优化粪菌移植，要注意哪些问题？| 热心肠日报

今天是第1124期日报。

综合考量粪菌移植的成本、安全性和可行性！（综述）

Current Opinion in Pharmacology[IF:6.313]

① 万古霉素治疗初发艰难梭菌感染（CDI）更加经济，而粪菌移植（FMT）治疗CDI的疗效更好，FMT治疗复发性CDI性价比更高；② 尚无明确、通用的粪菌供体筛选标准，有报道的筛选方法较严格，通常不到20%的志愿者符合血液、粪便和尿液筛选标准；③ 研究显示，<3小时的粪便处理时间、粪便丁酸盐含量、供体饮食等因素，不影响FMT治疗CDI，供体BMI和年龄不影响FMT疗效；④ 有必要进一步研究粪菌供体特征对受体健康的影响，制定简便可行的供体筛选标准。

Fecal microbiota transplantation donation: the gift that keeps on giving
05-11, doi: 10.1016/j.coph.2019.04.009

【主编评语】随着FMT技术在更多的疾病的运用，其安全性、成本和可行性必须得到评估；《Current Opinion in Pharmacology》近期发表小综述，回顾多个研究，评估了粪菌移植的成本、安全性以及可操作性，尤其强调了目前粪菌供体筛查存在的缺陷，并在文末列举了目前的供体筛选标准，值得参考。（@小肠君）

粪菌移植的不良反应和风险（综述）

Current Opinion in Pharmacology[IF:6.313]

① 粪菌移植（FMT）可治疗复发性或难治性艰难梭菌感染，也有治疗其他疾病的潜力；② FMT整体上是安全的，包括用于免疫功能低下者、炎症性肠病患者等高风险人群；③ 腹部不适、胀气、短期低烧、排便习惯改变、腹鸣、恶心呕吐等常见消化道不良事件，大多症状较轻，且具有自限性；④ 包括死亡在内的严重不良事件较罕见，大多是由并存病或FMT操作问题引起；⑤ FMT的潜在副作用，比如由于肠道菌群改变而引起慢性疾病或传播病原体等，还需更多研究。

The dirty aspects of fecal microbiota transplantation: a review of its adverse effects and complications
05-16, doi: 10.1016/j.coph.2019.04.008

【主编评语】《Current Opinion in Pharmacology》近期发表小综述，对临床试验中展现出的粪菌移植（FMT）的不良反应进行了回顾，值得相关临床专业人士参考。（@李丹宜）

Gut：粪菌移植供体的代谢状况可影响受体

Gut[IF:17.016]

① 一项随机双盲对照试验中，22名代谢综合征（METS）患者分为两组进行异体粪菌移植（FMT），供体为胃旁路手术后成功减肥者（RYGB-D）或未做手术的METS患者（METS-D）；② METS-D组受体的胰岛素敏感性显著降低，粪便胆汁酸改变（石胆酸、脱氧胆酸、异石胆酸增加）；③ RYGB-D组有改善受体胰岛素敏感性和加快肠道通过时间的趋势，脂肪组织和血浆的炎症标志物趋化因子配体2（CCL2）降低；④ 这些变化伴随着肠道菌群多个成员的丰度改变。

Donor metabolic characteristics drive effects of faecal microbiota transplantation on recipient insulin sensitivity, energy expenditure and intestinal transit time
05-30, doi: 10.1136/gutjnl-2019-318320

【主编评语】《Gut》发表的一项最新临床研究，通过随机双盲对照试验证实，粪菌移植（FMT）供体的代谢特征可在一定程度上“转移”给受体，因此对供体代谢情况的筛选应作为优化FMT的考虑因素之一。（@李丹宜）

粪菌移植治疗肠易激综合征效果如何？或与移植方式有关

Alimentary Pharmacology and Therapeutics[IF:7.357]

① 纳入5项用粪菌移植（FMT）治疗肠易激综合征（IBS）的随机对照试验，共计267名患者（92.2%为IBS-D或IBS-M，7.8%为IBS-C），进行系统回顾和荟萃分析；② 总体而言，粪菌移植（FMT）对IBS症状无显著改善效果；③ 2项试验显示，安慰剂优于FMT胶囊效果；④ 2项和1项试验分别显示，经肠镜和鼻空肠管方式的异体FMT效果优于自体FMT；⑤ 新鲜或冷冻粪便经肠镜或鼻空肠管方式的FMT，可能对IBS有益，需更大规模、更严格的FMT试验验证。

Systematic review with meta-analysis: efficacy of faecal microbiota transplantation for the treatment of irritable bowel syndrome
05-28, doi: 10.1111/apt.15330

【主编评语】《Alimentary Pharmacology and Therapeutics》近期发表研究，对5项用粪菌移植治疗肠易激综合征的临床试验进行了系统回顾和荟萃分析，表明粪菌胶囊效果不佳，而用肠镜或鼻空肠管的方式移植新鲜或冷冻粪便，可能效果更好，需更高质量的临床试验来验证。（@李丹宜）

粪菌移植治疗儿童艰难梭菌感染是安全有效的

Clinical Gastroenterology and Hepatology[IF:7.683]

① 一项多中心回顾性研究，纳入372例11月龄-23岁、接受粪菌移植（FMT）治疗艰难梭菌感染（CDI）的患者；② 335例患者有FMT后随访≥2个月的数据，其中81%在单次FMT后治疗成功、86.6%的患者在一次或重复FMT后治疗成功；③ 与成功率增加相关的因素包括：新鲜的供体粪便、通过结肠镜进行FMT、没用饲管、FMT前CDI发作较少；④ 4.7%的患者在3月随访期内发生了严重不良事件，其中10例住院；⑤ FMT治疗儿童和年轻成人的CDI是安全有效的。

Efficacy of Fecal Microbiota Transplantation for Clostridium difficile Infection in Children
04-19, doi: 10.1016/j.cgh.2019.04.037

【主编评语】粪菌移植（FMT）可治疗成年人的艰难梭菌感染（CDI），但用于儿童患者的效果仍待研究。《Clinical Gastroenterology and Hepatology》近期发表一项多中心回顾性研究，表明FMT治疗儿童CDI也是安全有效的，需进一步研究来优化用FMT治疗儿童患者的时机和方法，特别是区别与成人患者不同的地方。（@李丹宜）

年轻肠道菌群逆转老年小鼠肠道生发中心反应缺陷

Nature Communications[IF:12.353]

① 老年小鼠肠道派尔集合淋巴结（PPs）中，生发中心（GC）反应幅度下降、GC内B细胞减少，伴随肠道菌群组成改变；② 与年轻小鼠同笼饲养，可使老年小鼠的肠道GC反应得到恢复、GC中B细胞增多，但该作用仅限于肠道，不影响系统性免疫应答；③ 移植年轻小鼠的粪菌，或灌胃霍乱毒素，也可恢复老年小鼠的GC反应，而移植老年小鼠粪菌也可增强年轻小鼠的GC反应；④ 小鼠中，衰老相关GC反应缺陷并非不可逆的，可通过适当的菌群/刺激物来改善。

Heterochronic faecal transplantation boosts gut germinal centres in aged mice
06-04, doi: 10.1038/s41467-019-10430-7

【主编评语】随着衰老，肠道免疫功能逐渐减弱。《Nature Communications》发表的一项最新研究，通过同笼饲养、粪菌移植和口服细菌毒素的方式，逆转了老年小鼠肠道派尔集合淋巴结生发中心反应缺陷，表明靶向菌群的干预方法或可用于改善衰老相关的肠道免疫衰退。（@李丹宜）

自动更新的细菌基因组物种分类注释平台

Nature Communications[IF:12.353]

① TYGS是一个好用、高通量原核生物基因组分类网络服务器，连接到不断更新的基因组、分类和命名信息数据库；② 它可以实现全基因组的系统发育推断和物种和亚种的边界估计，同时提供对命名、近义物种和相关文献的信息和链接；③ 应用于之前报导沙门氏菌亚种基因组分析，发现了新种形成的证据；④ TYGS为全世界的微生物学家开启了新的科学途径，特别有助于微生物基因组的新属、新物种或新亚种的分类描述领域的快速发展。

TYGS is an automated high-throughput platform for state-of-the-art genome-based taxonomy
05-16, doi: 10.1038/s41467-019-10210-3

【主编评语】微生物分类学(物种命名)的世界就是一个大坑，一直存在较多的争论，古典(形态学)与现代(基因测序)命名并存，现代也分为多个派系(单个标记基因、多个保守单拷贝基因、全基因组等)并存。去年Nature Biotechnology提出了基于120个单拷贝蛋白质的分类法(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1087194889)，使NCBI中58%已知基因组的分类地位改变。物种命名经常随着知识的积累而不断变化，命名相当混乱，是最需要革命而又不能一蹴而就的领域。关于基因组分类注释的软件众多，如PhyloPhlAn、Taxator-tk。本文的数据库自动更新是一个亮点，但结果随着数据更新而变的不可重复也许也是新问题，希望对领域有推动作用。（@刘永鑫）

大规模微生物基因组分析的一键式解决方案

Nucleic Acids Research[IF:11.561]

① 大规模细菌基因组分析对微生物组动态和差异菌株理解中很重要，但分析软件众多且上手困难；② M1CR0B1AL1Z3R是一个网站，可以实现一键分析数十个细菌基因组；③ 主要功能包括：预测编码基因、基于比较基因组方法的基因含量分析、直系同源基因提取、基因有无分布模式分析、同源基因提取和进化树构建 、世系间GC含量变化等；④ 网站使用较新的方法和数据库，可在 https://microbializer.tau.ac.il/上免费使用。

M1CR0B1AL1Z3R—a user-friendly web server for the analysis of large-scale microbial genomics data
05-22, doi: 10.1093/nar/gkz423

【主编评语】传统微生物组中的细菌基因组的分析方法众多，用户均选择困难、学习需要专业背景且成本高；本文作者推出的M1CR0B1AL1Z3R服务器端可一键完成分析。本软件将为近年培养组学发展，提供可用的大规模细菌基因组分析方法。（@刘永鑫）

感谢本期日报的创作者：杜海洋，梦淌在旅途，李丹宜，this little piggy，刘永鑫

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