扩增子统计绘图：箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元图、网络图

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写在前面

优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。

扩增子系列课程也分为三部曲：

第一部《扩增子图表解读》：加速大家对同行文章的解读能力。

第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。

第三部《扩增子统计绘图》：即是对结果进行可视和统计检验，达到出版级的图表结果。

《扩增子统计绘图》系列文章介绍

《扩增子统计绘图》是之前发布的《扩增子图表解读》和《扩增子分析解读》的进阶篇，是在大家可以看懂文献图表，并能开展标准扩增子分析的基础上，进行结果的统计与可视化。其章节设计与《扩增子图表解读》对应，为八节课八种常用图形(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图)，基本满足文章常用的图片种类需求。

也适合对公司标准化分析返回结果的进一步统计、可视化及美化，达到出版级别，冲击高分文章。

本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件，均可以直去百度云下载。回台回复”扩增子“获取。

主要学习箱线图绘制方法，Anova组间统计是否存在显著差异，TurkeyDecideTest方法进行检查。同时以微生物Alpha多样性指数为例进行展示。

其它箱线图绘制教程

推荐阅读并实际操作陈同博士写的文章：
R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
R语言学习 - 箱线图一步法

学习限制性和非限制性主坐标轴分析的应用，以及使用vegan包统计组间差异。

非限制性PCoA，展示样品间最大差异

限制性PCoA，也叫CCA，展示组间间最大差异

本节重点差异基因/OTU分析，后续图全基于此结果
主要学习基于表达或丰度数据计算样品间的相关系数，并采用热图展示及聚类；同时学习edgeR进行组间差异比较的分析过程，获得差异OTU，并进行统计检验；最后用热力呈现差异OTU的丰度情况。

热图展示所有样品相对丰度Pearson相关系数

展示差异基因/OTU的方法，Z-score水平标准化

热图的进一步绘制学习材料

曼哈顿图展示差异OTU所在的门、丰度、上下调关系；是我最推荐的展示差异OTU的方法。

火山图展示差异OTU数量及变化规律

Venn图展示多组间共有和特有OTU/基因/分类单元

展示组特异或共有富集的OTU、丰度、数量等；美观不用説，能用多用，有详细代码和相关自定义函数

这是比较常用的分子生态网络分析流程，主要用于查结点OTU，以及相关性较高的子网络模块。

本文只是使用测试数据，构建MENA的网络；更多网络图绘制，详见
微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet  

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