/mnt/sdd/singleron_training_class/resources/celescope_test/celescope_test_data/snp/snp_match_dir

转录组反卷积的目的是根据基因表达数据估计RNA样本的细胞组成，反过来可以用来校正不同样本的组成差异。文章对人脑转录组数据的反卷积方法进行了评估，结果显示了驱动大脑数据反卷积准确性的主要因素，并强调了影响细胞类型特征的生物因素的重要性。反卷积方法主要分为两大类:部分反卷积(包括富集方法)和完全反卷积，对于任何组织和任何类型的分子数据(转录组、甲基组、蛋白质组等)在概念上都是相似的。为了对脑转录组数据的反卷积方法进行基准测试，对于部分反卷积，文章选择了：CIBERSORT

/mnt/sdd/singleron_training_class/resources/accuracode_project/test_project/fastqs/test_R1.fq.gz

三阴性乳腺癌是影响女性的最致命疾病之一，目前临床上靶向治疗较少，并存在转移率高，预后差等特点。众所周知，癌细胞在细胞膜上表达CD47，PD-L1和B2M等信号蛋白来逃避免疫细胞的清除进而实现免疫逃逸（1）。靶向“Don’t

单细胞转录组测序技术实现单个细胞水平上基因表达高通量和高分辨率的特性，使其在生物学研究领域盛极一时。美中不足的是单细胞测序样品制备过程会丢失细胞在组织中分布的空间信息。因此，我们需要结合空间转录组测序技术来补充这些丢失的空间信息。虽然市面上广泛使用的基于Seurat软件进行分析的结果可以重现细胞的空间分布，但与单细胞转录组测序不同，空间转录组测序数据分辨率很低，无法达到单细胞的水平。最近，新格元空间转录组分析流程引入了新的聚类工具BayesSpace，可以更高效地分析空间转录组数据，可视化结果空间层次更清晰，分辨率更高。基于BayesSpace进行空间转录组分析的优点1、空间聚类层次更清晰聚类分群是进行单细胞数据分析的基础，后续的细胞类型注释、差异表达、拟时序、转录调控等分析都依赖于准确有效的分群。与正常的单细胞转录组分群相比，空间转录组数据的无监督聚类分群结果还包括尽量还原组织的空间特异性这一要求。市面上多数空间转录组分析还在使用基于寻找高变基因的方法来降维聚类，如利用Seurat软件通过高变基因吸引邻近细胞形成不同的簇，再对这些簇进行模块划分得到最后的细胞亚群。这些聚类方法在空间转录组的分群结果中表现出大量的噪音，且聚类之间的空间分隔不明显。BayesSpace是一种基于完全贝叶斯统计模型的空间转录组分析软件[1]。它借助相邻点具有类似的转录组特征这一现象，利用空间信息平滑数据，通过空间先验知识鼓励邻近点聚集进行空间聚类。我们用BayesSpace代替Seurat测试后，其表现出的分群结果优于Seurat聚类分群的方法。在分群数量上，我们避免Seurat中调整分辨率这一需要人为主观性判断的步骤，允许设置预期的分群范围，在预期分数数量范围内调用BayesSpace计算的不同分群数量下的最大似然数，取其对数值自动计算并选择最佳的分群数量并进行后续的聚类可视化结果的输出。同时，我们也可以输出不同分群所对应最大似然数对数值的Elbow图，由客户自主选择分群的数量。图1

a.及时上机实验，上机前务必将大口端的多余液体吸干。如需等待一段时间进行上机实验，建议大口端保留少量液体。注：若上机前芯片内发现气泡，需重新处理芯片。

活化的T细胞亚群的单细胞eQTL分析揭示了疾病风险变异的激活和细胞类型依赖性效应Single-cell

单细胞测序技术是目前新兴的生物学技术之一，在肿瘤研究、免疫研究、神经生物学研究及发育研究等领域都有重要应用。探Single

vasculature期刊：Science影响因子：41发表单位：University

/mnt/sdd/singleron_training_class/resources/celescope_test_resort/rna_test_resorts/shell/rna_test/

，而celescope分析单细胞转录组数据的教程已在上一期中进行介绍。后续的分析流程和单细胞转录组分析保持一致的。在分析之前我们先要激活我们celescope软件的运行环境，可以使用conda

/mnt/sdd/singleron_training_class/resources/celescope_test/celescope_test_data/vdj/fake_match_dir

ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf.gzgunzip

{scopeV2.0.0,scopeV2.0.1,scopeV2.1.0,scopeV2.1.1,scopeV2.2.1,scopeV3.0.1,customized,auto,scopeV1}]

V结合增加(图2B)，表明这些细胞可以诱导致病的CD4+T细胞凋亡。以往的研究表明，小鼠Ly49+CD8+T细胞的调节功能是通过识别其靶细胞上的MHC

在这春暖花开、万象更新的美好季节，新格元紧锣密鼓筹备的新格元产品官方微信平台终于要面向大众，正式上线啦！新格元产品官方微信公众平台致力于将突破性的单细胞技术应用于科学研究、临床检测、健康管理和药物开发领域。将产品开发与临床健康紧密结合，分享、解答、服务、互动于新格元各类产品及售后解答。1、平台功能目前平台分为三大板块“产品技术”、“在线客服”和“关于我们”。“产品技术”介绍新格元各类产品与技术，带你快速了解新格元产品详情；“在线客服”支持客户在线沟通与互动，随时解答您的产品问题；“关于我们”提供新格元公司介绍，时刻关注带给您最新资讯。此外，我们将定期更新产品小贴士，为您的产品正确使用保驾护航。更多功能建设中，敬请期待~2、平台关注方式微信公众号搜索“新格元产品”或扫一扫下面二维码进行关注。扫一扫，关注我们您的认可，是我们前进的动力与不懈的追求。3、如何实现平台在线交流？进入“新格元产品”公众号，点击菜单栏中“在线客服”，根据客服元小新提示打开对话框，即刻体验与小新在线互动哦~元小新在线工作时间每周一至周五

上回我们以热门靶点CD47/SIRPA为例（SynEcoSys药物研发应用专题（一）：单细胞数据辅助评估靶点潜在适应症以及预后价值），展示了通过SynEcoSys数据库中大量的标准化数据集，挖掘靶点潜在的适应症，和潜在的联合治疗方案。本文中我们将进一步展示SynEcoSys数据库的重要应用：挖掘药物治疗的潜在毒副反应机制。SynEcoSys数据库基于单细胞公共数据集验证已知药物毒副反应的机制CAR-T作为一项突破性的肿瘤治疗手段，其毒副反应仍是一个临床待解决难题，如细胞因子综合征和神经毒性等。有研究通过分析单细胞公共数据发现，CD19-CAR-T治疗B细胞淋巴瘤造成的神经毒性可能是由脑中血管壁细胞（Mural

继2021年7月利用6例单细胞转录组测序样本发表一篇椎间盘退变文章后，青岛大学附属医院脊柱外科马学晓教授团队再次发表另一篇文章，新格元在两篇研究文章中承担了单细胞转录组测序、分析等工作，利用新格元自主研发的Singleron

单细胞测序是生命科学领域热门的技术之一，可以在单细胞分辨率水平分析细胞间异质性，在疾病发病机制及治疗机理研究方面有着巨大的应用潜力。为促进单细胞测序技术在临床研究中的应用，由新格元生物科技有限公司与河南威高信诚医学科技有限公司联合举办的“胞罗万象，识微通元-单细胞多组学与临床科研发展高峰论坛”将于2022年3月20日下午在郑州召开，此次活动邀请到了多位单细胞临床研究领域学术专家带来专题讲座，并开展单细胞测序临床研究学术交流。

前言肺癌是发病率和死亡率增长最快，对人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一，近50年来许多国家都报道肺癌的发病率和死亡率均明显增高。美国癌症学会发布的《2021全球癌症统计》报告[1]显示，肺癌是男性和女性死亡率排名第一的癌种。然而，大部分患者诊断时已是晚期，且肺癌晚期容易出现各个不同脏器的转移，可引起相应的症状，常常给病人带来极大的痛苦，甚至威胁到生命。与其他恶性肿瘤一样，肺癌扩散途径包括三种，一是淋巴道转移，二是血行转移，三是种植转移，肺癌最容易转移的6个部分分别是肝脏、大脑、肾上腺、骨、胸膜和淋巴结。例如肺癌脑转移，脑转移是肺癌常见的远处转移部位之一，也是让患者最为恐惧的转移部位，一旦肺癌患者出现脑转移，预后将变得极差，平均生存时间仅为1-2个月。肺癌脑转移的发生率在22％至54％之间，包括脑实质转移和脑膜转移。非小细胞肺癌患者在病程中约有30%左右发生脑转移，其中以大细胞未分化癌和腺癌较多见，鳞癌次之，而小细胞肺癌脑转移率更高。肿瘤是由恶性细胞、免疫细胞和基质细胞组成的复杂混合体，具有瘤内异质性和瘤间异质性。肿瘤微环境当中包括了促进肿瘤转移和抑制肿瘤生长的各种信号因素，相互平衡互作以调控肿瘤生长和进化，肿瘤异质性以及复杂的肿瘤微环境使临床诊断和治疗变得棘手。单细胞测序技术的发展能够帮助我们突破传统Bulk测序的限制，提高检测的分辨率，实现在单个细胞层面分析其状态和功能，发现新的细胞亚型，揭示细胞异质性，监视疾病的动态发展过程，最终提高对组织、器官和生物复杂性的理解。目前，单细胞测序技术已广泛应用于神经生物学、种系传播、器官生长、癌症生物学等多个领域。肺癌脑转移脑膜转移患者脑脊液中肿瘤细胞（CSF-CTC）直接来源于肿瘤灶，其计数的变化也可直接反映患者的治疗反应和进展。脑脊液循环肿瘤细胞（circulating

Im的胶原整合素受体配体对数量增加。在EAO过程中，纤维化与补体密切相关，两者都可能拮抗雄激素合成，增强Lc衰老。活性氧下调和补体通路上调与间质纤维化密切相关。图3

时间地点活动地点福州融侨皇冠假日酒店（福州市台江区江滨西大道100-1号融侨中心）时间3月19号人数50-100人日程安排13:30开场致辞何

研究背景小胶质细胞(microglia)是神经胶质细胞的一种，是中枢神经系统(CNS)中最主要的一道免疫防线。无数临床上和神经病理学研究表明激活的小胶质细胞在神经退化类疾病的发病机理中起到十分重要的作用。但是过多激活或失控的小胶质细胞会引起神经毒性。单细胞转录组学技术的进展促进了对不同生理和病理过程中小胶质细胞异质性的研究，揭示了大脑中的小胶质细胞以多种转录状态存在，这些转录状态针对不同的发育阶段、解剖区域和病理学。然而，小鼠和人类脊髓中小胶质细胞的异质性尚不明确。尽管小胶质细胞在神经病理性疼痛的发展和维持中起着核心作用，但目前尚不清楚周围神经损伤是否会导致产生独特的小胶质细胞转录状态，从而促进并保持对疼痛的超敏反应。方法流程图1

（中国，德国，新加坡2022年3月7日讯）新格元生物科技有限公司（以下简称新格元）今日宣布收购Proteona

Guide）微阵列检测技术。非因生物以技术为本，致力于打造中国最前沿的新型蛋白组学和空间多组学高端技术平台，为广大科研工作者提供最优质的新型多组学技术服务，推动癌症转化医学研究和癌症个体化诊疗。-

中性粒细胞是哺乳动物血液中最主要的一种白细胞，其异常变化与多种疾病相关。中性粒细胞增多症可由感染、骨髓增生异常综合征和急性早幼粒细胞白血病等血液疾病、类风湿关节炎等自免性疾病、甲状腺炎、子痫、创伤和烧伤等引起；中性粒细胞减少症可能与再生障碍性贫血、病毒感染、败血症、高血糖、一些抗生素等药物反应、维生素B12缺乏（巨细胞贫血）、叶酸缺乏、化疗等有关[1]。然而，由于其异常脆弱的特性，是很多单细胞平台均难以获得的，对于研究者来说想深入挖掘无疑是一大难题。此外，由于中性粒细胞是机体经历感染后第一批到达现场的细胞，决定了其在组织中的比例更低，对单细胞技术的要求也更高。新格元自主研发的单细胞微流芯片文库构建技术，采用物理沉降原理，“纯自然，无公害”，对中性粒细胞等脆弱的细胞类型更加友好，能够获得组织中比例较少的中性粒细胞，为疾病的发病机制探究提供了更多的可能性。那么接下来让我们看看使用新格元GEXSCOPE®技术研究中性粒细胞的文章。1、单细胞测序解析晚期NSCLC的肿瘤微环境特征本研究解析了42例晚期NSCLC病人的穿刺样本，涵盖了腺癌LUAD和鳞癌LUSC、驱动基因突变型和野生型等不同亚组，为晚期肺癌穿刺样本提供了非常全面的微环境图谱和异质性分析。在捕获到中性粒细胞的样本中，其占比为0.05%~50.62%不等，患者异质性高。其中17个样本中占比小于5%，可见我们技术对中性粒细胞的捕获灵敏之高，占比低也能测。此外，研究者通过细胞组成和肿瘤亚型关联分析发现，LUAD患者的中性粒细胞均显著减少；且中性粒细胞与肿瘤内异质性ITHGEX呈正相关。而研究报道，高中性粒细胞含量、瘤内高度异质性这两个因素是免疫治疗效果不好的独立因素。因此，本研究在首次发现肿瘤异质性和肿瘤相关中性粒细胞关联性的基础上，为中性粒在NSCLC中的功能研究和其在免疫治疗疗效中的潜在预测作用打开了新的视角[2]。图1

胸主动脉是动脉瘤和夹层的常见位置。主动脉区被镶嵌的中、外膜细胞所覆盖，这些细胞胚胎期来自SHF或心脏神经嵴。SHF来源的细胞分布于符合胸主动脉病变空间特异性的区域。本研究的目的是确定SHF来源的细胞是否和如何导致胸主动脉病变。研究方法对偶发性胸主动脉病变患者和注入AngII的小鼠进行胸主动脉病理检查。采用质谱辅助蛋白质组学方法对注入AngII的小鼠的无明显病理变化的胸主动脉进行分析，并通过单细胞转录组分析来确定SHF来源细胞的分子特征。研究人员通过SHF来源细胞中Lrp1或Tgfbr2的基因缺失来检测SHF来源细胞对血管完整性的影响。主要研究内容1.

单细胞技术推进药物研发进程新药研发是一项需要多学科、多系统相互渗透和合作的工作，研究模式也在随着技术变革不断地变化。单细胞技术迅速崛起，将疾病-器官-细胞-基因靶点串成了一条清晰的关系链，从整体上揭示细胞水平基因表达和临床表型的相关性，帮助研发人员克服了传统批量分析方法的局限性，推动了疾病生物标记和药物治疗靶点的发现（图1）。随着单细胞技术在临床研究和临床试验中应用越来越广泛，单细胞转录组数据已经得到大量积累，其在新靶点发现、评估和验证等方面都存在着极大的挖掘价值。然而，如何在成千上万的文献和数据集中快速获取符合研究需求的临床或模型研究数据，是一项对人力投入和专业度都要求较高的工作。图1

CD4细胞中均呈增加趋势（补充图4B和4C）。B细胞的频率在淋巴器官和骨髓中急剧下降（图4A-D），动力学研究表明，TAK-981处理6小时后血液中B细胞开始减少（图5A和5B）。图5

研究背景基因不稳定性是癌细胞进化的标志，因此，癌细胞经常会发生基因改变，从而产生异常蛋白质。免疫系统将这些异常蛋白识别为非自身抗原(称为新抗原)，并引发抗肿瘤免疫反应(癌症免疫监测)。因此，临床表现明显的癌症在发展过程中有两个关键的步骤：1、通过降低易引起免疫反应的异常蛋白的表达来降低免疫原性；2、参与免疫抑制细胞和免疫抑制分子等多种免疫抑制机制的免疫逃逸机制的建立。以免疫检查点封锁(ICB)为代表的癌症免疫疗法释放效应T细胞的作用并杀死癌细胞，导致多种癌症类型的肿瘤消退。然而，在接受癌症免疫治疗的患者中，超过一半的人对ICB没有反应，即使在联合治疗后也是如此。因此，迫切需要开发更有效的治疗方法。Treg细胞是一种有吸引力的癌症免疫治疗靶点。在动物中，有报道称选择性消耗Treg细胞可显著增强抗肿瘤免疫反应并有助于肿瘤的根除。在人类中，由于Treg细胞最初被鉴定为CD25+CD4+T细胞，先前的研究已经通过抗体或由IL-2和白喉毒素活性结构域组成的重组蛋白靶向CD25来检测Treg细胞缺失的影响。此外，鉴于Treg细胞在自我耐受中的关键作用，在动物中，Treg细胞整体耗竭可触发自身免疫。因此，一个重要的问题是如何控制Treg细胞，在不诱导有害自身免疫的情况下唤起和增强抗肿瘤免疫，这强烈表明有必要开发具有优异选择性的Treg细胞耗尽方法来消除肿瘤浸润的Treg细胞。方法流程选择20岁以上晚期或复发性ccr4阴性癌症患者，采用抗CCR4单抗的免疫组化方法检测CCR4的表达，所有患者都进行了心电图检查，以确认没有需要治疗干预的心脏异常。将20例和19例患者随机纳入莫加单抗剂量分别为1.0和0.1mg/kg，用药8周，随后每月静脉滴注，直至观察疾病进展。采用密度梯度离心分离PBMC，为了收集TILs，用gentleMACS解离仪将新鲜的肿瘤解离成单细胞悬液，并对制备的细胞进行免疫监测检测，后续进行流式细胞分析以及ATAC-seq数据处理。研究结果1、CyTOF分析显示莫加单抗治疗后的综合免疫学特征研究了4名患者(1名PR患者和3名PD患者)治疗前(治疗前两周内)和治疗后的外周血单个核细胞(PBMC)样本，从这些患者中可以获得足够数量的样本进行细胞分析(图1a)。CyTOF的综合免疫学分析显示，莫加单抗治疗后，不论计量多少，ccr4阳性细胞均减少。如Treg细胞，大多数CD4+T细胞的数量增加了(图1b,c)。莫加单抗治疗后，虽然大多CD8+T细胞数量增加，但CD8+T细胞亚群减少(图1c)。簇12和簇16中观察到，CD8+T细胞簇中的簇12(簇1、6、12、13和14)仅在使用莫加单抗后才下降(图1f,g)。而B细胞和单核细胞，在莫加单抗后没有显著改变，这些数据表明，莫加单抗有效地耗尽了Treg细胞，但CD8+T细胞亚群也受到影响。通过使用莫加单抗治疗的患者获得的纵向CyTOF数据揭示了一个全面的免疫景观2、莫加单抗治疗有效地耗尽Treg细胞从一名胃癌患者身上收集莫加单抗治疗前后的肿瘤组织。莫加单抗用药后，eTreg细胞的绝对数量和频率明显减少(图3f)。因此，无论测试的剂量(0.1和1.0mg/kg)，莫加单抗都可以被认为有效地耗尽外周血中，甚至肿瘤中的eTreg细胞，尽管CCR4表达的缺失可能会阻碍其作用。莫加单抗治疗减少了外周血中所有T细胞亚群3、中枢记忆CD8+T细胞和eTreg细胞对莫加单抗治疗表现出不同的敏感性对健康个体外周血单核细胞的体内数据进行了分析，莫加单抗添加量为10μg/mL时，中枢记忆CD8+T细胞显著降低，反映了体内剂量为1.0mg/kg。然而，当莫加单抗低于1μg/mL(体内小于0.1mg/kg)时，与中央记忆CD8+T细胞相比，莫加单抗有选择性地消耗eTreg细胞，这表明由于eTreg细胞的CCR4表达高于中央记忆CD8+T细胞，因此莫加单抗优先靶向eTreg细胞。在1.0mg/kg剂量的莫加单抗下，eTreg细胞和中央记忆CD8+T细胞均降低，而在0.1和0.01mg/kg剂量下，与eTreg细胞相比，中央记忆CD8+T细胞的降低率更低。CCR4表达的中央记忆CD8+T细胞的意外下降可能在莫加单抗在实体癌症患者中的低临床疗效中发挥作用，考虑到具有中央记忆性CD8+T细胞且CCR4表达低于eTreg细胞或NK细胞表现出耗尽表型的患者的相对有利的临床病程，这避免了抗肿瘤效应成分的意外耗尽。莫加单抗治疗后，CCR4表达的中央记忆CD8+T细胞减少结论该研究通过单细胞测序、流式细胞分析等方式研究了中枢记忆性CD8+T细胞调控莫加单抗的抗肿瘤治疗效果，在接受莫加单抗单药治疗的实体癌患者中，使用过量莫加单抗可导致CCR4表达的中枢记忆CD8+T细胞下降，同时Treg细胞减少。与长期存活者相比，短期存活者中枢记忆CD8+T细胞的减少更为显著。因此，建议仔细确定莫加单抗用于癌症免疫治疗的最佳剂量。目前，在临床研究中给患者使用的莫加单抗剂量可能没有区分靶向效应Treg细胞和中央记忆CD8+T细胞，为了避免免疫治疗过程中效应成分的耗尽，剂量改进是必要的。参考文献Maeda

2022年2月23日，与北京子公司及示范实验室同步，新格元仪器GMP生产基地在苏州工业园区生物医药产业园三期正式投入使用！新格元仪器GMP生产基地建筑面积2100余平米，坐落于苏州工业园区新泽路1号生物医药产业园三期A区1号楼，将全面用于新格元自主开发仪器设备及未来体外诊断医疗器械的生产质检相关工作。目前，新格元已推出自主开发及生产的Singleron

B期显著增加。HOXA9在HSC/LMP期高表达，然后在proB期后表达下降。作者利用这种转录因子和下游靶基因在单细胞水平上的分期特异性表达，构建了分期特异性基因之间的关系网络（图2）。图2

鉴定肿瘤细胞和主要的上皮细胞类型（包括Club）2、Club与PCa发病相关并参与雄激素信号传导为PCa治疗提供理论基础对比其他上皮细胞，Club高表达管腔祖细胞（Luminal

近日，南京医科大学附属苏州市立医院生殖与遗传学中心李红教授团队采用新格元单细胞测序技术在《Biomolecules》上发表卵泡微环境异质性的单细胞转录组测序文章，题为：Single-Cell

本次网络研讨会将讨论单细胞数据分析方面的两项最近成果，结合实际案例展示，以解决临床单细胞从业者所遇到的主要现有瓶颈。1、新的细胞鉴定计算方法，从单细胞测序中无偏识别分子特征。2、全新临床单细胞数据库，帮助转化研究和药物发现。会议预告开播时间2022

B(图4D)。免疫组化证实，D组的B淋巴细胞数量（CD79a+）减少（图4E）。此外，latent

前言中枢神经系统由不同类型的神经元和神经胶质细胞组成，它们在形态学、生理学和分子marker方面差异巨大。区分成熟神经元亚型的转录特征往往在细胞周期后出现，并在产后发育过程中逐渐变得清晰。而在有丝分裂阶段，目前尚未确定发育轨迹是由特定的谱系决定，还是在发育后期通过与环境的相互作用而产生变化。单细胞测序的出现能够帮助研究人员进一步解析组织在发育过程中涉及到的细胞分化关系，目前已广泛应用于小鼠、斑马鱼等模式生物的胚胎发生，但在小鼠前脑的神经发生领域尚未有相关文献报道。因此，本研究通过scRNA-seq结合STICR平行标记，重建了前脑神经发生期间的谱系关系，并期待借此结果来更好地解释神经发育障碍。研究方法为了确定小鼠前脑中不同细胞类型的发育谱系，研究人员采用了一种STICR的慢病毒示踪的方法（用于识别细胞克隆关系的scRNA-seq兼容示踪剂），它可以使用编码合成寡核苷酸序列（谱系条形码）的慢病毒库对单个细胞进行高通量标记。在E10.5（STICRE10）、E12.5（STICRE12）、E13.5（STICRE13）、E14.5（STICRE14）时将STICR标签库通过子宫内注射引入胚胎的侧脑室，从而对有丝分裂祖细胞，以及皮层，基底神经节，海马体和嗅球（OB）的子细胞进行标记。等到小鼠的出生后阶段，标记的细胞分化成成熟细胞类型，然后解离前脑组织，通过eGFP表达来富集病毒感染的细胞进行scRNA-seq，对细胞进行溯源分析。STICR实验流程基因表达特征和细胞谱系关系在胚胎发生过程中，不对称分裂的放射状神经胶质细胞和沿心室表面扩增的有丝分裂祖细胞在有丝分裂后，产生神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞。从分析结果可以看出STICRE10、STICRE14的克隆分布在同样的细胞群中，其中STICRE10显示少突胶质细胞和少突胶质细胞前体细胞（OPCs）之间的耦合更强，而STICRE14型则显示出这两种细胞类型和星形胶质细胞之间拟合也比较好。相比之下，STICRE10中标记的有丝分裂祖细胞的克隆可产生多达30个姐妹细胞，远高于STICRE14中的13个。说明相比于晚期，早期标记的祖细胞能够产生更高比例的克隆分散在多个细胞类别中。图1

作为科研界的“当红炸子鸡”，单细胞测序与数字空间组的联合应用正逐步成为国自然基金申请的“科研宠儿”。新格元高分辨率的海量单细胞多组学测序技术是揭示肿瘤研究中克隆异质性研究的重要技术。而非因生物搭建的国内首个空间多组学开发实验室，引入的国内第一个DSP数字空间多组学技术平台可解决传统分析平台无法原位获取某个细胞亚群内多重靶标表达数据的难题。二者强强联合，将极大帮助科研工作者解读肿瘤异质性及其复杂的微环境，也将为肿瘤免疫学，神经生物学等重要转化医学课题带来革命性的创新，更好地助力国家自然基金的申报。本次会议通过对单细胞测序与数字空间组技术的介绍，让大家快速了解两项技术的研究背景、分析内容和联合应用案例，以及如何将两项技术融合到各位专家老师的国自然课题申报中。会议预告国自然pick：单细胞测序与数字空间多组学的“升级玩法”时间：2022年2月18日下午15:00-16:20江燕新格元生物科技有限公司科研服务部高级总监2007年在南京农业大学获得分子生物学方向博士学位，随后在美国、新加坡和瑞典的3所国际研究机构从事研究工作。2015年回国后进入北京大学生命科学院，2017年加入南方科技大学生物系任研究助理教授。一作在PNAS、Plos

cells）进行了scRNA-seq研究，采用无监督聚类方法，我们在7种细胞类型中识别出了32种细胞转录状态（图2a-b）。并计算了各转录状态下细胞丰度与严重毒副反应之间的关系，发现CD4

研究背景在哺乳动物中，脂肪组织主要分为白色脂肪组织（WAT）和棕色脂肪组织（BAT），前者专门储存能量，后者产生热量以维持体温。WAT在解剖学上分为两大脂肪库，内脏脂肪组织和皮下脂肪组织。已经证实附睾脂肪组织（EAT）和腹股沟脂肪组织（IAT）分别是小鼠内脏和皮下脂肪组织的代表性模型。越来越多的证据表明，脂肪干细胞（ASC）的不同特性将介导EAT和IAT的不同特征。方法流程作者使用scRNA-seq对来自瘦和肥胖小鼠的EAT和IAT中的异质性ASC进行比较表征，研究了肥胖刺激如何影响ASC特征，并确定了调节库选择性脂肪组织重塑的关键ASC亚群，包括饮食诱导肥胖中的新生脂肪生成、纤维化和炎症。此外，通过ASC移植和淋巴结（LN）清扫实验，研究了内在或组织微环境因素是否会驱动脂肪库特异性ASC簇的不同特征。图1

号外号外！新格元又又又更新标准分析报告啦！！各位尊敬的客户，还在为样本的挖掘方向表示忧虑，无从下手嘛？还在看着千篇一律的点图、柱状图嘛，羡慕高分文章里那么多吸睛的结果展示嘛？全新的新格元标准分析流程CeleScoot-1.0.0从样本指标，到分析方式，到结果展示，将会带给您全新的体验！新版本标准分析报告来袭，特地连夜给大家整理了这次SUPERRRRRR分析报告的优化亮点，快来一起看看吧！！！！亮点一依托于SynEcoSys数据库进行自动化注释在CeleScoot标准分析流程中，依托于Cell-ID[1]

◀基因功能集合分析简介▶在单细胞测序的高分辨率下，细胞展现出了较传统方法相比无法得到的高异质性。因此在单细胞数据分析中，常常会遇到根据已知细胞marker基因无法注释的细胞亚群，如肿瘤细胞亚群或免疫细胞亚群。在寻找此类亚群中的生物学关键基因时，现有寻找差异基因的方法较为局限，原因如下：1.

BZ)、视比特机器人、找钢网、小猪短租、飞步科技、Fordeal、T11生鲜超市、燧坤智能、炎明生物、Cider、智云健康、黑芝麻智能、壁仞科技、票易通、PAQ

为进一步赋能科创属性较强的中小微人才企业，助力企业在上级人才项目争取、高价值专利研发、备战资本市场、专精特新资质申报等方面取得重大突破进展，自2020年起，苏州工业园区人才办组织开展“金鸡湖合伙人计划”工作。

2021年10月11日-12日(IGC2021)第五届免疫&基因治疗论坛在北京顺利举行，来自国际权威监管、科研院所、院士及企业领袖等80余位嘉宾代表、1000余位专业听众出席了IGC论坛，对前沿疗法“从创新到转化，从实验室到临床”的切实路径进行热烈探讨，为我们奉献了一场视听盛宴。同时我们也在B20展位上展示了新格元一站式单细胞测序解决方案产品。大会精彩本次大会从3大专场12大细分专题出发，解析国内外免疫基因及细胞治疗政策与监管趋势，探讨下一代IO/自免新靶点抗体、补体、细胞因子药物、细胞免疫治疗、AAV基因治疗、基因编辑治疗、mRNA肿瘤疫苗等的新研究、新技术、新产品的领先突破，吸引了众多专业人士现场参会。新格元精彩在大会的新格元展位上，我司展位的海量单细胞多组学测序试剂盒、Singleron

近日，根据《关于做好2021年度苏州市高新技术企业培育工作的通知》（苏科高〔2021〕13号）和《苏州工业园区关于组织2021年高新技术企业培育申报的通知》有关规定，苏州新格元生物科技有限公司凭借自主研发生产的一站式单细胞测序产品及企业良好的社会责任感，经企业申报、专家评审等程序成功被苏州工业园区拟推荐为2021年度苏州市高新技术企业培育库入库企业。☆————————创新是企业发展的根本动力，高新技术企业培育是指企业通过高新技术企业培育库入库培育，成长为高新技术企业，以及在获得高新技术企业后的持续培育。苏州市政府办公室于2021年4月份发布了《苏州市高新技术企业培育新三年行动方案（2021～2023年）》的通知，旨在以增强企业自主创新能力为核心，引导支持企业创新发展，继续组织实施高新技术企业培育计划，加大高新技术企业培育力度，形成以高新技术企业为代表的创新型企业集群，为我市经济高质量发展提供有力支撑。本次成功被推荐为苏州市高新技术企业培育库入库企业是政府和社会对新格元的认可，新格元的快速发展离不开各级领导的大力支持，也离不开每一位新格元人的努力拼搏。新格元必将再接再厉，深入技术攻关及产品创新，深耕单细胞测序领域，为大家带来更多更好的产品！-THE

新药研发过程中，在获得一定数量的活性化合物之后，往往需要经过漫长的筛选过程。如果说活性化合物筛选和优化是横亘在新药研发管线中的必经阶段，那么，高通量药物筛选就是镶嵌在这个管线上的最佳实践。稳定高效的药筛平台被誉为原研创新药物的“种子孵化器”，目前高通量药筛方法可分为两大类：生化水平(biochemical

中国微循环学会转化医学专业委员会衡山论健医学强基计划联合新格元将连续推出3期单细胞测序技术及应用专题讲座。第一期将在8月4日晚8点进行，新格元生信与数据中心高级副总裁范珏博士做题为“新型单细胞多组学技术推动创新药研发”的报告，与大家分享单细胞多组学技术及其在创新药研发中的应用价值。报告内容高通量单细胞转录组测序已成为药物研发中不可或缺的工具之一。单细胞测序通过探究疾病中异常细胞的状态，可以更好的了解疾病发生机制，了解药物作用的细胞类型和对不同细胞的具体影响。对于疗效反应不同的病人，可以更精准了解耐药机制，规划联合用药的方案。随着技术的发展和进步，单细胞测序也开始向多组学方向扩展。此次分享将通过线上直播的形式为大家深入介绍单细胞多组学技术，欢迎大家扫码踊跃报名参会！报告专家范珏

。01高通量基于Singleron单细胞平台单通道可实现最多30000+个细胞的免疫组库多样性检测02信息全面、高分辨率可获得单个细胞免疫组库信息和3'端基因表达信息03捕获效率高基于3'端Ploy

7月13日，新格元生物科技有限公司体外诊断医疗器械生产基地在苏州工业园区生物医药产业三期正式开工。01Biobay入驻服务部经理袁俏、工程部经理胡俊刚、新格元高级总监邱匀彦、工程总监张四福等出席开工仪式。新场地面积共计2149平方米，将全面用于新格元体外诊断医疗器械的研发生产工作。开工仪式上，新格元高级总监邱匀彦先生感谢了Biobay一直以来对新格元的关照，并强调了安全第一的施工原则，殷切希望我们的生产基地能够顺利的完工并尽快投入使用。苏州新格元于2018年6月注册成立，一直致力于将自主开发生产的突破性单细胞测序产品应用于临床检测、健康管理和药物开发领域。公司成立后得到园区政府和Biobay的大力支持，发展迅速，于2021年6月获得中国潜在独角兽称号，并已拥有国际领先的一站式高通量单细胞测序平台，提供从组织样本处理，高通量单细胞分离及测序文库构建，到数据分析和临床意义挖掘的全面解决方案。现有产品包括自主开发生产的Singleron