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BROAD开发的TCGA分析平台,强大的下载功能

生信宝典 生信宝典 2022-03-29

TCGA是研究肿瘤相关机制的重要资源。在线数据库更新改版都比较快,使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似,输入一个或多个关注的目的基因,查看基因的功能注释,基因在哪些样品中存在突变,突变位点的分布,共表达网络,生存分析等。


本系列包括了TCGA本站中数据的浏览、下载,尤其是TCGA改版后的功能介绍(增加了OncoGrid展示),然后是cBioPortal,TCGA数据在线提供的分析类型最多的一个平台,再是FIREBROWSE,比较不错的在线展示和方便的数据下载功能。


cBioPortal功能强大的TCGA再分析平台

这是数据更新最实时的TCGA网站,功能强大


BROAD开发的TCGA分析平台,强大的下载功能。特定基因表达谱查询类似于OncoGrid显示特定癌症中没Mb的突变率、突变类型、基因突变类型的分布。FIREBROWSE的特色是提供了比较多类型的关联分析。数据分析方法描述、下载把基因根据表达量的四分位数分为4组之后的生存分析结果数据整体下载,FIREBROWSE提供了一个脚本工具,可以按需下载


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这么好玩的数据库,也搞一个吧,功在当代,利在千秋


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听说分享到朋友圈的朋友会在公众号周年庆时中奖 (大家还记得去年的大放送吧,不记得查查历史)


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