致微生物组用户的2022年工作汇报
尊敬的微生物组用户：
您好！
过去的一年，我们继续围绕为微生物组用户提供更新、更好、更快地科研服务这一出发点，继续将我们的微生物组服务前移和后展。我们的服务不是从接收到样本开始，而是前移到研究热点追踪和深度解析；我们的服务也不会到交付实验数据为止，而是持续提供技术支持直到用户文章发表。并且通过多种方式和途径持续地输出我们从数以万计的项目中积累起来的经验，比如撰写干货文章、编写工具书、举办线上沙龙和培训班等，助推用户更高效地开展研究工作。我们通过既踏实又创新的工作来满足您的科研新变化和新需求。以下选取一些代表性的工作来向您做2022年工作汇报。
1. 热点研究方向，我们来讲透
2. 微生物多组学怎么做，我们给答案
3. 植物内生菌检测，首选LNA 16S测序
4. 清除实验卡点，质量和周期突飞猛进
5. 宏基因组报告再升级，又扩增子云分析上线
6. 咱们强强联手，用户高分文章再创新高
7. 《带你轻松做生物组》上市，读者好评如潮
8. 如何从数据到文章，培训班搭桥梁
肿瘤微生物组（Tumor Microbiome）或称瘤内微生物组（Intratumoral Microbiome）是肿瘤微环境中不可或缺的成员，与肿瘤的发生发展乃至治疗紧密相关，正受到越来越多研究者的密切关注。2022年我们完成了近万份肿瘤组织样本（包括2000多份FFPE样本）的瘤内细菌群的检测，包括头颈癌、肺癌、乳腺癌、胃癌、肝癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺肿瘤、宫颈癌等，还有非癌组织包括脑组织、鼻部息肉、消化道粘膜、胸腺导管、肺组织、肝组织、皮肤组织等，整体的检测效果令用户满意。
最近发Cell的肿瘤微生物组，你都了解吗？ 【收藏】24类肿瘤的微生物组高分文献集锦(上) 【收藏】24类肿瘤的微生物组高分文献集锦(下) 做肿瘤微生物检测，这些问题需重视! 做肿瘤微生物检测，这些实验设计你都知道吗？| 肿瘤微生物 万万没想到！FFPE样本居然还能做肿瘤微生物组！ 16分肿瘤微生物组研究怎么做？6月8日特邀一作来为你解析
在传统观念里，人们认为血液是一个完全无菌的环境，如血液中出现微生物则会被认为是感染的指征。然而，有关人类特别是健康人血液中存在微生物的证据正在稳步累积，血液无菌的观念正在被新的观念所取代。已有众多研究报道了健康人和不同疾病患者（糖尿病、心血管疾病、哮喘、肝纤维化、肝硬化、哮喘、阿尔兹海默症等）血液中存在微生物的证据。2020年Nature报道了血液微生物DNA能用来区分健康人和癌症患者以及不同癌症类型。鉴定疾病相关的血液菌群标志物，值得重点关注。
常言道，病从口入，微生物同样会从口入。口腔菌群是人体内第二大共生菌群，仅次于胃肠道菌群。越来越多研究证实，口腔菌群在人类健康维持与疾病发生发展中发挥非常重要的作用。口腔菌群不仅在牙周病、口腔癌等口腔疾病中发挥重要作用，还与心血管疾病、类风湿性关节炎以及肿瘤等全身性或慢性系统疾病密切相关。可以预见，口腔菌群研究的重要性不会亚于肠道菌群，并且口腔菌群和肠道菌群的联合研究，将会带来更多的新发现。
采用微生物多组学研究方案可以从多维度分析和揭示菌群和宿主或环境的相互影响，挖掘出隐藏在背后的作用机制，因而成为当前课题组开展微生物组研究的主流方法。您使用了吗？
检测植物内生菌特别内生细菌并不是一件容易的事，这是因为植物的线粒体16S rDNA、叶绿体16S rDNA与细菌的16S rDNA在全长上表现出70%以上的序列同源性，而保守区具有更高的序列同源性。这使得在用16S引物扩增植物内生细菌时，扩增子文库中会产生大量植物源DNA污染（占比可高达99%以上），严重干扰后续的内生细菌数据分析。通过实验测试和数据比较，我们发现LNA 16S测序技术在植物内生细菌鉴定上表现更优。您值得试一试！
引入全新的文库合格判断策略，救回了传统判定方法因灵敏度不够而判定的“不合格”样本，最大程度使用好用户的每一份珍贵的实验样本。
引入全新的文库定量策略，因定量不准而不可避免地需要补测的业界难题，有了联川解决方案。采用新方案，文库补测率显著下降，我们的目标是趋近于0。
有全新的文库合格判断策略，全新的文库定量策略，以及Lims管理系统、自动化工作站、NovaSeq 6000测序仪以及经验丰富的实验与分析团队，我们实现了项目周期缩短到25个自然日以内。助您的研究发现快人一步！
为了让您的宏基因组结果更丰富更好看更易用，我们拆分出六个模块对宏基因组数据分析内容和报告展现形式进行了10项重磅升级。
为您打造一个方便快捷功能齐全的“一站式”微生物扩增子分析绘图平台（https://www.omicstudio.cn/analysis/amplicon?id=15），让动手能力强有基础的用户自主、自由、自信地用起来，是我们上线扩增子云分析的出发点。目前云分析平台包括流程分析和个性化调整两部分，具有以下6项亮点功能。
您在分析扩增子数据时最常遇到的场景现在使用云分析平台都可以轻松应对。
在项目开展中，技术服务团队与您的课题组成员彼此是合作伙伴，双方各自发挥长处，优势互补，能够加速实验数据的挖掘和成果发表。据不完全统计，2022年我们协助用户发表微生物组文章95篇，其中近1/4的用户篇文章在10分以上的期刊，包括Gut，Signal Transduction and Targeted Therapy，Advanced Science，Nature Communications，Microbiome，Clinical Cancer Research，Theranostics，Science of The Total Environment等（见下表）。微生物组用户发表文章已累计超过350篇。
2022年用户发表微生物组文章（节选）
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《带你轻松做微生物组》是我们为您编写的第二本书籍，是一本既有理论知识又浓缩了大量实战经验的研究指南。我们希望通过这本书来帮助初学者用更短的时间、更有效率的方式，学习并掌握当前微生物组研究的核心逻辑和思路，并能汲取到我们从数以万计微生物组项目中积累起来的经验，帮助您在微生物组研究之路上走得更快，跑得更远。此书上市后，受到了读者的广泛好评，一些课题组将本书作为新手必读书籍。
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9月我们以“修炼10分+微生物组文章必备的分析技能”为主题举办了2022年的第一期微生物组学培训班。培训班由具有丰富微生物组学项目经验的技术人员领衔授课，重点在帮助学员建立方法论，并通过分析和绘图实操加深理解微生物组的核心结果及应用。您报名参加了吗？
2023年，我们会继续在医学微生物组和环境微生物组上投入更多资源，继续优化升级我们在肿瘤微生物组和血液微生物组等产品上的优势和特点。我们也会密切追踪单细胞微生物组的最新动向和科研服务模式。为您提供更多的微生物组应用新场景和解决方案！
再次衷心感谢您对我们工作一如既往的支持和鼓励！
提前祝您兔年快乐！科研“兔”飞猛进！
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