临床如何正确解读宏基因组测序mNGS报告

临床如何正确解读mNGS报告

当临床上脓毒症引起的危重症、疑难病例以及免疫抑制的脓毒症病人遇到传统微生物检测困难时，要考虑到mNGS做为分子生物学诊断是一个有力的补充， 但mNGS报告的临床解读面临很大的挑战，还有很长的路要走。mNGS也有自己的语言， 只有充分了解它的优势和局限才能更好地利用这项工具， 才能和传统的微生物检查相互验证和优势互补，才能利于临床疑难危重感染病人的精准诊治。

mNGS检测能覆盖较大范围的病原体，病毒、 细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测，不论临床样本培养成功与否，只要含有可检测到的DNA或RNA即可。mNGS测序在感染性疾病诊断领域中的优势在于其能检测到其他传统手段无法检测到的病原体。从传统培养转向分子生物学诊断需要临床医师及临床微生物学家的思维转变，才能更好的认识和使用好这项检测技术，要技术解读与临床解读并行。

建立 mNGS 病原诊断的阈值影响因素较多，包括测序平台、测序流程、标本类型、病原种类、患者状况，目前尚无统一公认的阈值，建议各 实验室建立自已的阈值，并在临床工作中加以 验证。

诊断阈值主因素：

样本类型：无菌体液核酸含量少，背景菌易被放大，单一序列数作用有限；组织的无菌体液宿主率相对较高，阴性排除感染价值需探讨

病原体特点：胞内菌、真菌破壁难度大，阈值相对低（如结核分枝杆菌符合群≥1）；特殊罕见病原体如狂犬病毒，低序列（≥1）也要考虑；常见细菌受干扰大，需个性化设置。

对照或内参：内参/对照用于提示流程异常(操作是否准确？是否发生污染？是否需要重新检测？

序列数或相对丰度：序列数越高, 相对丰度越大结果相对可信, 特例除外；无菌体液检出常见病原体低序列(＜10)、低相对丰度（＜1%）综合判断

背景菌/数据库：基于既往数千例阴性对照建立背景菌数据库确认背景菌类别与基线任一试剂组分更换、操作流程变化均需动态监测背景菌变化与否

其它考虑因素还包括序列基因组覆盖均一性、序列比对可靠性、提取浓度、宿主率等

此外真菌和寄生虫拥有庞大基因组，可与人类宿主序列相混淆，并且可能低滴度存在于临床标本中，给mNGS 带来挑战。

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