httpuv_1.5.1 labeling_0.3 miniUI_0.1.1.1 lazyeval_0.2.2
[36] munsell_0.5.0 crayon_1.3.4