尽管我一直觉得“2019-nCoV是人工重组病毒，以作为生化武器”的言论极为荒唐。但作为科研工作者来说，在没有证据的前提下，我不能断然否定这个言论。最近两天又有两位生物背景同学向我求证，让我意识到：这是一个严肃的话题。不能用一句“多荒唐啊，你怎么信这个？”来否定。因为来问询我的人，有多位是得到过规范科研训练的朋友。关键时候，还得请出我们在病毒研究领域的大将：王宇歌博士。王博士长期从事病毒新药研发，对HIV，HCV，CoV等病毒及其药物都极为熟悉。关注我们公众号的朋友也已经读到了王博士的很多经典推文。对于新型冠状病毒（2019-nCoV），目前主要有两个值得分析的言论。
说其值得分析，是因为这两个言论有根有据，甚至还投稿了SCI文章。尽管分析后能知道，这两个言论是谣言，但却是能获得某些有科学头脑的人支持的高级谣言。第一个是2019-nCoV是“人工重组”论，第二个是2019-nCoV“HIV插入”论。尽管该言论对制造者是美国还是中国武汉病毒所有争议，但其结论却共同，认为是人工重组的。并且还有一个很大的专门的网站提供了很多数据，包括有名有姓的“科学间谍”。首先，从进化角度，最近希腊学者在Infect Genet Evol杂志发表的“Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event.”[1]回应了2019-nCoV“人工重组论”。如上图所示，该研究发现，2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒RaTG13具有96.3%同源性。因此，2019-nCoV很大可能来源于蝙蝠。有意思的是，2019-nCoV和RaTG13两者基因组序列10901nt - 27933nt高度同源，且来源于同一进化分支，但与其他betacoronavirus-sarbecovirus不属于同一进化分支。而RaTG13实际上是在蝙蝠上发现的冠状病毒bat/Yunnan/RaTG13/2013株。这个结论与Trevor Bedford在nextstrain.org发表的进化树分析以及石正丽教授2月3日Nature文章完全一致。图中浅蓝色代表SARS相关冠状病毒，红色代表新型冠状病毒。前面提到，RaTG13与2019-nCoV具有96.3%同源性，且同属于nCoV进化分支，而RaTG13属于SRAS相关冠状病毒或蝙蝠SARS冠状病毒，所以2019-nCoV应属于SARS相关病毒，也很可能是蝙蝠SARS冠状病毒来源的。然而RaTG13和2019-nCoV只是有高度同源性，但从RaTG13进化为2019-nCoV需要25至65年。这点美国CDC网站的QA可以作为佐证，认为2019-nCoV不属于SARS-CoV，而是一种全新病毒。而对于SARS-CoV的严格定义就是2002-2003年从中国SARS-CoV感染者分离出的病毒。
在这里，我们也有必要否定华中农业大学陈焕春院士的一个观点（口误）。2月9日，陈焕春院士在新闻发布会上说“分析发现，新型冠状病毒属于SARS冠状病毒”。这种说法是错误的。
补充：陈院士在后续电话采访中纠正了自己的说法，说是漏了“相关”两个字。其次，与宿主结合的Spike蛋白序列的高同源性也提示，2019-nCoV不是“人工重组”的，而极大可能是由蝙蝠冠状进化而来的，而后跨种传播给人类。我现在最想看到的就是2019-nCoV和RaTG13高分辨率晶体结构，从而获知哪些氨基酸突变引起了2019-nCoV与宿主受体结合的变化。
很多人私信问HIV和2019-nCoV的网络传言。
HIV Env/Gag和2019-nCoVSpike插入序列同源性，及很多由此而来的各种“网络演绎”，这来源于bioRxiv上一篇文章”Uncanny similarity of uniqueinserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag”。
认真读这篇Preprint，作者所谓的2019-nCoV spike和HIV有4个插入的短片段序列高度保守。如果有一些初级生物学基础，可以去国内也能访问的NCBIBLAST这4个短片段序列，而后会发现，这4个序列在各个物种（甚至植物中）都高度保守。
更重要的是，对于有功能的蛋白，蛋白质空间构象对功能具有决定性作用，HIV-1gp120（PDB1GC1或PDB1G9N）的结构中“插入1”，“插入2”和“插入3”的空间构象与2019-nCoVspike（PDB6ACD）几乎毫无相似之处。
另外，该论文FigS2插入2和3与云南蝙蝠冠状病毒的基因组完全一样，插入1只差3个碱基。作者正文完全不提这些证据。
所以这篇文章的结论缺少科学常识。而且作者用uncanny这种带有很强感情色彩词语作为标题开头，本来就缺乏学术严谨性。
这篇十分不负责任的preprint文章已经被作者撤回了。作者表示没有任何制造阴谋论的意图。
而刚刚刊登的一篇论文（如上图）中，bioRxiv刊登了密歇根大学生物统计学系的研究论文[2]，反驳了之前bioRxiv刊登的关于“HIV插入”论文的科学性错误。
之前Pradhan等声称“2019-nCoV spike有4个插入片段与HIV gp120/Gag序列一致”。密歇根大学的最新研究直接反驳了“插入论”。3个所谓插入片段并不是插入，蝙蝠冠状病毒RaTG13 spike也具有这3个片段。而从表1-4中可以看出，很多物种都具有这4个片段，这点和我前面的叙述一样。而我前面提到的空间构象问题，作者应用C-I-TASSER模拟构建了2019-nCoV与ACE2结合的空间结构。这4个所谓的“插入”离2019-nCoV spike结合ACE2的位置相距甚远，直观上不能对2019-nCoV结合宿主受体产生影响，因此即使“4个插入”存在，也并不使宿主更易感2019-nCoV。同时，这篇文章个反驳了蛇是2019-nCoV中间宿主的研究。
1. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.26.920249v12. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.04.933135v1
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