微生物组与肠道紊乱、代谢综合征和多种免疫疾病密切相关，研究人体内微生物组对疾病研究至关重要，受到研究者的广泛关注。2022年4月，荷兰格罗宁根大学医学中心傅静远教授团队在国际顶刊

科学的方案设计，严格的质控管理，专业的分析团队，丰富的项目经验，优质的项目服务，确保每一个环节都能出色完成，全面助力科学研究。也衷心祝愿各位老师在科研的道路上以梦为马，一往无前~参考文献[1]

通过定殖小肠引起腹泻，导致儿童和婴儿的发病和死亡。细菌分泌的脂多糖（LPS）激活肠上皮细胞（IECs）的免疫反应，诱导产生细胞因子、趋化因子和急性期蛋白。此外，Toll样受体(TLRs)和NF-κB

850K甲基化芯片位点信息850K甲基化芯片有那些分析流程呢？诺禾致源提供850K常规基本分析（DMP、DMR、hypermethylation、hypomethylation

一直以来，自我超越是我们时刻追求的状态，不断地深化整合、突破、攻坚，只为……现在，我们推出DNA甲基化超新星（Supernova）周期，如下：01全基因组甲基化测序WGBS，超新星周期20天。02850K甲基化芯片，超新星周期20天。注：1.

染色质微环境是生物体表观调控从而调控基因表达的动态平衡的体系。在染色质微环境中，任何一种承载信息，且可遗传的修饰机制，都可以作为表观遗传的一种mark。染色质微环境的动态平衡是保持细胞正常增殖、分化、代谢和功能活动的重要条件。在上篇中，我们整理了几种研究染色质微环境的技术（表观多组学

真核生物的核DNA并不是裸露的，而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体，核小体经逐步的压缩折叠最终形成紧密的核小体组蛋白八聚体结构。DNA的复制和转录都需要将染色质的紧密结构打开，从而允许一些调控因子结合（转录因子或其他调控因子）。

往期精彩推荐N种组装策略，总有一种适合你Nanopore+Pacbio=参考基因组完成图基因组学未来之星｜泛基因组开启遗传育种新时代数据+算法造就火爆Gap-free基因组现象DENOVO研究部

circRNA分别进行敲除。结果表明，circ00043被敲除后细胞中的自噬标志物LC3显著升高。序列分析显示，circ00043（circPARD3）是由人的PARD3

诺禾致源动植物基因组数据库A+版全新上线诺禾致源助推项目攀高峰，棉花基因组助力育种NG再现诺禾致源助力项目成果再登NG，基因组研究聚焦芥菜起源、驯化和多样性产品研发部

个候选基因，涉及细胞分裂、细胞扩增、生长素信号传导和葡萄糖转运的调节。生长调节因子GRF7（BjuA05g02460S）在茎芥的茎瘤膨大过程中表达上调，而生长素响应蛋白IAA33

RNA建库测序分析工作。病毒侵染通常会伴随昆虫叮咬或者机械损伤，损伤会激活非常强烈的钙流，钙流信号由钙离子感应器——钙调蛋白CaM进行传递。在诱导敲除CaMs的16c本生烟中，表达dsGFP,

在上篇中，我们整理了几种研究DNA甲基化的技术（一份超详细的DNA甲基化技术指南·上篇），本期小编主要详细介绍一下诺禾致源提供的WGBS、850K甲基化芯片及RRBS技术服务。技术总览诺禾致源自2013年开始，一直致力于DNA甲基化研究。诺禾致源的WGBS是基于全基因组水平，实现单碱基分辨率的甲基化位点精准定位，能够快速准确地找到差异位点，实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。一WGBS基于全基因组重亚硫酸盐转化的WGBS法，能够实现单碱基分辨率的甲基化位点精准、高效定位。通过全面分析不同处理方式下的全基因组甲基化水平，快速准确鉴定出差异甲基化区域，有助于我们更加全面深入地了解动、植物的甲基化模式和表观调控机制，在动物行为、植物胁迫、植物性状、胚胎发育、癌症疾病、生物标记物等方面具有广泛的应用。

外泌体广泛存在于体液中，参与胞间通讯，有关外泌体及其相应分子机制逐渐成为热点，外泌体相关的国自然基金中标数逐年上升。据不完全统计，2020年国自然涉及“外泌体”“细胞外囊泡”等关键词的中标项目高达550+，基金总金额近2.5亿，外泌体研究势必会逐年攀升。上篇了解了外泌体多样化富集鉴定手段，及单组学分析内容与思路，那么针对与多组学生信分析点与个性化作图，外泌体转录组学与蛋白组学相关联又能实现或挖掘什么呢？话不多说，下文走起～外泌体多组学，分析什么？诺禾致源外泌体生信分析主要涉及转录组学、蛋白质组学及二者关联分析，具体分析内容见下图：除转录组学与蛋白组学鉴定、定量、差异、基因/靶基因/来源基因功能富集等经典的生信分析内容外，依据不同RNA各自的功能特性开发的ceRNA、WTS（基于差异）网络能够进一步诠释相互作用机制；结合蛋白层面的数据，从功能、表达水平两个层面挖掘共有点或者特有点如今也成为多组学关联分析的一大趋势。另外，翻译组（Ribo-seq）为RNA与蛋白之间的桥梁，利用好翻译组辅助验证ncRNA的翻译潜能或者mRNA的翻译效率，能够进一步诠释组学之间的关联性，深入解决生物学问题。

背景：外泌体研究与应用已经渗透到多个领域，在医学方向（肿瘤、免疫、神经、心血管、糖尿病等）、农学方向（植物、微生物）以及工业化方向（靶向药物递送、美容制品）的研究成果更是层出不穷。诺禾致源外泌体测序产品结合自身平台优势，提供外泌体富集、鉴定、测序、多组学生信分析、个性化分析作图、售后云平台一系列服务，利用全面技术手段、多样化测序平台为您的科研拨开云雾，勇攀高峰！现在跟着小编的脚步，一起探索了解下吧～ONE

Nanopore测序技术是是基于电信号对碱基进行识别的的测序平台，该原理不同于Illumina和PacBio平台（基于荧光信号识别碱基）。因此Nanopore优点是测序时间短，通量大，读长更长。特别是推出了ONT

DNA甲基化在维持细胞正常功能、胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥了重要作用，目前已经成为表观遗传学和表观基因组学的研究热点。针对不同的研究目的，甲基化研究方法也是日新月异，难免使人无从选择，本期小编带大家一起了解一下DNA甲基化的那些事儿~01什么是DNA甲基化？作为真核细胞中普遍修饰方式的DNA甲基化（DNA

NDM8基因组插入和缺失变异的密度分布图此外，NDM8基因组中，有603个插入和缺失位于526个基因的外显子区，其中有189个与TM-1为同源基因，76个为非同源基因，261个未注释到功能。例如，

随着二代测序技术的发展，RNA-seq技术以其高通量、高灵敏度的特点广泛应用于基础研究、临床诊断、药物研发等多个领域。在RNA-seq技术的工作流程中，样本制备是其中的基础环节，而好的样本质量是实验成功的前提。诺禾致源在基因测序领域深耕十年，在RNA-seq项目中积累了上百万个样本的处理经验，对RNA样本可能遇到的质量问题有深入分析和研究。其中约60%为RNA降解，30%为RNA总量不足。为帮助科研用户获得最佳质量的RNA样本，本文将从样本采集、保存、运输等方面教您如何有效改善您的样本状态。01样本采集1.

盲肠内容物宏基因组、宏转录组和代谢组共享许多KEGG途径文献四无烟烟草宏基因组和宏转录组的探索[4]研究背景:无烟烟草中发现的微生物有致癌作用，并促进内毒素和某些促炎成分的合成。测序手段:

近年来，越来越多物种的参考基因组逐渐被测序公布，通过对同种不同个体植物基因组间的相互比较，人们逐渐认识到单一参考基因组不能涵盖该物种的所有遗传信息，不足以代表整个物种基因多样性，泛基因组的概念也由此产生。泛基因组作为参考基因组，相对传统的单一参考基因组，能呈现更加全面的种群基因组信息。随着测序技术的快速发展，测序成本随之大幅度降低，植物泛基因组也迎来了黄金发展期。仅2021年上半年就有多篇泛基因组文章发表，水稻泛基因组更是发表在

现今生物医学领域的研究热点方向已经从关注单个基因的功能逐渐转向多个基因甚至是整个系统,整合基因组、转录组到翻译组多种类的组学数据,搭建从基因型到表型的动态关联,才能以整体而科学的视角理解生命系统的运作模式。针对以上应用场景，2021年7月5日-7月8日,诺禾致源发布了“源聚于新——转录调控多组学拓新应用专题研讨会”系列公开课。以近年来发表的高分文章入手,盘点具有发展前景的前沿技术,为老师提供具有前瞻性的多组学科研思路。本次公开课共有九节，2021年7月5日至今，累计观看次数7270+，我们一起看下精彩的课程回顾（点击文末“阅读原文”，回看公开课视频）图1

RNA甲基化作为近年的研究热点，为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度，其相关研究受到国自然科学基金的青睐，同时，文章成果频发。在往期的微信中，我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。今天，我们一起看下2021上半年的文章发表情况。点击文末“阅读原文”，获得推荐文章列表，提取码：se8x。利用PubMed检索m6A

近几年，二代建库测序周期已经得到飞速提升，但前期的样本处理及建库扩增过程仍容易产生很多问题。难道只要顺利提取了核酸样品，就不会遇到其他问题了吗？不，可能文库的浓度太低；成功构建了文库，就不会遇到其他问题了吗？不，还需要确定测序策略；顺利上机测序，就不会遇到其他问题了吗？不，还可能mapping率过低...不要着急，你想知道的二代建库测序常见问题都在这里了！1.测序常说的测通是指什么？测通是指测序的reads长度能完全覆盖插入片段的大小（PE测序为双端reads长度之和），例如，PE150测序策略能够测通插入片段小于等于300bp的片段。2.为什么Aglient2100不能直接检测SmallRNA的完整性？因Aglient2100检测的原理是根据28S和18S核糖体RNA的峰值（峰面积）比值算出来的，总分为10分，如果提取的RNA样品中不包含这两种核糖体RNA则计算不出RIN值。3.RIN值过低对测序结果会有什么影响？RIN值是agilent

element，TE)和SDs[3]。该研究表明，重复基因是产生新基因和新基因功能发生适应性进化的温床。SD产生大量的重复基因，并通过剂量效应或新/亚功能化影响植物性状；而TE

为了更好地支持科学家表观调控新技术的研究，新技术板块推出“源聚于新”系列活动，免费开放新技术产品多组学线上公开课和驻地培训课程，同时，为结算项目配套相应的分析券，实现售后分析绿色通道。旨在为全国科研工作者进行新技术研究提供经费和技术支持。推动从基因结构、转录调控到翻译等多组学、多维度研究的技术发展。专题研讨会往期精彩推荐源创共赢——转录调控线上研讨会，国自然热点技术解析表观领域前沿技术文章盘点

分析方法是利用测序数据比对参考基因组来完成遗传变异的检测,在基因组组装效果不理想的情况下，可以通过相互比较来自不同样本的恒定长度k的序列（称为k-mers）集，来识别更广泛的遗传变异类型，如

技术，该研究成功测定了拟南芥、水稻及玉米多组织的翻译组图谱，并基于此对三个物种进行了基因组的重新注释。结果在拟南芥、水稻及玉米中分别鉴定到了896、4602及2572个新的

继3月份合作文章五连发以来，动植物合作文章再迎发表井喷，三个月来又连续在多家高水平杂志发表共同作者基因组合作研究成果八篇。项目文章一

插件种类多QIIME2中的用户的某个特定功能即为插件，除已经介绍的DADA2外，还有拆分样品的q2-demux插件、Alpha-或beta-多样性分析的q2-diversity插件等。QIIME

基因组数据库是近年来高水平文章中的流行趋势，也是科研工作者的有力助手。千呼万唤始出来，经过紧锣密鼓的调研和多轮测试，动植物基因组数据库A+版终于与大家见面了。下面就让我们来一睹A+版本的真容吧！九大模块A+版数据库主要有三大展示模块和六大功能模块，共九大模块。三大展示模块包括Home、Genomes、Contact，主要用于展示数据库、基因组和比较基因组基本信息。六大功能模块包括Blast、JBrowse、Search、Pathway、Tools和Download，其中Tools中又包含Sequence

6月，动植物基因组团队携十年研究项目经验高阶生信培训班为你而来。我们在浩如烟海的文献、多种多样的分析、复杂晦涩的代码中吸取精华，汇集经典文章方案、分析思路、实用操作、投稿经验，“十全大补”提高你的学习和工作效率，或许你还能在这里结识同道伙伴。本期我们来预习主题课程之：重测序专题。变异检测变异检测是指通过高通量测序技术对某一物种个体或群体的基因组进行测序及差异分析，获得大量的遗传变异信息，

最近小编又徜徉了一下denovo产品相关的“文献海洋”，发现条条大路通“罗马”-参考基因组。大家都知道一篇参考基因组的文章大致有几个部分：测序、组装、注释、比较基因组学、生物学问题。其中测序策略，组装软件更是“百花齐放”，让人“眼花缭乱”，直接得了“选择困难症”。下面简单列举几个“答案”，让测序策略不纠结！选择题一我想“一步到位”，直接拿到完整参考基因组人类基因组组装至今已有20年，近期T2T联盟发表了多篇关于人类基因组端粒到端粒版本、0gap版本的文献。随着技术的发展，人类基因组在不断接近100%，在考虑完整度的同时，也要兼顾完整性。因此在选择策略时，具有长度优势的

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很多研究者可能也有同样的困惑，前期已经开展了很多的群体基础研究，解析了物种的起源进化机制，或者发现了新的驯化位点；可近些年三代技术又这么火，还需要进行补充研究吗？如果要开展三代研究，该怎样选样呢？下面小编结合最近发表的文献，跟大家来聊聊群体研究基础上的三代选样思路～思路一WGS

导语小编在上期circRNA推文中分享过circRNA在转录调控、分子海绵（sponge）、mRNA前体剪切竞争等方面的作用。那么关于高分文章必杀技——circRNA的翻译潜能，我们可以挖掘什么信息呢？请看下文。文献速递一CircPPP1R12A编码的新型蛋白通过Hippo-YAP促进结肠癌转移和发病[1]背景：结直肠癌是全球常见的一种恶性肿瘤，结直肠癌中是否有蛋白编码circRNA的参与仍是未知的，且它们的功能性产物也很难检测到。本文作者围绕circRNA在结直肠癌的发生发展中发挥的作用进行了探索。测序：circRNA-seq技术路线：（点击放大查看清晰图片）研究结论：

01动植物基因组数据库新品上线022021升级版动植物基因组培训班来袭哪里不会学哪里，高分文章属于你。课程内容如下

研究课题如何入手？生物科研领域有多少技术/平台可供选择？哪些更适合自己的研究？大量信息获取渠道如何筛选有效信息？诺禾致源设身广大科研工作者倾心打造生物科研领域最“贴心”网站——诺禾致源科技服务与产品于今日正式上线！研究内容与技术适配农学、医学、单细胞动物、植物、微生物不同研究内容适配专属前沿生物技术研究哪里点哪里让您知识结构更全面课题方案策划更完善研究成果更优质！研究方向与多组学结合诺禾致源深耕基因测序领域十年汇集全面先进的技术平台广泛覆盖基因组、转录组、蛋白组、表观组等众多组学并推出疾病/癌症/动植物/微生物多组学联合分析背靠诺禾科服版块强大后盾为不同研究方向的老师提供适合的解决方案多维度参考多组学研究您的又一文章提分利器线上学习与咨询一键直达网站开放线上直播通道直达诺禾优质在线课程业内专家与公司高级技术人员齐聚让您足不出户探索基因奥秘另有渠道接收各方技术咨询24h内专人回复并配备强大产品、技术团队及时解决您的科研疑问更多内容，等您来看微站通道1.

参会邀请2021年中国肠道大会将于2021年5月28-30日在南京举办。诺禾致源受邀参加此次大会并在现场设置了展位——C009号，期待与广大科研学者一起交流探索肠道奥秘、推进肠道产学发展。

值矩阵归一化；通过组信息和筛选标准筛选差异甲基化位点和差异甲基化区域；根据差异甲基化位点和差异甲基化区域的注释信息，对相关基因进行功能富集分析；最后进行表观功能模块分析和拷贝数变异分析。图1

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泛基因组测序是运用高通量测序及生物信息分析手段，针对近缘物种、不同类群、亚种或品系材料进行测序、组装和分析，是基因组研究中的旗舰配置。常规的泛基因组分析包括变异检测（SNP、InDel、SV、PAV等）、核心和可变基因组分析、比较基因组分析（系统发育树构建、分歧时间估算、基因家族扩张与收缩、正选择分析、共线性分析/全基因组复制）等。近几年来，泛基因组研究结果的井喷式发表极大地启发了我们对动植物基因组的研究思路。为此，我们在前述常规分析内容的基础上，结合近三年来发表的相关文献，对泛基因组结题报告进行了三大升级，让您得到更加全面、深入、前沿的研究结果，以期能够对您关注的特定生物学问题研究有所启发。

分子，在真核生物中广泛存在。circRNA研究自2014年兴起，基金情况呈现逐年递增趋势，在2020年基金额保守达到3000万+（数据摘自：Let

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近日，Cell发表了中科院李家洋院士和高彩霞研究员等团队关于四倍体野生稻从头驯化的重大进展[1]，引发了科研圈对于植物驯化研究的热议。小编特地总结了近期发表的相关驯化机制和SV-驯化文章思路，作为各位读者开阔思路的智慧锦囊～～

棉花是我国重要的经济作物，原产于亚热带。棉织物光泽柔和、透气保暖、高弹抗皱，深受世界各国人们的喜爱。栽培棉花主要包括陆地棉（细绒棉）、海岛棉（长绒棉）、粗绒棉等类型，其中又以埃及棉、新疆长绒棉、比马棉为棉中三甲，而新疆长绒棉又因量大质优而成为棉中翘楚。可可爱爱、白白净净的新疆长绒棉（图片来源：央视新闻官方微博）我国主要种植的棉花为异源四倍体，其中陆地棉约占98%。因棉花产量与纤维品质常呈负相关关系，长期以来，棉花育种研究工作者们孜孜不倦地挖掘优良性状的成因，并试图打破目标性状基因与不利形状基因的连锁，扬长避短，试图实现品质与产量的双跃升。数年来，诺禾致源先后协同多家科研院所在

技术作为目前主流的研究染色质可及性技术之一，起始量低、耗时少、重复性高的优势使其得到越来越广泛的应用，为科研工作者对开放染色质的研究提供强有力的技术支持。问卷调研诺禾一直致力于

值此诺禾十周年来临之际，诺禾致源总结了十年来积累的动植物项目经验，特此出版了《动植物基因组研究前沿与热点》。如果说先前出版的《重测序技术一本通》和《高通量测序与大数据分析》是入门级科普读物，本书将是升阶版专业读物，对动植物个性化研究前沿与组学贯穿热点进行了简明深入的阐述。本书分为了denovo个性化及研究热点，重测序个性化及研究热点，DNA多组学及研究热点三大部分，从分析简介、应用方向、技术路线和案例分享等内容，结合最新发表的代表文献进行了简明深入的阐述，包括多倍体基因组组装、Graph