打假《自然》论文：欧洲的冠状病毒不大可能对人类构成什么威胁

引言

虽然新冠疫情大势已过，但相关病毒仍然是科学家和大众的热门话题。道理很简单，科学可以帮助大家预测未来，防患于未然（虽然萨斯和新冠都是漏网之鱼）。

昨天，自然科学的顶级杂志之一——《自然Nature》的子刊——《自然通讯（Nature Communication）》上刊登论文，题为“Genomic screening of 16 UK native bat species through conservationist networks uncovers coronaviruses with zoonotic potential（通过自然保护网络对16 种英国本土蝙蝠物种进行基因组筛查，发现潜在的人畜共患的冠状病毒）”《自然》很久没发表类似的论文了。该论文的通讯作者是英国伦敦的帝国理工学院（Imperial College London）的Vicent Savolainen。

《自然Nature》的很多（？全部）子刊都是收费杂志，《自然通讯（Nature Communication）》也不例外。一两千美金一篇论文，想交钱的人还太多。在上面发一篇论文，在国内被看成是“重大成果”。英国鬼子就这么厉害，收了你高价，还让你痛哭流涕地感激不尽！这是题外话。

他们的新发现

他们从英国的蝙蝠粪便中分离测得了9个冠状病毒序列。这9个病毒包括4个甲型冠状病毒alphacoronaviruses,一个是乙型支系A冠状病毒（Merbecovirus）, 还有4个乙型支系B冠状病毒Sarbecoviruses。这9个病毒里，甲型冠状病毒感染猪、猫熊、蝙蝠之类的动物，跟人类没什么关系。尽管中东爆发过乙型支系A冠状病毒感染的MERS（中东呼吸道综合症），对人类威胁也不大。而威胁大的是乙型支系B冠状病毒。萨斯和新冠都是支系B冠状病毒Sarbecoviruses。

取样太少

这篇论文的猫腻和重大缺陷在于，取样太少。在他们所建的进化树上，只有7个欧洲和非洲的样（Sarbecoviruses乙型支系B冠状病毒），12个亚洲的样。而且他们的进化树上，也没给出枝长（branch length；衡量DNA序列差异的指标）。单看这么小的一棵树，英国样就显得很重要了，跟亚洲样（包括萨斯和新冠）看上去很近。给人的错觉就是，喔啊，他们发现的英国冠状病毒也很可能会感染人啊。这就是他们论文的重点，可能这也是能在《自然通讯》发表的重要原因。因为这吸引眼球啊。杂志高兴，作者们高兴，但读者被忽悠了。

事实上，如果合理或者尽量全面取样，就会发现，欧洲和非洲的冠状病毒跟萨斯和新冠在亲缘关系上距离很远，在DNA序列上差异非常大。

为啥跟萨斯和新冠在亲缘上差异大的冠状病毒，就不大可能感染人呢？亲缘关系由基因序列决定，而基因序列决定了蛋白质的序列，包括病毒的刺突蛋白——感染人类细胞的唯一武器。进化盲枝与遗传多样性

他们论文的结论主要是“英国 乙型支系B冠状病毒需要进一步的分子适应，才能感染

人类，其人畜共患风险需要更密切的关注（While UK sarbecoviruses would require further molecular adaptations to infect humans, their zoonotic risk warrants closer surveillance）”。这是他们的卖点。

在进化生物学里有个名词叫“进化盲枝”或者叫“进化的死胡同”（evolutionary dead end），是由短期内选择性有利但最终导致谱系多样化降低的性状造成的。

如果他们的进化树有足够多的取样，就会发现，欧洲和非洲的乙型支系B冠状病毒Sarbecoviruses实际上都是进化上的盲枝、死胡同、孤岛。那里的冠状病毒遗传多样性不高，仅存在大约12个有分子上明显区别的进化枝（lineages）。这些进化枝形成的时间已经很久了，迄今为止还没在欧洲和非洲的乙型支系B冠状病毒观察到活跃的进化（遗传多样性），最重要的原因是那里的相关的蝙蝠的种类不多。而亚洲，特别是中国的乙型支系B冠状病毒进化活跃，有非常高的多样性。所以，冠状病毒的危险区在亚洲。下面这棵树取样也不多，但好一些。

冠状病毒的进化，除了普通的进化机制（突变mutation、遗传漂变genetic drift、基因流gene flow和自然选择natural selection）外，基因重组（recombination）也起非常重要的作用。在岩洞的一个蝙蝠身上，可以分离出数种冠状病毒。这些病毒在分子水平上会发生重组，大大加快进化速度。

所以《自然通讯（Nature Communication）》这篇论文的噱头，基本上算是忽悠。

其他相关研究/报道

《自然Nature》很会做生意。除了发表《自然通讯（Nature Communication）》那篇论文外，他们在《自然Nature》上做跟进报道。于是有了题目为“Trove of new coronaviruses uncovered in bats — but threat is unclear（在蝙蝠中发现大量新型冠状病毒——但威胁尚不清楚）”的文章。作者为Ewen Callaway。不外乎科普《自然通讯》那篇论文，再采访欧美大学中的所谓“专家”，推销给他们的论文和论文中的发现（英国佬真是善于这种一条龙的忽悠服务）。Callaway这篇文章的关键在于“威胁尚不清楚”，让读者产生许多遐想。他采访了美国华盛顿州立大学（Pullman）的分子病毒学家迈克尔·莱特科（Michael Letko），盐湖城犹他大学的分子进化生物学家泰勒·斯塔尔(Tyler Starr) 。这两位“专家”口吻类似，呼应《自然通讯》那篇论文的结论，英国的冠状病毒对人类健康有潜在威胁（可以引起类似于新冠那样的疫情）。笔者查了他们发表的论文，他们确是病毒学家，但跟生物亲缘学相关的进化生物学方面还是非常欠缺。

Callaway的《自然Nature》那篇报道还提到另一篇bioRxiv上的预印本论文，题目为“英国马蹄蝠中发现的 乙型支系B冠状病毒； 序列变异和流行病学（Sarbecoviruses of British Horseshoe Bats; Sequence Variation and Epidemiology）” 。这篇论文稿子倒算中规中矩，但也有类似的问题，虽然他们的结论不像《自然通讯》那篇论文那么大胆。

生物进化与科学界的噱头

笔者对那篇《自然通讯》论文的通讯作者Savolainen还有些了解。他跟笔者原来是同行，都做植物亲缘、分类和进化。他作为第一作者有两篇有花植物亲缘的论文被广泛引用，笔者做博士和博士后研究有花植物时，也经常引用他的两篇论文。他后来转做病毒研究。这也说明研究植物和病毒（以及别的生物类群）进化在DNA水平确实相通（哈哈，难怪“一个衣衫褴褛的植物学家”写了那么多受欢迎的关于新冠的科普文章！如果您再怀疑笔者写的关于病毒进化的文章，就是您傻了。哈哈）。做病毒进化当然比做植物分类与进化更容易生存。也难怪笔者的大学19个同班同学中，只有4个还在真正做植物学研究。

按说，Savolainen这样一位植物学家/进化生物学家当然懂得生物亲缘学（phylogeny；phylogenetics）中取样、枝长、支持率在重建进化树中的重要性。但如果取样完美了、枝长和支持率都给出了，那他们这篇论文就没有卖点了。笔者曾经不止一次指出，新冠溯源之所以还没有结果，最重要的原因是，没有亲缘生物学家（phylogenetist）的参与。而Savolainen是亲缘植物学家（plant phylogenetist）出身，却在有影响的杂志上发表这样带有忽悠性的关于新冠病毒的论文，实在不该。

另一方面，也说明有的科学家为了发表论文、发表高影响因子的论文，有可能不告诉读者真相的全部。科学界也有不少人贩卖噱头；而有影响力的杂志，可能为利益驱使，与所谓的“专家”一道起舞，忽悠读者。当科学与金钱挂钩时，就有人铤而走险。

Stay critical！

-----------

《大自然的力量》集体预订已超3000册。个人预订计划中。

-----------

探秘神奇植物，领略异域文化，2022年31本“最佳自然博物图书”原创之一，5本最具传播力、最受读者喜爱的作品之一，《植物学家的野外考察手记》。

京东独家销售：https://item.jd.com/13627660.html

----------

作者简介：植物学家、进化生物学家，业余写些游记、散文、科普和时评。四川雅安市石棉县人，兰州大学学士，中科院成都生物所硕士，德国美因茨（Mainz）大学博士，密苏里植物园资深研究员。现任或曾任一些国际主流期刊主编、副主编和栏目主编；发表通讯作者和第一作者论文200余篇；发现、发表植物新科2个、新属18个、新种240个、大型进化树近50棵，是近十年来世界上最活跃、最高产的蕨类植物学家；其部分研究被美、英、法主流媒体报道。

--------------

《Driven by Nature: A Personal Journey from Shanghai to Botany andGlobal Sustainability》，Peter H. Raven

《大自然的力量：从上海到植物学和全球可持续发展的个人旅程》内容提要

世界上很少有人像彼得·雷文博士那样全身心投入植物和植物学。作为美国密苏里植物园的长期主任（现为名誉主任）、众多主流教科书和数百篇学术论文的作者，雷文博士一直是可持续发展和生物多样性保护的领导者，为他赢得了纽约《时代》杂志“地球的英雄”的赞誉。

《大自然的力量》是这位杰出科学家和环保主义者的第一部自传。从 1940 年代旧金山田园诗般的童年，到领导密苏里植物园的 40 年，雷文博士的自传带着读者跨越多个洲、穿越数十载。《大自然的力量》记述这位环球旅行的植物学家的足迹，从中国到美国中西部，雷文博士致力于唤起人们对不断变化的地球的关注，推动生物教育事业，并将密苏里植物园建设成为当今世界著名的植物天堂和植物学研究的顶尖机构。最后，雷文博士将他的故事带入了 21 世纪，并以适时的结尾强调了科学学习、积极的生物多样性保护和坚定的保护行动，在面对瞬息万变的自然世界时的至关重要。

这本插图精美的书，由普利策奖得主博物学家威尔逊（E. O. Wilson）撰写序言，应该会让希望采取行动保护生物多样性的自然爱好者、植物爱好者和具有环保意识的读者兴奋不已。

该书的中文版将在2023年由复旦大学出版社出版，目前已有3000多册的集体预订，个人预订即将开始。

----------

《植物学家的越南探险A Botanist's Adventure in Vietnam》内容简介

越南是我们的近邻，但却很少有人真正了解越南。世界上最大的溶洞、被英国“孤独星球”评为最美味的面包、生物多样性最奇特的比豆普留吧、人间天堂般的风雅格邦、最美的芽庄海滩、出产最美味鱼酱的富国岛、亚洲最古老的喀斯特地貌，。。。越南因其丰富的文化、独特的美食和秀美的自然风光而成为几乎所有类型旅行者的首选目的地。本书记载了作者在越南原始森林中的四个月考察期间充满神秘、危险和惊喜的经历，讲述了许多一生中也很难遇到的故事、许多一生中也很难见到的神奇植物和自然风光。书中有大量真实的物种和生境的高清图片，让读者仿佛跟随作者的脚步进行了一场又一场身临其境般的探险。该书也是实用的深度旅游的指南，有很多关于越南当地风俗、文化、美食的记述。

该书计划在2023年出版。正寻找出版商。

----------

《植物学家的野外考察手记》内容简介

翻开这本书，就如同走入这样一个场景：和一位走南闯北、见多识广的植物学家在原始森林里的帐篷前坐着，面前摆着秋海棠汤、野生树叶沙拉，峭壁摩天，飞瀑流银，葱茏满眼，鸟鸣入耳，头顶浮云流过，身边毒蛇出没，自然万物皆入话题。快哉！

该书已于2021年12月，由中国农业科学院出版社（北京）和美国密苏里植物园出版社（圣路易斯）联合出版。京东独家销售：https://item.jd.com/13627660.html

----------

《从中国的贫穷山沟到美国的哈佛殿堂：一家三口在中国、德国、美国的励志故事》内容简介

作者出生在四川偏僻农村。外婆、外爷被划为地主，被逼自杀。15岁丧父。高考时，是全县唯一上了正常录取分数线的应届生。上大学时第一次离开县城，第一次见到火车，毕业时政审惊险过关。24岁时成为中国最年轻的《中国植物志》作者。硕士研究发表了8篇SCI论文。26岁时成为中科院那时最年轻的副研。32岁高龄开始在德国攻读博士，一家三口在德国才得以团圆。37岁时，讲一口流利德语但英语很差，当许多早来美国的同龄人的房贷已经付得差不多时，才带着夫人和10岁的孩子从德国来到美国；在三个州搬家6次，孩子也跟着不停地换学校。面试一所大学教授位置时，不知时差而晚到一个小时而痛失良机；准备另一所大学教授位置面试时，因发生飓风而位置被取消。夫人来美国三年后获得硕士学位，发表数篇高质量论文。孩子高中毕业时以学校成绩第一、做义工最多和出色的领导能力考取哈佛、耶鲁和普林斯顿大学；哈佛毕业后，先后为投资人、公司创始人、合作伙伴和咨询师；联合创办的公司APLD在大学毕业6年多后于2022年4月在纽约纳斯达克成功上市。

该书计划在2023年出版。正寻找出版商。

----------

《植物学家带你自驾游美国》内容简介

跟着植物学家游览，你会看到一个不同的世界！从美国的地理中心密苏里出发，向西北去总统山、黄石公园、宰恩公园、拱门公园、布莱斯峡谷、羚羊谷、马蹄湾，大峡谷。。。；向西南去死亡谷、红杉公园、优胜美地、金门大桥、旧金山、硅谷、石化林公园。。。；向东北去尼亚加拉大瀑布、波士顿、哈佛、MIT、纽约、华盛顿。。。；向东南去乔治亚、佛罗里达。。。；向南去孟菲斯、新奥尔良、休斯顿、小石城。。。

该书计划在2023年出版。正寻找出版商。

----------

《美丽的密苏里：植物学家的散文、游记》内容简介

没到过美国的中西部，你就没来过真正的美国！地广人稀，但不乏美丽的风光和人文特色。最重要的，有植物学家当“向导”，你看到的东西大不一样，不只是多了植物、自然以及相关的很多故事！有密苏里的粉丝告诉作者，以前从来没有觉得密苏里有这么美丽！泡菜泉公园、孤鹿公园、姜生峡谷、大象石公园、巴布勒公园、密苏里植物园、欧沙克保护区、十一点河、湍流河。。。

该书将在2023年出版。

----------

每个人都是一本书。写下关于你自己的书吧。

----------

《文学城》博客：https://blog.wenxuecity.com/myoverview/76798/

海外博客：https://www.haiwai.com/blog/user/15298

----------

近期部分原创（关注公众号后，可查看）：