单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》2.monocle概论

上一个视频中我们给大家普及了一下主流的拟时序分析软件/算法的各项特点，算是带大家初步的了解了拟时序这个分析的行业背景。那篇文章于2019年发表，距离今已经过去了三年，这些软件已经发生了天翻地覆的变化，所以我们需要重新的认识一下它们。在实操之前，我们这节课还是需要从绪论的角度了解一下monocle的背景。下一次推送就开始带大家从monocle2开始实操啦！视频奉上：
B站同步播出，连播起来比较方便：https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=2
PPT、参考文献自取：https://pan.baidu.com/s/1VwhwUttpSrw4kd9Pin1yRA?pwd=gz75

往期回顾

如果你还没学完基础课程，一定要跟着下面蓝色超链接的顺序走，每篇文章中的超链接要点开看（按顺序掌握自然没有疑问）：

B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/
单细胞测序基础数据分析保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取
手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化手把手教你做单细胞测序数据分析（七）——基因集富集分析

上游fastq文件处理：
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：dropseqRunner

细胞通讯B站连续播放起来比较方便：
https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1
往期推送单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论
单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程
单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析
给你们申请到了免费的128GB云服务器

拟时序分析B站连续播放起来比较方便：
https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1
往期推送单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》1.概论

其他单细胞相关技术贴也在这里：细胞的数量由誰决定？单细胞中应该如何做GSVA？答读者问（三）：单细胞测序前景答读者问（四）：如何分析细胞亚群答读者问（六）：Seurat中如何让细胞听你指挥答读者问（八）：为什么Read10X也会报错?
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答读者问（十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？
给你安排一个懂生信的工具人（十）：不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析：Loupe Browser
什么？不做单细胞也能分析细胞类群和免疫浸润？
答读者问 （十三）查看Seurat对象时的ERROR：type='text'
各类单细胞对象（数据格式）转换大全（一）批量整理好GEO中下载的单细胞数据
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答读者问 （十五）稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策

单细胞文献阅读：文献阅读（三）、单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化
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文献阅读（十五）、癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生

非技术帖：关于单细胞的事 谈谈后面的计划趁机预告一波有关提高"Biomamba 生信基地"运行效率事宜
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