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岁末巨献丨2019中国生命科学CNS全景图

BioArt编辑部 BioArt 2022-05-01
编者按
又到了岁末,按例少不了总结。尽管当前很多场合都在强调不唯论文,不唯“CNS”,但是做到至少同行心中有数想来还是有必要的。把CNS的发文数作为一个反应中国生命科学发展的参考还是可以的,以国内研究单位为通讯或者第一完成单位的文章看来,2016年52篇(2016年度总结),2017年69篇(2017论文总结与清单),2018年102篇(2018中国生命科学CNS全景图),如果按照前两年的增长数度约40%计算,理论上2019年应该是140篇左右,实际上的文章数为111篇,整体上比上一年度增加10%(注:这111篇文章,BioArt及时报道了绝大部分,详见每一篇文章简介后的链接)。另据统计,在大子刊和知名期刊方面(不包括NC,SA),国内主要完成的论文增长数其实增幅非常有限(这个数据明年适当的时候发布),这说明一个什么问题?这表明,从2019年开始,国内生命科学领域高速增长的高水平论文发表渐趋平缓,随着国内新独立的PI的大幅增加,事实上以后的高水平论文发表是越来越难。事实上,CNS生命科学领域的文章每年约1200篇,国内发表数量约占10%,从科研经费投入来看,占10%是个很了不起的数据(如果仔细比较一下大国之间对生命科学的投入),再加上国内的研究主力军是研究生,要PK国外最优秀的一批博后,想想真是不容易。中国的科学家(生命科学领域)现在很不容易,研究经费都在说不够,博后难招,每年有无数的会议要去(主动或被动参加),大堆的项目要申请(写本子,参与答辩),学生没有论文不能按时毕业要做心理疏导,家里的小朋友上学要辅导还要参加家长会......(知我者谓我心忧——青年PI的一天丨A Trashed Day系列报道
然后很多人要说了,发了这么多文章有哪些是真正原创的吗?笔者认为,我们对于原创性研究的定义和描述,很多地方还有待商榷,可能并不只是从零到一这么简单。这个问题的复杂性可以从生命科学史上的一系列著名事件中窥知一二。例如,下村修在水母中发现了荧光蛋白,这应该可以算作从零到一;那么钱永健在其基础上改建出不同的荧光蛋白,又何尝不是一种创造?再一例,John Gurdon首先利用爪蛙囊胚细胞完成了核移植重编程,这无疑是一项原创研究;而Yamanaka用四因子诱导重编程是否因为前者的存在就不算从零到一了呢?笔者发如此议论,很大程度上是由于目前出现了生命科学的同行们在私底下笑称发CNS文章成了负担甚至是一种错误的现象,另外,做结构生物学的同行长期遭受非议和不理解,用灵长类资源和人胚胎资源的有人说是在拼资源。
好了,年底最后一天了,唠叨太多了,欢迎大家讨论留言。其实何妨让子弹飞一会,中国的科学家目前还是有很多真正地在做原创研究并积极推向临床转化,再给他们一些时间,他们是大有希望的。
还是案例统计一下排名,仅供参考。以单位发文数计算,清华大学以23篇雄踞各单位之首(相比于2018年度的13篇增幅非常大),北京大学以12篇紧随其后(2018年度9篇),复旦大学以8篇(相比于2018年度的3篇增幅非常大)位居第三,排在前十剩余七位依次是:浙江大学(7)、中科院上海生化与细胞研究所(6)、上海交通大学(4)、中科院生物物理研究所(3)、西北大学(3)、军科院(3)、中科院植物研究所(3)(注:本次计数考虑第一完成单位或共同通讯作者单位。)。
最后,BioArt祝全体从事生命科学领域的同行新年快乐,身体健康!身体健康特别重要。

说明:所有选取的文章要求是以国内研究单位为通讯作者单位或第一作者单位。有个别文章第一作者已在国内任职,发表论文有两个单位,第一单位为国外单位,第二单位为国内单位的情况单独作为附录供参考,可以认为非国内主要完成的工作。所有论文顺序以在线时间为准。


通讯或者第一单位为国内的文章


1. Li Xiaoting., Hua Tian., Vemuri Kiran., Ho Jo-Hao., Wu Yiran., Wu Lijie., Popov Petr., Benchama Othman., Zvonok Nikolai., Locke K'ara., Qu Lu., Han Gye Won., Iyer Malliga R., Cinar Resat., Coffey Nathan J., Wang Jingjing., Wu Meng., Katritch Vsevolod., Zhao Suwen., Kunos George., Bohn Laura M., Makriyannis Alexandros., Stevens Raymond C., Liu Zhi-Jie., (2019). Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB2., Cell, 176, 459-467.e13.(20190110,上海科技大学iHuman研究所,刘志杰)
研究团队通过理性突变位点预测和大量实验筛选,最终获得了高质量的CB2蛋白样品并成功解析了CB2与AM10257复合物2.8埃分辨率的晶体结构。(参考链接:上科大两篇Cell丨聚焦抗结核病药物靶点与人源大麻素受体
2. Chen Jiani., Zou Yuqi., Sun Yue-Hua., Ten Cate Carel.,(2019). Problem-solving males become more attractive to female budgerigars. Science, 363(6423), 166-167. (20190111,中国科学院动物研究所,孙悦华)
研究了虎皮鹦鹉雄鸟通过学习取食技术,表明对认知技能的直接观察可以影响动物的配偶选择,它支持了达尔文开始提出的假设,即配偶选择可能会影响动物认知特征的进化。
3. Zhang Bing., Li Jun., Yang Xiaolin., Wu Lijie., Zhang Jia., Yang Yang., Zhao Yao., Zhang Lu., Yang Xiuna., Yang Xiaobao., Cheng Xi., Liu Zhijie., Jiang Biao., Jiang Hualiang., Guddat Luke W., Yang Haitao., Rao Zihe., (2019). Crystal Structures of Membrane Transporter MmpL3, an Anti-TB Drug Target., Cell, 176, 636-648.e13.(20190124,上海科技大学iHuman研究所,饶子和、杨海涛)
文中解析了结核分枝杆菌M . smegmatisMmpL3完整的晶体结构以及和四个潜在药物形成的复合物的晶体结构。MmpL3结构的解析,对促进MmpL3的抑制剂的筛选以及抗结核病药物的研究具有极其重要的意义。(参考链接:上科大两篇Cell丨聚焦抗结核病药物靶点与人源大麻素受体
4. Wang Xinlu., Xuan Yifang., Han Yuling., Ding Xiang., Ye Kai., Yang Fuquan., Gao Pu., Goff Stephen P., Gao Guangxia., (2019). Regulation of HIV-1 Gag-Pol Expression by Shiftless, an Inhibitor of Programmed -1 Ribosomal Frameshifting., Cell, 176, 625-635.e14.(20190124,中科院生物物理所,高光侠)
该研究鉴定到一个新的宿主抗病毒因子(命名为Shiftless,简称SFL),抑制病毒蛋白翻译过程中的程序性-1位核糖体移码;并进一步揭示了SFL作用的分子机制。(参考链接:Cell丨高光侠组揭示机体抗病毒新机制:抑制病毒蛋白翻译过程中的程序性-1位核糖体移码
5. Yin Chengqian., Zhu Bo., Zhang Ting., Liu Tongzheng., Chen Shuyang., Liu Yu., Li Xin., Miao Xiao., Li Shanshan., Mi Xia., Zhang Jie., Li Li., Wei Guo., Xu Zhi-Xiang., Gao Xiumei., Huang Canhua., Wei Zhi., Goding Colin R., Wang Peng., Deng Xianming., Cui Rutao.(2019). Pharmacological Targeting of STK19 Inhibits Oncogenic NRAS-Driven Melanomagenesis. Cell, 176(5), 1113-1127.(20190131,波士顿大学医学中心,崔儒涛;厦门大学,邓贤明;复旦大学附属肿瘤医院,王鹏)
首次报道了靶向新颖激酶STK19(serine/threonine kinase 19)的小分子抑制剂可有效抑制NRAS介导的黑色素瘤的发生和发展,可望发展成为NRAS介导黑色素瘤的靶向药物。(参考链接:Cell丨崔儒涛/邓贤明/王鹏合作组报道首例STK19靶向化合物抑制NRAS介导的黑色素瘤生成
6. Han Dali., Liu Jun., Chen Chuanyuan., Dong Lihui., Liu Yi., Chang Renbao., Huang Xiaona., Liu Yuanyuan., Wang Jianying., Dougherty Urszula., Bissonnette Marc B., Shen Bin., Weichselbaum Ralph R., Xu Meng Michelle., He Chuan., (2019). Anti-tumour immunity controlled through mRNA mA methylation and YTHDF1 in dendritic cells., Nature, 566, 270-274.(20190207,中科院北京基因组研究所,韩大力;清华大学,徐萌;芝加哥大学,何川)
揭示了RNA m6A修饰通过调控树突状细胞(dendritic cells)的溶酶体组织蛋白酶翻译效率,影响肿瘤抗原特异性的T细胞免疫应答新机制。(参考链接:Nature丨韩大力/何川/徐萌合作团队揭示RNA m6A修饰调控抗肿瘤免疫机制
7. Wang Wenda., Yu Long-Jiang., Xu Caizhe., Tomizaki Takashi., Zhao Songhao., Umena Yasufumi., Chen Xiaobo., Qin Xiaochun., Xin Yueyong., Suga Michihiro., Han Guangye., Kuang Tingyun., Shen Jian-Ren., (2019). Structural basis for blue-green light harvesting and energy dissipation in diatoms., Science, 363(20190208,中科院植物所,沈建仁、匡廷云)
该研究首次描绘了叶绿素c和岩藻黄素在硅藻光合膜蛋白中的结合细节,阐明了叶绿素和岩藻黄素在FCP复合体中的空间排布,揭示了叶绿素c和岩藻黄素捕获蓝绿光并高效传递能量的结构基础(参考链接:中科院植物所成功解析硅藻主要捕光天线蛋白的高分辨率结构
8. Zhou Rui., Yang Guanghui., Guo Xuefei., Zhou Qiang., Lei Jianlin., Shi Yigong., (2019). Recognition of the amyloid precursor protein by human γ-secretase., Science, 363.(20190215,清华大学,施一公)
该研究报道了人γ-分泌酶与APP跨膜片段复合体的冷冻电镜(cryo-EM)结构,分辨率达到2.6 Å。(参考链接:Science 长文|施一公组揭示γ-分泌酶与底物β-淀粉样前体蛋白识别的结构基础
9. Dai Jiang., Huang Yi-Jiao., He Xinhua., Zhao Ming., Wang Xinzheng., Liu Zhao-Shan., Xue Wen., Cai Hong., Zhan Xiao-Yan., Huang Shao-Yi., He Kun., Wang Hongxia., Wang Na., Sang Zhihong., Li Tingting., Han Qiu-Ying., Mao Jie., Diao Xinwei., Song Nan., Chen Yuan., Li Wei-Hua., Man Jiang-Hong., Li Ai-Ling., Zhou Tao., Liu Zheng-Gang., Zhang Xue-Min., Li Tao., (2019). Acetylation Blocks cGAS Activity and Inhibits Self-DNA-Induced Autoimmunity., Cell, 176, 1447-1460.e14.(20190221,军事医学研究院国家生物医学分析中心,张学敏、李涛)
首次揭示cGAS的乙酰化修饰可抑制其酶活性,进而抑制下游干扰素通路。且该乙酰化可受阿司匹林(乙酰水杨酸)作用产生,这也是首次发现“百年老药”阿司匹林参与干扰素通路的调控的功能和具体机制。(参考链接:Cell丨张学敏/李涛团队发现“百年老药”阿司匹林参与干扰素通路的调控功能与机制
10. Liu Xindong., Wang Yun., Lu Huiping., Li Jing., Yan Xiaowei., Xiao Minglu., Hao Jing., Alekseev Andrei., Khong Hiep., Chen Tenghui., Huang Rui., Wu Jin., Zhao Qiwen., Wu Qi., Xu Senlin., Wang Xiaohu., Jin Wei., Yu Shicang., Wang Yan., Wei Lai., Wang Aibo., Zhong Bo., Ni Ling., Liu Xiaolong., Nurieva Roza., Ye Lilin., Tian Qiang., Bian Xiu-Wu., Dong Chen., (2019). Genome-wide analysis identifies NR4A1 as a key mediator of T cell dysfunction., Nature, 567, 525-529.(20190228,清华大学,董晨;第三军医大学西南医院,卞修武、刘新东
揭示了功能性障碍的T细胞不同于效应性和调控性T细胞的表观遗传学修饰以及基因表达特征,并发现转录因子NR4A1是诱导T细胞功能障碍发生过程中必不可少的调控因子,该研究成果提示NR4A1可以成为逆转T细胞功能性障碍,在肿瘤以及慢性感染过程中增强T细胞功能的潜在治疗靶点。(参考链接:专家点评Nature丨卞修武/董晨合作组发现调控T细胞功能障碍的重要因子
11. Jiang Ying., Sun Aihua., Zhao Yang., Ying Wantao., Sun Huichuan., Yang Xinrong., Xing Baocai., Sun Wei., Ren Liangliang., Hu Bo., Li Chaoying., Zhang Li., Qin Guangrong., Zhang Menghuan., Chen Ning., Zhang Manli., Huang Yin., Zhou Jinan., Zhao Yan., Liu Mingwei., Zhu Xiaodong., Qiu Yang., Sun Yanjun., Huang Cheng., Yan Meng., Wang Mingchao., Liu Wei., Tian Fang., Xu Huali., Zhou Jian., Wu Zhenyu., Shi Tieliu., Zhu Weimin., Qin Jun., Xie Lu., Fan Jia., Qian Xiaohong., He Fuchu.,  Chinese Human Proteome Project (CNHPP) Consortium., (2019). Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma., Nature, 567, 257-261.(20190228,军事科学院军事医学研究院生命组学研究所、国家蛋白质科学中心(北京)、蛋白质组学国家重点实验室,贺福初、钱小红;复旦大学附属中山医院,樊嘉)
文章首次描绘了早期肝细胞癌的蛋白质组表达谱和磷酸化蛋白质组图谱,发现了肝癌精准治疗的新靶点。这项工作是“中国人类蛋白质组计划”( Chinese Human Proteome Project ,CNHPP,该计划于2014年启动)背景下的一项重要的标志性成果,或将开启蛋白质组学驱动的精准医学新时代。在这一研究的引领下,未来通过该手段或许会在不同种类的恶性肿瘤中寻找到更多合适的靶向治疗策略。(参考链接:专家点评Nature丨中国科学家发现肝癌精准治疗新靶点——开启蛋白质组学驱动的精准医学新时代
12. Pan Liqiang., Fu Tian-Min., Zhao Wenbin., Zhao Linlin., Chen Wen., Qiu Chixiao., Liu Wenhui., Liu Zhijun., Piai Alessandro., Fu Qingshan., Chen Shuqing., Wu Hao., Chou James J., (2019). Higher-Order Clustering of the Transmembrane Anchor of DR5 Drives Signaling., Cell, 176, 1477-1489.e14.(20190228,哈佛大学,James J. Chou、吴皓;浙江大学,陈枢青)
该研究提出了全新的TNFR家族受体的信号传递机制,同时也揭示了,单次跨膜区域在受体信号传递过程中可起到重要作用,是不能被忽略的区域。(参考链接:Cell | 周界文/吴皓/陈枢青合作组发现死亡受体DR5信号传递机制,有望推动基于新型抗体的免疫治疗
13. Ma Yuqian., Bao Jin., Zhang Yuanwei., Li Zhanjun., Zhou Xiangyu., Wan Changlin., Huang Ling., Zhao Yang., Han Gang., Xue Tian., (2019). Mammalian Near-Infrared Image Vision through Injectable and Self-Powered Retinal Nanoantennae., Cell, 177, 243-255.e15.(20190228,中国科学技术大学,薛天、鲍进;马萨诸塞州州立大学医学院,韩纲)
结合视觉神经生物医学与创新纳米技术,首次实现动物裸眼红外光感知和红外图像视觉能力。(参考链接:专家点评Cell丨突破动物视觉感知物理极限,中国科大薛天组等首次实现哺乳动物裸眼红外光感知和红外图像视觉
14. Li Le., Mao Youxiang., Zhao Lina., Li Lijia., Wu Jinjun., Zhao Mengjia., Du Wenjing., Yu Li., Jiang Peng., (2019). p53 regulation of ammonia metabolism through urea cycle controls polyamine biosynthesis., Nature, 567, 253-256.(20190307,清华大学,江鹏)
这项工作的发现首次将p53与氨代谢直接联系起来;同时揭示了氨的过度积累可以被ODC的蛋白翻译过程所“感知”,具有调控多胺合成,从而影响肿瘤细胞增殖的生物学功能。(参考链接:专家点评Nature | 清华江鹏组揭示肿瘤氨代谢异常的分子机制及功能
15. Gu Qilin., Yang Xiaojie., Lv Jie., Zhang Jiaxiong., Xia Bo., Kim Jun-Dae., Wang Ruoyu., Xiong Feng., Meng Shu., Clements Thomas P., Tandon Bhavna., Wagner Daniel S., Diaz Miguel F., Wenzel Pamela L., Miller Yury I., Traver David., Cooke John P., Li Wenbo., Zon Leonard I., Chen Kaifu., Bai Yongping., Fang Longhou.,(2019). AIBP-mediated cholesterol efflux instructs hematopoietic stem and progenitor cell fate. Science, 363(6431), 1085-1088. (20190308,休斯敦卫理公会医院,房龙后,陈开富;中南大学湘雅医院,柏勇平)
首次揭示了胆固醇代谢在发育中以及高胆固醇血症情况下,控制造血干细胞和祖细胞的形成、分化以及扩张的分子调控机理。这些发现能够为血液学和心血管疾病治疗提供一些新的思路。(参考链接:Science | 房龙后/柏永坪/陈开富合作组揭示胆固醇代谢在造血干细胞发育中的作用
16. Wang Shunxin., Veller Carl., Sun Fei., Ruiz-Herrera Aurora., Shang Yongliang., Liu Hongbin., Zickler Denise., Chen Zijiang., Kleckner Nancy., Zhang Liangran., (2019). Per-Nucleus Crossover Covariation and Implications for Evolution., Cell, 177, 326-338.e16.(20190314,山东大学,张亮然、王顺心;哈佛大学,Nancy Kleckner)
研究发现并解析了交叉重组频率在同一减数分裂细胞的不同染色体之间协同变化这一重组调控新机制,揭示其在生物进化适应中的重要作用,并且为深入研究染色体结构与重组之间的关系及重组对生物进化适应的影响,提供了新思路。
17. Wan Ruixue., Bai Rui., Yan Chuangye., Lei Jianlin., Shi Yigong., (2019). Structures of the Catalytically Activated Yeast Spliceosome Reveal the Mechanism of Branching., Cell, 177, 339-351.e13.(20190314,清华大学,施一公)
报道了2.9–3.8 Å酵母剪接体的B*复合物Cryo-EM结构,完成了剪接催化过程中几个主要步骤的最后一块拼图。(参考链接:Cell丨施一公组完成酵母剪接体结构最后拼图
18. Li Meijing., Xia Xian., Tian Yuanyuan., Jia Qi., Liu Xiaoyu., Lu Ying., Li Ming.Li Xueming.Chen Zhucheng., (2019). Mechanism of DNA translocation underlying chromatin remodelling by Snf2., Nature, 567, 409-413.(20190314,清华大学,陈柱成、李雪明;中科院物理所,李明)
解析了不同核苷酸状态下Snf2-核小体复合物的冷冻电镜结构,揭示了Snf2介导的染色质重塑中DNA滑移的机理。(参考链接:Nature丨陈柱成/李雪明/李明组揭示SNF2介导的染色质重塑中DNA滑移的机理
19. Yan Renhong., Zhao Xin., Lei Jianlin., Zhou Qiang., (2019). Structure of the human LAT1-4F2hc heteromeric amino acid transporter complex., Nature, 568, 127-130.(20190314,西湖大学,周强。注:第一完成单位为清华大学)
该研究利用冷冻电镜技术,研究者首次解析了人源LAT1–4F2hc复合体整体分辨率3.3Å的高分辨结构,及LAT1–4F2hc与抑制剂2-amino-2-norbornanecarboxylic acid  (BCH) 结合的3.5Å的结构。(参考链接:Nature丨西湖大学周强组解析首个人源氨基酸转运体LAT1–4F2hc复合体高分辨率结构
20. Huang Huilin., Weng Hengyou., Zhou Keren., Wu Tong., Zhao Boxuan Simen., Sun Mingli., Chen Zhenhua., Deng Xiaolan., Xiao Gang., Auer Franziska., Klemm Lars., Wu Huizhe., Zuo Zhixiang., Qin Xi., Dong Yunzhu., Zhou Yile., Qin Hanjun., Tao Shu., Du Juan., Liu Jun., Lu Zhike., Yin Hang., Mesquita Ana., Yuan Celvie L., Hu Yueh-Chiang., Sun Wenju., Su Rui., Dong Lei., Shen Chao., Li Chenying., Qing Ying., Jiang Xi., Wu Xiwei., Sun Miao., Guan Jun-Lin., Qu Lianghu., Wei Minjie., Müschen Markus., Huang Gang., He Chuan., Yang Jianhua., Chen Jianjun.(2019). Histone H3 trimethylation at lysine 36 guides mA RNA modification co-transcriptionally. Nature, 567(7748), 414-419. (20190314,希望之城国家医疗中心陈建军;中山大学,杨建华;芝加哥大学,何川教授;辛辛那提儿童医院,黄刚)
报道了组蛋白H3上的36位赖氨酸三甲基化修饰(H3K36me3)可以被METTL14识别,从而在转录过程中动态并特异地介导了m6A甲基化修饰的发生。(参考链接:专家点评Nature丨陈建军/杨建华/何川/黄刚合作揭示RNA m6A由组蛋白修饰决定
21. Jiang Feng., Li Ningning., Wang Xia., Cheng Jiaxuan., Huang Yaoguang., Yang Yun., Yang Jianguo., Cai Bin., Wang Yi-Ping., Jin Qi., Gao Ning., (2019). Cryo-EM Structure and Assembly of an Extracellular Contractile Injection System., Cell, 177, 370-383.e15.(20190321,北京大学,高宁;中国医学科学院病原生物学研究所,金奇)
利用冷冻电镜技术完整地解析了细菌中广泛存在的一类可收缩注射系统(Contractile Injection Systems, CISs)的高分辨率结构,并构建了其组装模型。(参考链接:Cell | 高宁/金奇合作团队解析一种细菌可收缩注射系统的精细结构
22. Shen Huaizong., Liu Dongliang., Wu Kun., Lei Jianlin., Yan Nieng., (2019). Structures of human Na1.7 channel in complex with auxiliary subunits and animal toxins., Science, 363, 1303-1308.(20190322,清华大学,颜宁)
该研究通过“孔隙阻滞剂+门控调节毒素”的组合,解析了带有β1和β2辅助亚基的Nav1.7通道,以及与这两个毒素组合形成的复合体结构,分辨率3.2Å。
23. Pan Xiaojing., Li Zhangqiang., Huang Xiaoshuang., Huang Gaoxingyu., Gao Shuai., Shen Huaizong., Liu Lei., Lei Jianlin., Yan Nieng., (2019). Molecular basis for pore blockade of human Na channel Na1.2 by the μ-conotoxin KIIIA., Science, 363, 1309-1313.(20190322,清华大学,颜宁)
该研究获得了带有β2辅助亚基的人类Nav1.2与肽类阻滞剂芋螺毒素(μ-conotoxin KIIIA)结合形成的复合物结构,分辨率3.0Å。
24. Fu Dongjing., Tong Guanghui., Dai Tao., Liu Wei., Yang Yuning., Zhang Yuan., Cui Linhao., Li Luoyang., Yun Hao., Wu Yu., Sun Ao., Liu Cong., Pei Wenrui., Gaines Robert R., Zhang Xingliang., (2019). The Qingjiang biota-A Burgess Shale-type fossil Lagerstätte from the early Cambrian of South China., Science, 363, 1338-1342.(20190322,西北大学,张兴亮)
该研究首次在国际上公布了该团队在中国宜昌长阳地区清江与丹江河的交汇处,发现了距今5.18亿年的寒武纪特异埋藏软躯体化石库,并命名为“清江生物群”。这是进化古生物学界又一突破性发现。
25. Cao Min., Chen Rong., Li Pan., Yu Yongqiang., Zheng Rui., Ge Danfeng., Zheng Wei., Wang Xuhui., Gu Yangtao., Gelová Zuzana., Friml Jiří., Zhang Heng., Liu Renyi., He Jun., Xu Tongda., (2019). TMK1-mediated auxin signalling regulates differential growth of the apical hook., Nature, 568, 240-243.(20190404,福建农林大学,徐通达。注:第一完成单位为中科院植物逆境研究中心)
报道了植物类受体蛋白激酶Transmembrane Kinase 1(TMK1)介导的生长素信号途径调控植物差异性生长的分子机制,揭示了一种新的生长素信号感知和传递机制。(参考链接:BioArt植物:专家点评Nature | 生长素领域新突破!徐通达课题组发现新的生长素信号途径
26. Ma Zhipeng., Zhu Peipei., Shi Hui., Guo Liwei., Zhang Qinghe., Chen Yanan., Chen Shuming., Zhang Zhe., Peng Jinrong., Chen Jun., (2019). PTC-bearing mRNA elicits a genetic compensation response via Upf3a and COMPASS components., Nature, 568, 259-263.(20190404,浙江大学,陈军、彭金荣)
该研究揭示基因缺失突变形成的无义mRNA降解NMD可引导COMPASS复合物对同源基因的转录起始位点H3K4的三甲基化,激活同源基因转录。(参考链接:专家点评Nature背靠背 |浙大教授解释基因敲除为何没有表型
27. Wang Jizong., Wang Jia., Hu Meijuan., Wu Shan., Qi Jinfeng., Wang Guoxun., Han Zhifu., Qi Yijun., Gao Ning., Wang Hong-Wei., Zhou Jian-Min., Chai Jijie., (2019). Ligand-triggered allosteric ADP release primes a plant NLR complex., Science, 364.(20190405,清华大学,柴继杰;中科院遗传与发育生物学研究所,周俭民;清华大学,王宏伟)
该研究揭示ZAR1通过自身多结构域组成的分子内互作和ADP分子介导的自我抑制机制,植物抗病蛋白通过识别病原菌蛋白AvrAC导致其核酸结合结构域(NBD)的构象变化和释放ADP分子,从而解除ZAR自抑制进入启动状态。(参考链接:专家点评Science背靠背 | 植物免疫领域重大突破!柴继杰/周俭民/王宏伟合作团队首次发现植物抗病小体颜宁点评Science丨柴继杰/周俭民/王宏伟合作团队在植物免疫研究领域取得重大突破
28. Wang Jizong., Hu Meijuan., Wang Jia., Qi Jinfeng., Han Zhifu., Wang Guoxun., Qi Yijun., Wang Hong-Wei., Zhou Jian-Min.Chai Jijie., (2019). Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity., Science, 364. (20190405,清华大学,柴继杰;中科院遗传与发育生物学研究所,周俭民;清华大学,王宏伟)
该研究揭示ZAR1被AvrAC激活后,组装成含三个亚基共15个蛋白的环状五聚体蛋白机器,植物抗病蛋白的第一个激活复合物被成功捕捉并被正式命名为“抗病小体” (resistosome) 。抗病小体结构的解析为理解其生化功能提供了线索,奠定植物控制细胞死亡和免疫新模型的建立。(参考链接:专家点评Science背靠背 | 植物免疫领域重大突破!柴继杰/周俭民/王宏伟合作团队首次发现植物抗病小体颜宁点评Science丨柴继杰/周俭民/王宏伟合作团队在植物免疫研究领域取得重大突破
29. Zhao Li-Hua., Ma Shanshan., Sutkeviciute Ieva., Shen Dan-Dan., Zhou X Edward., de Waal Parker W., Li Chen-Yao., Kang Yanyong., Clark Lisa J., Jean-Alphonse Frederic G., White Alex D., Yang Dehua., Dai Antao., Cai Xiaoqing., Chen Jian., Li Cong., Jiang Yi., Watanabe Tomoyuki., Gardella Thomas J., Melcher Karsten., Wang Ming-Wei.Vilardaga Jean-Pierre.Xu H Eric.Zhang Yan., (2019). Structure and dynamics of the active human parathyroid hormone receptor-1., Science, 364, 148-153.(20190405,浙江大学,张岩;中国科学院上海药物研究所,徐华强、王明伟;匹斯堡大学,Vilardaga Jean-Pierre
该研究应用冷冻电镜技术精准(分辨率=3.0Å)解析了 1 型人源甲状旁腺激素受体(Parathyroid hormone type 1 receptor, PTH1R)与 Gs 蛋白复合物的三维结构,揭示了其长效激活状态下的分子动力学机制,为创制治疗骨质疏松症、甲状旁腺功能减退症和恶病质等疾病的新药奠定了坚实的基础。(参考链接:Science | 中国科学家主导完成人源甲状旁腺激素受体结构与功能
30. Zhang Yuhang., Cheng Tat Cheung., Huang Guangrui., Lu Qingyi., Surleac Marius D., Mandell Jeffrey D., Pontarotti Pierre., Petrescu Andrei J., Xu Anlong., Xiong Yong., Schatz David G.,(2019). Transposon molecular domestication and the evolution of the RAG recombinase. Nature, 569(7754), 79-84. (20190411,耶鲁大学David G. Schatz教授和熊勇教授团队,北京中医药大学徐安龙)
揭示了原始转座酶protoRAG演化为重组酶RAG的重要机制。
31. Shi Yu., Gao Weina., Lytle Nikki K., Huang Peiwu., Yuan Xiao., Dann Amanda M., Ridinger-Saison Maya., DelGiorno Kathleen E., Antal Corina E., Liang Gaoyang., Atkins Annette R., Erikson Galina., Sun Huaiyu., Meisenhelder Jill., Terenziani Elena., Woo Gyunghwi., Fang Linjing., Santisakultarm Thom P., Manor Uri., Xu Ruilian., Becerra Carlos R., Borazanci Erkut., Von Hoff Daniel D., Grandgenett Paul M., Hollingsworth Michael A., Leblanc Mathias., Umetsu Sarah E., Collisson Eric A., Scadeng Miriam., Lowy Andrew M., Donahue Timothy R., Reya Tannishtha., Downes Michael., Evans Ronald M., Wahl Geoffrey M., Pawson Tony., Tian Ruijun., Hunter Tony.,(2019). Targeting LIF-mediated paracrine interaction for pancreatic cancer therapy and monitoring. Nature, 569(7754), 131-135. (20190418,美国Salk研究所Tony Hunter,史宇;南方科技大学,田瑞军)
发现了介导胰腺癌细胞和星状细胞之间信号传导的关键因子——白血病抑制因子(Leukemia inhibitory factor, LIF),并系统地验证了其作为胰腺癌治疗靶点和生物标志物的可行性。(参考链接:Nature丨中美合作发现“癌症之王”治疗的重要靶点与生物标志物
32. Zuo Erwei., Sun Yidi., Wei Wu., Yuan Tanglong., Ying Wenqin., Sun Hao., Yuan Liyun., Steinmetz Lars M., Li Yixue.Yang Hui., (2019). Cytosine base editor generates substantial off-target single-nucleotide variants in mouse embryos., Science, 364, 289-292.(20190419,中科院神经科学研究所,杨辉;中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所,李亦学;斯坦福大学,Steinmetz Lars M
该研究证实了以BE3为代表的部分基因编辑技术存在无法预测的脱靶风险,让世人重新审视了这些新兴技术的风险。更重要的是,此工作建立了一种在精度、广度和准确性上远超越之前的基因编辑脱靶检测技术,有望由此开发精度更高、安全性更大的新一代基因编辑工具,建立行业的新标准。(参考链接:专家热评Science丨杨辉组/高彩霞组“背靠背”首次发现单碱基编辑系统存在严重脱靶效应
33. Jin Shuai., Zong Yuan., Gao Qiang., Zhu Zixu., Wang Yanpeng., Qin Peng., Liang Chengzhi., Wang Daowen., Qiu Jin-Long., Zhang Feng., Gao Caixia., (2019). Cytosine, but not adenine, base editors induce genome-wide off-target mutations in rice., Science, 364, 292-295.(20190419,中科院遗传与发育研究所,高彩霞)
该研究表明现有BE3和HF1-BE3系统,而非ABE系统,可在植物体内造成难以预测的脱靶突变,因此,需要进一步优化提高特异性。该工作创新性地利用相似遗传背景的克隆植物及全基因组重测序解决了以前大量异质细胞序列分析的复杂性。(参考链接:专家热评Science丨杨辉组/高彩霞组“背靠背”首次发现单碱基编辑系统存在严重脱靶效应
34. Zhang Menghan., Yan Shi., Pan Wuyun., Jin Li., (2019). Phylogenetic evidence for Sino-Tibetan origin in northern China in the Late Neolithic., Nature, 569, 112-115.(20190425,复旦大学,金力)
探讨了世界第二大语系的起源,支持了“北方起源假说”,为认识东亚人口的迁移带来了启示。(参考链接:Nature丨复旦金力团队破解汉藏语系的起源,为认识东亚人口的迁移带来启示
35. Liu Chu-Xiao., Li Xiang., Nan Fang., Jiang Shan., Gao Xiang., Guo Si-Kun., Xue Wei., Cui Yange., Dong Kaige., Ding Huihua., Qu Bo., Zhou Zhaocai., Shen Nan., Yang Li., Chen Ling-Ling., (2019). Structure and Degradation of Circular RNAs Regulate PKR Activation in Innate Immunity., Cell, 177, 865-880.e21.(20190425,中科院生化细胞所,陈玲玲;中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所,杨力;上海交通大学医学院附属仁济医院,沈南)
首次阐述了环形RNA在细胞受病毒感染时的降解机制,及其通过形成分子内双链结构结合天然免疫因子参与抗病毒免疫的重要新功能,并揭示环形RNA低表达与自身免疫性病——系统性红斑狼疮 (SLE) 密切相关。该工作为环形RNA在天然免疫中的重要功能研究奠定基础,并为自身免疫病的临床诊断和治疗提供了新思路。(参考链接:专家点评Cell丨陈玲玲团队揭示环形RNA在天然免疫过程中的重要功能
36. Xiang Chengang., Du Yuanyuan., Meng Gaofan., Soon Yi Liew., Sun Shicheng., Song Nan., Zhang Xiaonan., Xiao Yiwei., Wang Jie., Yi Zhigang., Liu Yifang., Xie Bingqing., Wu Min., Shu Jun., Sun Da., Jia Jun., Liang Zhen., Sun Dong., Huang Yanxiang., Shi Yan., Xu Jun., Lu Fengmin., Li Cheng., Xiang Kuanhui., Yuan Zhenghong., Lu Shichun., Deng Hongkui., (2019). Long-term functional maintenance of primary human hepatocytes in vitro., Science, 364, 399-402.(20190426,北京大学,邓宏魁;中国人民解放军总医院,卢实春;复旦大学,袁正宏)
该研究利用5种化学小分子就实现了体外肝细胞功能的长期维持。这些工作表明了化学小分子在精细调控细胞命运和功能上的优越性,这一方法也为其他类型细胞体外功能的长期维持提供了新的途径。(参考链接:专家点评Science | 小分子,大作为:邓宏魁/卢实春/袁正宏合作团队突破人肝细胞体外长期培养瓶颈
37. Chen Fahu., Welker Frido., Shen Chuan-Chou., Bailey Shara E., Bergmann Inga., Davis Simon., Xia Huan., Wang Hui., Fischer Roman., Freidline Sarah E., Yu Tsai-Luen., Skinner Matthew M., Stelzer Stefanie., Dong Guangrong., Fu Qiaomei., Dong Guanghui., Wang Jian., Zhang Dongju., Hublin Jean-Jacques., (2019). A late Middle Pleistocene Denisovan mandible from the Tibetan Plateau., Nature, 569, 409-412.(20190502,中国科学院青藏高原研究所,陈发虎;兰州大学,张东菊;德国马普所,Hublin Jean-Jacques
报道了发现于中国夏河县的一件16万年前的人类下颌骨化石。古蛋白分析揭示该化石为丹尼索瓦人,显示丹尼索瓦人的足迹早在中更新世已经到达青藏高原并适应了那里的高海拔缺氧环境。(参考链接:Nature | 中国学者发现16万年前青藏高原最早的占据者—夏河丹尼索瓦人
38. Xue Jian-Huang., Chen Guo-Dong., Hao Fuhua., Chen Hui., Fang Zhaoyuan., Chen Fang-Fang., Pang Bo., Yang Qing-Lin., Wei Xinben., Fan Qiang-Qiang., Xin Changpeng., Zhao Jiaohong., Deng Xuan., Wang Bang-An., Zhang Xiao-Jie., Chu Yueying., Tang Hui., Yin Huiyong., Ma Weimin., Chen Luonan., Ding Jianping., Weinhold Elmar., Kohli Rahul M., Liu Wen., Zhu Zheng-Jiang., Huang Kaiyao., Tang Huiru., Xu Guo-Liang., (2019). A vitamin-C-derived DNA modification catalysed by an algal TET homologue., Nature, 569, 581-585.(20190502,中科院上海生物化学与细胞生物学研究所/复旦大学,徐国良;中科院武汉物理与数学研究所/复旦大学,唐惠儒;中科院武汉水生生物研究所,黄开耀)
该工作发现,在研究光合作用和纤毛的真核单细胞模式生物 — 莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)中,TET同源蛋白可以将维生素C的半个分子的碳基骨架转移到DNA上,从而产生一种全新的DNA表观修饰。(参考链接:何川点评Nature | 中科院/复旦合作团队发现维生素C可直接参与真核生物的DNA修饰
39. Fang Xiaofeng., Wang Liang., Ishikawa Ryo., Li Yaoxi., Fiedler Marc., Liu Fuquan., Calder Grant., Rowan Beth., Weigel Detlef., Li Pilong., Dean Caroline.,(2019). Arabidopsis FLL2 promotes liquid-liquid phase separation of polyadenylation complexes. Nature, 569(7755), 265-269. (20190502,英国 John Innes Centre,Caroline Dean;清华大学,李丕龙)
拟南芥coiled-coil蛋白FLL2介导RNA 3’末端加工因子的相分离,从而促进特定基因的3’末端形成。(参考阅读:Nature突破!方晓峰博士等发现相分离在RNA 3’末端加工过程中的重要作用
40. Wang Min., O'Connor Jingmai K., Xu Xing., Zhou Zhonghe., (2019). A new Jurassic scansoriopterygid and the loss of membranous wings in theropod dinosaurs., Nature, 569, 256-259.(20190509,中科院古脊椎动物与古人类研究所,王敏、周忠和)
该研究描述了一个新发现的scanoriopterygid(擅攀鸟龙类),研究人员将其命名为Ambopteryx longibrachium,该化石可追溯到大约1.63亿年前的侏罗纪时期,该化石保存的非常好。该研究进一步拓展了会飞行的恐龙家族。
41. Wang Jie., Liu Yuan., Liu Yanjun., Zheng Siqi., Wang Xin., Zhao Jingyi., Yang Fan., Zhang Gong., Wang Chu., Chen Peng R., (2019). Time-resolved protein activation by proximal decaging in living systems., Nature, 569, 509-513.(20190509,北京大学,陈鹏、王初)
该研究发展的CAGE-prox技术,可以广泛地应用于不同类型蛋白质的在体、瞬时激活。这一普适性的化学生物学前沿技术,为今后深入开展蛋白质动态修饰和化学干预研究提供了有力的工具,在从基础生物学研究到蛋白质药物研发等一系列领域都具有广阔的应用前景。(参考链接:专家点评Nature长文 | 突破!北大陈鹏/王初合开发作活体内蛋白质瞬时原位激活新技术
42. Liu Xiangyu., Xu Xinyu., Hilger Daniel., Aschauer Philipp., Tiemann Johanna K S., Du Yang., Liu Hongtao., Hirata Kunio., Sun Xiaoou., Guixà-González Ramon., Mathiesen Jesper M., Hildebrand Peter W., Kobilka Brian K., (2019). Structural Insights into the Process of GPCR-G Protein Complex Formation., Cell, 177, 1243-1251.e12.(20190509,清华大学,Kobilka Brian、刘翔宇)
报道了两个结构:分别是 β2AR融合Gs蛋白羧基端肽段(GsCT)的激活态的晶体结构(β2AR-T4L-GsCT-CC)和GDP结合状态的Gs蛋白结构(GsGDP)(参考链接:专家点评| Brian Kobilka等两篇Cell揭示GPCR-G蛋白的时序组装
43. Song Hao., Zhao Zhennan., Chai Yan., Jin Xiyue., Li Changyao., Yuan Fei., Liu Sheng., Gao Zhengrong., Wang Haiyuan., Song Jian., Vazquez Leonardo., Zhang Yanfang., Tan Shuguang., Morel Carlos M., Yan Jinghua., Shi Yi., Qi Jianxun., Gao Feng., Gao George F., (2019). Molecular Basis of Arthritogenic Alphavirus Receptor MXRA8 Binding to Chikungunya Virus Envelope Protein., Cell, 177, 1714-1724.e12.(20190509,中国科学院微生物研究所,高福;中科院天津工业生物技术研究所,高峰)
首次从分子水平阐释了基孔肯雅病毒囊膜表面E蛋白与其细胞受体基质重塑相关蛋白8(MXRA8)分子相互作用的机制,揭示了此类病毒入侵细胞的分子机制,为抗病毒药物设计及新型疫苗设计提供了新靶点。(参考链接:背靠背Cell | 高福/高峰合作团队等破解基孔肯雅病毒入侵机制
44. Huang Ancheng C., Jiang Ting., Liu Yong-Xin., Bai Yue-Chen., Reed James., Qu Baoyuan., Goossens Alain., Nützmann Hans-Wilhelm., Bai Yang., Osbourn Anne.,(2019). ArabidopsisA specialized metabolic network selectively modulates  root microbiota. Science, 364(6440). (20190510,中国科学院遗传与发育生物学研究所,白洋;John Innes Centre,Anne Osbourn)
该研究系统解析了拟南芥三萜合成的基因网络,并发现拟南芥三萜类化合物可直接调控根系微生物组。(参考链接:专家点评Science | 中科院遗传所白洋课题组与合作者发现拟南芥三萜化合物可调控根系微生物组
45. Zhao Xin., Zhang Guigen., Liu Sheng., Chen Xiangpeng., Peng Ruchao., Dai Lianpan., Qu Xiao., Li Shihua., Song Hao., Gao Zhengrong., Yuan Pengfei., Liu Zhiheng., Li Changyao., Shang Zifang., Li Yan., Zhang Meifan., Qi Jianxun., Wang Han., Du Ning., Wu Yan., Bi Yuhai., Gao Shan., Shi Yi., Yan Jinghua., Zhang Yong., Xie Zhengde., Wei Wensheng., Gao George F., (2019). Human Neonatal Fc Receptor Is the Cellular Uncoating Receptor for Enterovirus B., Cell, 177, 1553-1565.e16.(20190516,中国科学院微生物研究所,高福;北京大学,魏文胜团队;首都医科大学附属北京儿童医院,谢正德)
利用CRISPR筛选技术,发现人类新生儿Fc受体(human neonatal Fc receptor, FcRn)是多个B族肠道病毒的通用脱衣壳受体,并通过解析病毒与其吸附受体(attachment receptor)和脱衣壳受体(uncoating receptor)在不同pH条件下复合物的原子/近原子水平高分辨率电镜结构,从分子水平揭示了“双受体系统”中两种受体的不同作用机制,系统地阐明了肠道病毒感染宿主细胞的入侵机制。本研究在B族肠道病毒的致病研究和药物开发,非囊膜病毒的入侵机制研究方面均具有重要意义。(参考链接:Cell | 高福团队发现B族肠道病毒通用受体并解析病毒利用“双受体系统”入侵的作用机制
46. Zhao Yanyu., Huang Gaoxingyu., Wu Jianping., Wu Qiurong., Gao Shuai., Yan Zhen., Lei Jianlin., Yan Nieng., (2019). Molecular Basis for Ligand Modulation of a Mammalian Voltage-Gated Ca Channel., Cell, 177, 1495-1506.e12.(20190530,清华大学,颜宁)
通过Cryo-EM解析了兔源Cav1.1结合不同拮抗剂和激动剂的高分辨率结构,为进一步理解相关药物的作用机制、在结构上提供实验和临床数据、对进一步的药物设计提供了重要依据。(参考链接:Cell | 颜宁组解析结合配体的哺乳动物控钙离子通道结构
47. Zhang Weina., Wang Guihua., Xu Zhi-Gang., Tu Haiqing., Hu Fuqing., Dai Jiang., Chang Yan., Chen Yaqi., Lu Yanjun., Zeng Haolong., Cai Zhen., Han Fei., Xu Chuan., Jin Guoxiang., Sun Li., Pan Bo-Syong., Lai Shiue-Wei., Hsu Che-Chia., Xu Jia., Chen Zhong-Zhu., Li Hong-Yu., Seth Pankaj., Hu Junbo., Zhang Xuemin., Li Huiyan., Lin Hui-Kuan., (2019). Lactate Is a Natural Suppressor of RLR Signaling by Targeting MAVS., Cell, 178, 176-189.e15.(20190530,第一单位为国家生物医学分析中心,通讯作者为美国Wake Forest大学林慧观教授
该研究工作首次揭示了机体糖代谢过程和先天免疫RLRs信号通路的重要交互调控,鉴定出此过程中乳酸在细胞内的感应分子-MAVS。此外,发现先天免疫的关键接头蛋白MAVS能够结合糖酵解重要限速酶-HK2,且该结合在RLRs通路激活时被RIG-I破坏。通过靶向抑制乳酸生成过程,能够有效促进I型IFN产生和RNA病毒清除。以上发现为病毒感染引发的相关疾病和基于代谢紊乱的肿瘤防治提供了理论依据和潜在的分子靶标,具有十分重要的意义。(参考链接:Cell亮点 | 林慧宽团队首次揭示乳酸调控天然免疫的重要功能——靶向MAVS抑制先天免疫RLR通路
48. Liu Yun-Tao., Jih Jonathan., Dai Xinghong., Bi Guo-Qiang., Zhou Z Hong., (2019). Cryo-EM structures of herpes simplex virus type 1 portal vertex and packaged genome., Nature, 570, 257-261.(20190530,中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家研究中心,刘云涛、毕国强)
利用冷冻电镜首次解析了HSV-1的顶端入口(Portal Vertex)和基因组的原子分辨率结构,阐明其基因组的关键组装机制,这一发现有助于人们更好地理解疱疹病毒的生命周期,对预防和控制这一病毒引起的各种疾病有重要指导意义。(参考链接:专家点评Nature | 中科大首次揭示单纯疱疹病毒I型的基因组组装机制
49. Zhong Sheng., Liu Meiling., Wang Zhijuan., Huang Qingpei., Hou Saiying., Xu Yong-Chao., Ge Zengxiang., Song Zihan., Huang Jiaying., Qiu Xinyu., Shi Yihao., Xiao Junyu., Liu Pei., Guo Ya-Long., Dong Juan., Dresselhaus Thomas., Gu Hongya., Qu Li-Jia., (2019). Cysteine-rich peptides promote interspecific genetic isolation in Arabidopsis., Science, 364. (20190531,北京大学,瞿礼嘉)
该论文揭示了被子植物拟南芥中的一种由小肽信号介导的信号通路,该信号通路通过调控花粉管导向,促进种间遗传隔离的分子机制。(参考链接:Science | 北京大学瞿礼嘉课题组揭示了一种促进被子植物种间遗传隔离的分子机制
50. Zhou Changyang., Sun Yidi., Yan Rui., Liu Yajing., Zuo Erwei., Gu Chan., Han Linxiao., Wei Yu., Hu Xinde., Zeng Rong., Li Yixue., Zhou Haibo., Guo Fan., Yang Hui., (2019). Off-target RNA mutation induced by DNA base editing and its elimination by mutagenesis., Nature, 571, 275-278.(20190611,中科院神经科学研究所、脑科学与智能技术卓越创新中心,杨辉,周海波;四川大学华西二院/生命科学学院,郭帆;中国科学院-马普学会计算生物学研究所,李亦学)
该研究发现DNA单碱基编辑工具CBE和ABE均存在大量的RNA脱靶效应,相比于仅有GFP处理的对照组,CBE或ABE处理的细胞的RNA SNV平均增加了15倍之多。杨辉团队开发的ABE(F148A)突变体还能够缩小编辑窗口,实现更加精准的DNA编辑。该技术在特异性和精确性上超越了ABE7.10,结合之前的研究ABE并不造成DNA上的脱靶,该突变体有望在未来成为一种更加安全、更加精准的基因编辑工具,应用于临床治疗中。(参考链接:专家点评Nature | 杨辉/郭帆/李亦学等开发更高精度的单碱基基因编辑工具,全面降低RNA脱靶风险
51. Zhou Yang., Sharma Jitendra., Ke Qiong., Landman Rogier., Yuan Jingli., Chen Hong., Hayden David S., Fisher John W., Jiang Minqing., Menegas William., Aida Tomomi., Yan Ting., Zou Ying., Xu Dongdong., Parmar Shivangi., Hyman Julia B., Fanucci-Kiss Adrian., Meisner Olivia., Wang Dongqing., Huang Yan., Li Yaqing., Bai Yanyang., Ji Wenjing., Lai Xinqiang., Li Weiqiang., Huang Lihua., Lu Zhonghua., Wang Liping., Anteraper Sheeba A., Sur Mriganka., Zhou Huihui., Xiang Andy Peng., Desimone Robert., Feng Guoping., Yang Shihua., (2019). Atypical behaviour and connectivity in SHANK3-mutant macaques., Nature, 570, 326-331.(20190613,华南农业大学,杨世华;中山大学,项鹏;MIT冯国屏;深圳先进院脑认知与脑疾病研究所,周晖晖。注:深圳先进院为第一完成单位)
该项研究证明了新型转基因自闭症灵长类动物模型的成功建立,为更加深入地理解自闭症的神经生物学机制并开发更具转化价值的治疗手段提供了更好的研究基础。
52. Sharif Humayun., Wang Li., Wang Wei Li., Magupalli Venkat Giri., Andreeva Liudmila., Qiao Qi., Hauenstein Arthur V., Wu Zhaolong., Núñez Gabriel., Mao Youdong., Wu Hao., (2019). Structural mechanism for NEK7-licensed activation of NLRP3 inflammasome., Nature, 570, 338-343.(20190613,哈佛大学,吴皓;北京大学,毛有东)
通过Cryo-EM解析了人源NLRP3-NEK7的复合物结构,分辨率为3.8 Å。以该结构为基础而设计的NLRP3或NEK7突变体的体外和细胞功能验证揭示了NEK7通过与NLRP3亚基的多界面相互作用,介导NLRP3炎症小体激活的分子机制和重要性。(参考链接:Nature长文 | 吴皓/毛有东合作解析NLRP3炎症小体激活新机制
53. Gu Jinke., Zhang Laixing., Zong Shuai., Guo Runyu., Liu Tianya., Yi Jingbo., Wang Peiyi., Zhuo Wei., Yang Maojun., (2019). Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1., Science, 364, 1068-1075.(20190614,清华大学,杨茂君)
该研究突破性地发现并解析了哺乳动物ATP合酶四聚体的构成形式和高分辨率结构。首次获得了高等生物ATP合酶的完整结构,提出了细胞内调控ATP合酶的分子机理,为进一步理解哺乳动物ATP合酶的亚基组成、调控机制、以及其对线粒体形态的影响等提供了重要的结构基础,同时也为以后教科书的更新提供了重要素材。(参考链接:Science长文 | 杨茂君团队首次获得高等生物ATP合酶的完整结构——附论文背后的故事
54. Chen Lei., Qiu Qiang., Jiang Yu., Wang Kun., Lin Zeshan., Li Zhipeng., Bibi Faysal., Yang Yongzhi., Wang Jinhuan., Nie Wenhui., Su Weiting., Liu Guichun., Li Qiye., Fu Weiwei., Pan Xiangyu., Liu Chang., Yang Jie., Zhang Chenzhou., Yin Yuan., Wang Yu., Zhao Yue., Zhang Chen., Wang Zhongkai., Qin Yanli., Liu Wei., Wang Bao., Ren Yandong., Zhang Ru., Zeng Yan., da Fonseca Rute R., Wei Bin., Li Ran., Wan Wenting., Zhao Ruoping., Zhu Wenbo., Wang Yutao., Duan Shengchang., Gao Yun., Zhang Yong E., Chen Chunyan., Hvilsom Christina., Epps Clinton W., Chemnick Leona G., Dong Yang., Mirarab Siavash., Siegismund Hans Redlef., Ryder Oliver A., Gilbert M Thomas P., Lewin Harris A., Zhang Guojie., Heller Rasmus., Wang Wen., (2019). Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evolution and distinct traits., Science, 364.(20190621,西北工业大学,王文;中科院昆明动物所,张国捷)
研究人员对44种反刍动物的基因组进行了从头组装,代表了跨越所有六个家族的36个属。结合五个先前发表的bovid基因组,两个已发表的cervid基因组,以及最近更新的化石信息,该研究构建了该组的时间校准系统发育树,分析了物种种群历史,并研究了这些物种基因组进化。该研究结果不仅为了解这一重要哺乳动物群体的起源和进化及其特殊性状提供了数据,而且还具有将反刍家畜基因组资源置于进化背景和保护反刍动物生物多样性的意义。
55. Lin Zeshan., Chen Lei., Chen Xianqing., Zhong Yingbin., Yang Yue., Xia Wenhao., Liu Chang., Zhu Wenbo., Wang Han., Yan Biyao., Yang Yifeng., Liu Xing., Sternang Kvie Kjersti., Røed Knut Håkon., Wang Kun., Xiao Wuhan., Wei Haijun., Li Guangyu., Heller Rasmus., Gilbert M Thomas P., Qiu Qiang.Wang Wen.Li Zhipeng., (2019). Biological adaptations in the Arctic cervid, the reindeer (Rangifer tarandus)., Science, 364.(20190621,农科院,李志鹏;西北工业大学,王文、邱强)
该研究结果揭示了北极鹿的广泛特征的遗传基础,并为理解哺乳动物对北极的适应性策略提供了基础。比较基因组研究和功能分析鉴定了许多基因,这些基因具有与昼夜节律性心律失常,维生素D代谢,顺应性和鹿茸生长相关的功能,以及独特突变和/或正选择的基因。该结果可能提供与人类健康相关的见解,包括驯鹿中维生素D的遗传反应如何影响骨骼和脂肪代谢以及基因如何影响昼夜节律性心律失常。
56. Wang Yu., Zhang Chenzhou., Wang Nini., Li Zhipeng., Heller Rasmus., Liu Rong., Zhao Yue., Han Jiangang., Pan Xiangyu., Zheng Zhuqing., Dai Xueqin., Chen Ceshi., Dou Mingle., Peng Shujun., Chen Xianqing., Liu Jing., Li Ming., Wang Kun., Liu Chang., Lin Zeshan., Chen Lei., Hao Fei., Zhu Wenbo., Song Chengchuang., Zhao Chen., Zheng Chengli., Wang Jianming., Hu Shengwei., Li Cunyuan., Yang Hui., Jiang Lin., Li Guangyu., Liu Mingjun., Sonstegard Tad S., Zhang Guojie., Jiang Yu.Wang Wen.Qiu Qiang., (2019). Genetic basis of ruminant headgear and rapid antler regeneration., Science, 364.(20190621,西北工业大学,邱强、王文;西北农林大学,姜雨)
该研究从系统发育,基因表达谱等方面支持反刍动物头带的单一进化起源。Pecoran头带可能与神经嵴干细胞具有共同的细胞来源,并且软骨和神经谱系的确定对于头带发育很重要。此外,肿瘤抑制因子和原癌基因的cervid特异性遗传变化暗示鹿茸组织的再生特性。该研究揭示了反刍动物头带的进化,发育和组织学起源以及鹿角再生的遗传机制。已鉴定的基因及其独特的突变为未来头带发育,哺乳动物器官再生和肿瘤发生的功能研究提供了指导。
57. Wang Xiongjun., Liu Ruilong., Zhu Wencheng., Chu Huiying., Yu Hua., Wei Ping., Wu Xueyuan., Zhu Hongwen., Gao Hong., Liang Ji., Li Guohui., Yang Weiwei., (2019). UDP-glucose accelerates SNAI1 mRNA decay and impairs lung cancer metastasis., Nature, 571, 127-131.(20190627,中科院上海生化与细胞研究所,杨巍维;中科院大连化学物理研究所,李国辉)
首次揭示了糖醛酸代谢通路中的尿苷二磷酸葡萄糖(UDP-Glc)抑制肺癌转移的新功能及作用机制,为肺癌转移的监测和阻断提供了新的靶点和生物标志物。(参考链接:Nature丨 杨巍维/李国辉合作揭示尿苷二磷酸葡萄糖抑制肺癌转移的新功能
58. Xiao Rui., Chen Jia-Yu., Liang Zhengyu., Luo Daji., Chen Geng., Lu Zhi John., Chen Yang., Zhou Bing., Li Hairi., Du Xian., Yang Yang., San Mingkui., Wei Xintao., Liu Wen., Lécuyer Eric., Graveley Brenton R., Yeo Gene W., Burge Christopher B., Zhang Michael Q., Zhou Yu., Fu Xiang-Dong., (2019). Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-Based Regulation of Transcription., Cell, 178, 107-121.e18.(20190627,武汉大学,付向东、肖锐)
该研究刷新了我们对RNA结合蛋白的传统认知,揭示RNA结合蛋白是一类新的转录因子,可通过RNA依赖的染色质相互作用直接参与转录调控。(参考链接:Cell | 武汉大学肖锐组与付向东组合作系统揭示新型转录因子-RNA结合蛋白参与调控转录
59. Liu Xiangyu., Masoudi Ali., Kahsai Alem W., Huang Li-Yin., Pani Biswaranjan., Staus Dean P., Shim Paul J., Hirata Kunio., Simhal Rishabh K., Schwalb Allison M., Rambarat Paula K., Ahn Seungkirl., Lefkowitz Robert J., Kobilka Brian., (2019). Mechanism of βAR regulation by an intracellular positive allosteric modulator., Science, 364, 1283-1287.(20190628,清华大学,Brian Kobilka)
首次报道了激活态的beta2肾上腺素受体(β2AR)同时结合正构激动剂BI167107和别构激动剂Cmpd-6FA的晶体结构。这项工作鉴定了一个新的G蛋白偶联受体(GPCR)别构调节位点,并发现了新的别构调节机制,为针对GPCR的别构药物研发提供了指导。
60. Gong Deshun., Chi Ximin., Wei Jinhong., Zhou Gewei., Huang Gaoxingyu., Zhang Lin., Wang Ruiwu., Lei Jianlin., Chen S R Wayne., Yan Nieng., (2019). Modulation of cardiac ryanodine receptor 2 by calmodulin., Nature, 572, 347-351.(20190706,清华大学,颜宁、龚德顺;加拿大卡尔加里大学,S. R. Wayne Chen)
报道了RyR2的8个冷冻电子显微镜(cryo-EM)结构,它们共同揭示了不同形式CaM的分子识别特征,并提供了对CaM对RyR2通道门控的调节的见解。
61. Xiao Yu., Stegmann Martin., Han Zhifu., DeFalco Thomas A., Parys Katarzyna., Xu Li., Belkhadir Youssef., Zipfel Cyril., Chai Jijie., (2019). Mechanisms of RALF peptide perception by a heterotypic receptor complex., Nature, 572, 270-274.(20190711,清华大学,柴继杰)
揭示了植物多肽RALF23被CrRLK1L型受体激酶FER与膜锚定GPI蛋白LLG2异型受体复合物识别的分子机制。(参考链接:Nature | 柴继杰组揭示植物受体激酶FER识别配体RALF的分子机制
62. Zheng Xiaoying., Zhang Dongjing., Li Yongjun., Yang Cui., Wu Yu., Liang Xiao., Liang Yongkang., Pan Xiaoling., Hu Linchao., Sun Qiang., Wang Xiaohua., Wei Yingyang., Zhu Jian., Qian Wei., Yan Ziqiang., Parker Andrew G., Gilles Jeremie R L., Bourtzis Kostas., Bouyer Jérémy., Tang Moxun., Zheng Bo., Yu Jianshe., Liu Julian., Zhuang Jiajia., Hu Zhigang., Zhang Meichun., Gong Jun-Tao., Hong Xiao-Yue., Zhang Zhoubing., Lin Lifeng., Liu Qiyong., Hu Zhiyong., Wu Zhongdao., Baton Luke Anthony., Hoffmann Ary A., Xi Zhiyong., (2019). Incompatible and sterile insect techniques combined eliminate mosquitoes., Nature, 572, 56-61.(20190718,中山大学,奚志勇)
通过现场试验证明了IIT-SIT相结合对蚊媒种群进行区域性控制的可行性。(参考链接:专家点评Nature | 奚志勇团队开发突破性新技术,或可应用于大幅清除蚊媒种群
63. Xu Yue., Zhou Ping., Cheng Sen., Lu Qiuhe., Nowak Kathrin., Hopp Ann-Katrin., Li Lin., Shi Xuyan., Zhou Zhiwei., Gao Wenqing., Li Da., He Huabin., Liu Xiaoyun., Ding Jingjin., Hottiger Michael O., Shao Feng., (2019). A Bacterial Effector Reveals the V-ATPase-ATG16L1 Axis that Initiates Xenophagy., Cell, 178, 552-566.e20.(20190718,北京生命科学研究所,邵峰)
揭示了细菌感染触发V-ATPase复合物招募ATG16L1,进而介导细菌自噬的过程。(参考链接:专家点评Cell | 邵峰组破解细菌感染介导自噬的机制,为选择性自噬通路的研究提供新思路
64. Zhou Chang-Fu., Bhullar Bhart-Anjan S., Neander April I., Martin Thomas., Luo Zhe-Xi., (2019). New Jurassic mammaliaform sheds light on early evolution of mammal-like hyoid bones., Science, 365, 276-279.(20190719,沈阳师范大学,周长付)
介绍了新发现的侏罗纪“微小柱齿兽”化石在揭示哺乳动物舌骨演化方面的重要科学意义。
65. Gan Ninghai., Zhen Xiangkai., Liu Yao., Xu Xiaolong., He Chunlin., Qiu Jiazhang., Liu Yancheng., Fujimoto Grant M., Nakayasu Ernesto S., Zhou Biao., Zhao Lan., Puvar Kedar., Das Chittaranjan., Ouyang Songying., Luo Zhao-Qing., (2019). Regulation of phosphoribosyl ubiquitination by a calmodulin-dependent glutamylase., Nature, 572, 387-391.(20190722,普渡大学,罗招庆;福建师范大学,欧阳松应)
该工作详细解析了致病性嗜肺军团菌效应蛋白SidJ调控SidE酶活性的分子机制,为探讨谷氨酸修饰酶(glutamylase)的催化机制提供了新的体系,也为临床治疗嗜肺军团菌感染的药物开发提供了新靶点。(参考链接:专家点评Nature | 罗招庆/欧阳松应合作解析一种谷氨酸化修饰的新机制
66. Wu Jiao., Minikes Alexander M., Gao Minghui., Bian Huijie., Li Yong., Stockwell Brent R., Chen Zhi-Nan., Jiang Xuejun., (2019). Intercellular interaction dictates cancer cell ferroptosis via NF2-YAP signalling., Nature, 572, 402-406.(20190725,第四军医大学,陈志南;Memorial Sloan-Kettering Cancer Center,姜学军)
揭示了钙粘蛋白调节的细胞内相互作用从而调控铁死亡信号通路的相关分子机制。(参考链接:Nature | 姜学军/陈志南合作揭示癌细胞铁死亡分子机制
67. Xia Weikun., Xu Jiawei., Yu Guang., Yao Guidong., Xu Kai., Ma Xueshan., Zhang Nan., Liu Bofeng., Li Tong., Lin Zili., Chen Xia., Li Lijia., Wang Qiujun., Shi Dayuan., Shi Senlin., Zhang Yile., Song Wenyan., Jin Haixia., Hu Linli., Bu Zhiqin., Wang Yang., Na Jie., Xie Wei.Sun Ying-Pu., (2019). Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition., Science, 365, 353-360.(20190726,郑州大学,孙莹璞、徐家伟;清华大学,颉伟)
该研究揭示了人类早期发育中组蛋白修饰重编程的特殊性以及研究人类早期胚胎发育的重要性。同时,这些结果也为未来进一步理解人类早期胚胎的发育和临床指导提供了关键的数据和线索。(参考链接:Science | 孙莹璞/颉伟/徐家伟揭示人类早期胚胎组蛋白修饰重编程
68. Jiang Zhonghao., Zhou Xiaoping., Tao Ming., Yuan Fang., Liu Lulu., Wu Feihua., Wu Xiaomei., Xiang Yun., Niu Yue., Liu Feng., Li Chijun., Ye Rui., Byeon Benjamin., Xue Yan., Zhao Hongyan., Wang Hsin-Neng., Crawford Bridget M., Johnson Douglas M., Hu Chanxing., Pei Christopher., Zhou Wenming., Swift Gary B., Zhang Han., Vo-Dinh Tuan., Hu Zhangli., Siedow James N., Pei Zhen-Ming., (2019). Plant cell-surface GIPC sphingolipids sense salt to trigger Ca influx., Nature, 572, 341-346.(20190801,深圳大学,胡章立;杜克大学, Pei Zhen-Ming.)
该研究从寻找植物细胞感知盐胁迫的受体基因出发,解码了植物感应盐胁迫信号的分子机理,对进一步揭示植物适应全球环境变化的生理生态效应及分子机制具有重大的理论意义,同时也对培育抗盐农作物有极其广泛的应用前景。(参考链接:Nature突破!深圳大学/杜克大学联合团队首次发现植物盐受体!
69. Pi Xiong., Zhao Songhao., Wang Wenda., Liu Desheng., Xu Caizhe., Han Guangye., Kuang Tingyun., Sui Sen-Fang.Shen Jian-Ren., (2019). The pigment-protein network of a diatom photosystem II-light-harvesting antenna supercomplex., Science, 365.(20190802,中科院植物所,沈建仁、匡廷云;清华大学,隋森芳
首次报道了通过单颗粒冷冻电镜技术解析的海洋硅藻角毛藻(Chaetoceros gracilis)光系统II-捕光天线超级复合体分辨率为3.02埃的三维结构,为解释硅藻 (diatom) 高效的能量传递和强大的光保护机制提供了关键的结构依据。
70. Peng Guangdun., Suo Shengbao., Cui Guizhong., Yu Fang., Wang Ran., Chen Jun., Chen Shirui., Liu Zhiwen., Chen Guoyu., Qian Yun., Tam Patrick P L., Han Jing-Dong J., Jing Naihe., (2019). Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo., Nature, 572, 528-532.(20190808,中科院分子细胞科学卓越创新中心/生物化学与细胞生物学研究所,景乃禾;中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所,韩敬东;中科院广州生物医药与健康研究院/广州再生医学与健康广东省,彭广敦)
该研究首次构建了小鼠早期胚胎着床后发育时期高分辨率时空转录组图谱,揭示了小鼠胚胎多能干细胞的分子谱系和多能性在时间和空间上的动态变化及其调控网络,并首次从分子层面揭示了内胚层(Endoderm)谱系在上胚层(Epiblast)产生前新的谱系来源,阐释了Hippo/Yap信号通路在早期胚胎发育期间参与内胚层发育的重要功能。这项工作为理解胚层谱系建立及多能干细胞的命运调控机制,提供了翔实的数据和崭新的思路,是对经典发育生物学层级谱系理论的重大修正和补充,将极大推动早期胚胎发育和干细胞再生医学相关领域的发展。(参考链接:专家点评Nature | 景乃禾/韩敬东/彭广敦等合作绘制小鼠早期胚胎发育全胚层谱系发生时空转录组图谱
71. Wang Lei., Wen Mingyue., Cao Xuetao., (2019). Nuclear hnRNPA2B1 initiates and amplifies the innate immune response to DNA viruses., Science, 365.(20190816,南开大学,曹雪涛)
报道了一种新型DNA感受器蛋白hnRNPA2B1。当细胞遭受DNA病毒感染时,hnRNPA2B1能够识别病毒DNA并通过自身二聚化启动I型干扰素的产生,并且还可以通过直接增强STING依赖的细胞质DNA感应信号通路增强I型IFN的免疫应答作用,在抗病毒先天免疫反应中发挥了重要作用。(参考链接:Science亮点 | 曹雪涛团队发现新型细胞核内DNA感受器
72. Zhou Fan., Wang Rui., Yuan Peng., Ren Yixin., Mao Yunuo., Li Rong., Lian Ying., Li Junsheng., Wen Lu., Yan Liying., Qiao Jie., Tang Fuchou., (2019). Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human implantation., Nature, 572, 660-664.(20190822,北京大学,汤富酬;北京大学第三医院,乔杰)
本研究提供的单细胞分辨率的转录组和DNA甲基化组数据对于研究早期人类胚胎发育研究具有潜在的重要价值。此外,尽管仍不清楚体内和体外胚胎发育之间存在着的具体差异,但本研究提供的数据资源可能为优化模拟体外着床策略提供直接线索与帮助,这也为多能干细胞的分化与发育相关研究提供重要线索和依据。(参考链接:Nature | 汤富酬/乔杰合作利用单细胞转录组和DNA甲基化组图谱重构人类胚胎着床过程——附专家点评
73. Wang Li., Zhou Heng., Zhang Mingmin., Liu Wenhao., Deng Tuan., Zhao Qiancheng., Li Yiran., Lei Jianlin., Li Xueming., Xiao Bailong., (2019). Structure and mechanogating of the mammalian tactile channel PIEZO2., Nature, 573, 225-229.(20190822,清华大学,肖百龙、李雪明)
作者通过Cryo-EM技术,解析了PIEZO2的分子结构,为机械门控离子通道的结构和机制提供了新的见解。(参考链接:Nature | 清华肖百龙/李雪明合作组解析机械门控通道PIEZO2
74. Dong De., Zheng Lvqin., Lin Jianquan., Zhang Bailing., Zhu Yuwei., Li Ningning., Xie Shuangyu., Wang Yuhang., Gao Ning., Huang Zhiwei., (2019). Structural basis of assembly of the human T cell receptor–CD3 complex., Nature, 573, 546-552.(20190829, 哈尔滨工业大学,黄志伟;北京大学,高宁)
该研究首次解析了人T细胞受体-共受体(TCR-CD3)复合物(包含全部8个亚基)的高分辨率冷冻电镜结构,通过对结构分析,揭示了TCR和CD3亚基在膜外侧以及膜内识别、组装成功能复合物的分子机制,从而回答了免疫领域关于T细胞受体结构的基础科学问题,而且对解析T细胞活化的分子机制具有重要的科学意义,同时也为开发基于T细胞受体的免疫疗法提供关键结构基础。(参考链接:里程碑!专家点评Nature | 黄志伟/高宁合作团队首次揭示人T细胞受体-共受体复合物组装的分子机制
75. Gong Jianke., Liu Jinzhi., Ronan Elizabeth A., He Feiteng., Cai Wei., Fatima Mahar., Zhang Wenyuan., Lee Hankyu., Li Zhaoyu., Kim Gun-Ho., Pipe Kevin P., Duan Bo., Liu Jianfeng., Xu X Z Shawn., (2019). A Cold-Sensing Receptor Encoded by a Glutamate Receptor Gene., Cell, 178, 1375-1386.e11.(20190829,华中科技大学,刘剑峰)
发现了进化上非常保守的全新的感受冷的受体蛋白家族。
76. Xu Meng., Xu Honghai., Lin Yuan., Sun Xiangnan., Wang Lijing., Fang Zheping., Su Xuehan., Liang Xiangjing., Hu Yang., Liu Zhimin., Cheng Yuanxiong., Wei Yuanuan., Li Jiabin., Li Li., Liu Hongjuan., Cheng Zhiqiang., Tang Na., Peng Chao., Li Tingting., Liu Tengfei., Qiao Liang., Wu Dalei., Ding Yanqing., Zhou Weijie.,(2019). LECT2, a Ligand for Tie1, Plays a Crucial Role in Liver Fibrogenesis., Cell, 178, 1478-1492. e20.(20190829,南方医科大学,周伟杰、丁彦青)
该研究为孤儿受体Tie1找到了功能配体并深入探讨了LECT2-Tie1信号通路在肝纤维化进程中的重要作用和机制。提出了应区别对待门脉血管新生和肝血窦毛细血管化在肝纤维化进展中的不同作用的新观念。该研究不仅为我们提供了新的肝纤维化肝硬化血液诊断分子标志物和肝纤维化肝硬化干预治疗靶标,还可以加深人们对血管系统调控的进一步理解,为其他组织器官血管系统相关疾病的研究提供有益借鉴。(参考链接:Cell | 周伟杰团队揭示肝纤维化与血管新生新机制
77. Chen Zhe., Zhou Chuanming., Yuan Xunlai., Xiao Shuhai., (2019). Death march of a segmented and trilobate bilaterian elucidates early animal evolution., Nature, 573, 412-415.(20190905,南京地质古生物研究所,袁训来;弗吉尼亚理工大学,Xiao Shuhai)
该研究描述了晚期埃迪卡拉时期(可追溯到551-539百万年前)的两侧对称性动物化石,研究人员将其命名为Yilingia spiciformis。Yilingia可能与panarthropods或annelids有关,并揭示了两侧对称性动物的分割起源。作为为数不多的Ediacaran动物之一,证明它已经产生了长而连续的小径,Yilingia提供了对负责Ediacaran微量化石的动物身份的见解。
78. Xue Han., Yao Tonghui., Cao Mi., Zhu Guanjun., Li Yan., Yuan Guiyong., Chen Yong., Lei Ming., Huang Jing., (2019). Structural basis of nucleosome recognition and modification by MLL methyltransferases., Nature, 573, 445-449.(20190905,上海交通大学医学院第九人民医院,黄晶)
首次揭示了染色质的核小体结构对组蛋白修饰酶MLL复合物的酶活调控及其分子机制,阐明了组蛋白H2B第120位赖氨酸(H2BK120)的单泛素化修饰对MLL甲基化活性的串扰调控机制(histone crosstalk),并发现了MLL复合物关键组分WDR5蛋白对MLL家族成员活性调控的迥异的分子机理及底物特异性调控机制。(参考链接:Nature | 黄晶课题组揭示核小体结构对组蛋白修饰酶复合物的酶活调控及其分子机制
79. Liu Zhaoyuan., Gu Yaqi., Chakarov Svetoslav., Bleriot Camille., Kwok Immanuel., Chen Xin., Shin Amanda., Huang Weijie., Dress Regine J., Dutertre Charles-Antoine., Schlitzer Andreas., Chen Jinmiao., Ng Lai Guan., Wang Honglin., Liu Zhiduo., Su Bing., Ginhoux Florent., (2019). Fate Mapping via Ms4a3-Expression History Traces Monocyte-Derived Cells., Cell, 178, 1509-1525.e19.(20190905,上海交通大学医学院,Florent Ginhoux、苏冰)
文章通过单核细胞前体特异性的遗传学谱系示踪模型,揭示了单核细胞(monocyte)在骨髓中的发育过程以及成体组织巨噬细胞(Tissue-resident macrophage)的更新过程,解决了长期以来国际免疫学届界关于单核-巨噬细胞来源和更新的争议。(参考链接:Cell丨解决争议!苏冰团队揭示单核-巨噬细胞发育过程
80. Kang Yunlu., Liu Rui., Wu Jing-Xiang., Chen Lei., (2019). Structural insights into the mechanism of human soluble guanylate cyclase., Nature, 574, 206-210.(20190913,北京大学,陈雷)
该工作首次解析了人源sGC在无活力状态及一氧化氮激活状态下的高分辨冷冻电镜结构,并结合突变体活力实验,提出了sGC的工作机制。(参考链接:Nature | 陈雷组揭示一氧化氮受体sGC的工作机制
81. Liu Yang., You Yuling., Lu Zhike., Yang Jiang., Li Panpan., Liu Lun., Xu Henan., Niu Yamei., Cao Xuetao., (2019). N-methyladenosine RNA modification-mediated cellular metabolism rewiring inhibits viral replication., Science, 365, 1171-1176.(20190913,协和,曹雪涛)
揭示了宿主细胞通过抑制m6A去甲基化酶ALKBH5的活性,降低OGDH基因表达和衣康酸的产生,从而抑制病毒复制的机制。该研究提出了宿主可不依赖天然免疫方式而抵御病毒感染的新机制,证明RNA表观遗传与细胞代谢协同抵御病毒感染,为病毒感染性疾病的干预与治疗提供潜在药物靶点。(参考链接:Science | 曹雪涛团队揭示m6A参与宿主细胞代谢重塑应对病毒感染的新机制
82. Wang Cun., Vegna Serena., Jin Haojie., Benedict Bente., Lieftink Cor., Ramirez Christel., de Oliveira Rodrigo Leite., Morris Ben., Gadiot Jules., Wang Wei., du Chatinier Aimée., Wang Liqin., Gao Dongmei., Evers Bastiaan., Jin Guangzhi., Xue Zheng., Schepers Arnout., Jochems Fleur., Sanchez Antonio Mulero., Mainardi Sara., Te Riele Hein., Beijersbergen Roderick L., Qin Wenxin., Akkari Leila., Bernards René., (2019). Inducing and exploiting vulnerabilities for the treatment of liver cancer., Nature, 574, 268-272.(20191003,上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所,覃文新;荷兰癌症研究所,Bernards René、Akkari Leila
该研究通过CRISPR-Cas9基因敲除技术结合高通量化合物筛选,提出先利用肿瘤细胞突变特异诱导肝癌细胞发生衰老、进而清除衰老肿瘤细胞而对正常生长细胞无影响的“One-two punch(组合拳式或分步式)”肝癌精准治疗新策略。(参考链接:专家点评Nature | 覃文新团队与René Bernards实验室合作开发肝癌精准治疗新策略
83. Gao Qiang., Zhu Hongwen., Dong Liangqing., Shi Weiwei., Chen Ran., Song Zhijian., Huang Chen., Li Junqiang., Dong Xiaowei., Zhou Yanting., Liu Qian., Ma Lijie., Wang Xiaoying., Zhou Jian., Liu Yansheng., Boja Emily., Robles Ana I., Ma Weiping., Wang Pei., Li Yize., Ding Li., Wen Bo., Zhang Bing., Rodriguez Henry., Gao Daming., Zhou Hu., Fan Jia., (2019). Integrated Proteogenomic Characterization of HBV-Related Hepatocellular Carcinoma., Cell, 179, 561-577.e22.(20191003,复旦大学附属中山医院、樊嘉;中国科学院上海药物研究所,周虎;中国科学院生物化学与细胞生物学研究所,高大明)
该研究对159例感染HBV的中国HCC病人的肝细胞癌(Chinese HCC patients with HBV infection,CHCC-HBV)和配对癌旁肝组织样本进行了蛋白基因组(proteogenomics)研究,通过检测和整合分析基因突变、拷贝数变异、基因表达谱、蛋白质组及磷酸化蛋白质组等多维度组学数据,较为完整地揭示了肝癌肿瘤细胞的分子特性,全面解析了肝癌的发生和发展机制,为肝癌的精准分型与个体化治疗、疗效监测和预后判断提供了新的思路和策略。(参考链接:Cell | 樊嘉/周虎/高大明团队合作肝癌蛋白基因组研究,全面揭示肝癌发生发展机制和诊断治疗新思路
84. Chen Lei., Swenson Nathan G., Ji Niuniu., Mi Xiangcheng., Ren Haibao., Guo Liangdong., Ma Keping., (2019). Differential soil fungus accumulation and density dependence of trees in a subtropical forest., Science, 366, 124-128. (20191004,中科院植物所,马克平)
首次揭示了不同功能型土壤真菌驱动亚热带森林群落多样性的作用模式,成功破译了亚热带森林生物多样性维持“密码”,提出了基于外生菌根真菌与病原真菌互作过程影响植物生存的物种共存新模式,颠覆了基于病原菌-植物互作的经典物种共存理论。
85. Yu Tianxiong., Koppetsch Birgit S., Pagliarani Sara., Johnston Stephen., Silverstein Noah J., Luban Jeremy., Chappell Keith., Weng Zhiping., Theurkauf William E., (2019). The piRNA Response to Retroviral Invasion of the Koala Genome., Cell, 179, 632-643.e12.(20191017,同济大学,翁志萍)
巧妙地利用了这种在进化上相对“年轻”的KoRV病毒,通过观察其在考拉个体间(水平)及子代间(垂直)转移的差异、多种组学序列数据精细分析,揭示了考拉基因组中piRNA对于逆转录病毒入侵的应答机制。(参考链接:Cell新发现 | 同济大学余天雄等揭露生殖细胞通过piRNA抵御病毒入侵的机制
86. Wu Degang., Dou Jinzhuang., Chai Xiaoran., Bellis Claire., Wilm Andreas., Shih Chih Chuan., Soon Wendy Wei Jia., Bertin Nicolas., Lin Clarabelle Bitong., Khor Chiea Chuen., DeGiorgio Michael., Cheng Shanshan., Bao Li., Karnani Neerja., Hwang William Ying Khee., Davila Sonia., Tan Patrick., Shabbir Asim., Moh Angela., Tan Eng-King., Foo Jia Nee., Goh Liuh Ling., Leong Khai Pang., Foo Roger S Y., Lam Carolyn Su Ping., Richards Arthur Mark., Cheng Ching-Yu., Aung Tin., Wong Tien Yin., Ng Huck Hui.,  SG10K Consortium., Liu Jianjun., Wang Chaolong., (2019). Large-Scale Whole-Genome Sequencing of Three Diverse Asian Populations in Singapore., Cell, 179, 736-749.e15.(20191017,华中科技大学,王超龙;新加坡基因组研究所,刘建军。注:第一完成单位为新加坡基因组研究所)
报道了对2780个新加坡华人,903个马来人,1127个印度人的全基因组测序数据的群体遗传学研究成果。(参考链接:Cell | 王超龙/刘建军合作发表对新加坡三大亚洲人群的全基因组测序研究
87. Zhang Shaowei., Heyes Derren J., Feng Lingling., Sun Wenli., Johannissen Linus O., Liu Huanting., Levy Colin W., Li Xuemei., Yang Ji., Yu Xiaolan., Lin Min., Hardman Samantha J O., Hoeven Robin., Sakuma Michiyo., Hay Sam., Leys David., Rao Zihe., Zhou Aiwu., Cheng Qi., Scrutton Nigel S., (2019). Structural basis for enzymatic photocatalysis in chlorophyll biosynthesis., Nature, 574, 722-725.(20191024,曼彻斯特大学,Scrutton Nigel;中国农业科学院生物技术研究所,程奇;上海交大医学院,周爱武)
次解析了叶绿素生物合成关键酶--LPOR的三维晶体结构,揭开了光合作用终极能量来源的生物学转化“阀门”真实结构,阐明了光驱动酶的结构学基础和光依赖型还原酶的动力学机制,填补了国际上近一百年来光合作用途径中,叶绿素生物合成关键酶的三维结构的空白,具有“里程碑”式的意义。
88. Lu Yan., Zheng Yuping., Coyaud Étienne., Zhang Chao., Selvabaskaran Apiraam., Yu Yuyun., Xu Zizhen., Weng Xialian., Chen Ji Shun., Meng Ying., Warner Neil., Cheng Xiawei., Liu Yangyang., Yao Bingpeng., Hu Hu., Xia Zonping., Muise Aleixo M., Klip Amira., Brumell John H., Girardin Stephen E., Ying Songmin., Fairn Gregory D., Raught Brian.Sun Qiming.Neculai Dante., (2019). Palmitoylation of NOD1 and NOD2 is required for bacterial sensing., Science, 366, 460-467.(20191025,浙江大学,Neculai Dante、孙启明;加拿大University Health Network,Raught Brian;加拿大St. Michael’s Hospital,Fairn Gregory
该文发现NLR家族的两个重要受体蛋白NOD1和NOD2能够在棕榈酰转移酶ZDHHC5的作用下发生棕榈酰化修饰,从而介导细菌性炎症信号通路的发生。
89. Liu Si., Chang Shenghai., Han Binming., Xu Lingyi., Zhang Mingfeng., Zhao Cheng., Yang Wei., Wang Feng., Li Jingyuan., Delpire Eric., Ye Sheng., Bai Xiao-Chen., Guo Jiangtao., (2019). Cryo-EM structures of the human cation-chloride cotransporter KCC1., Science, 366, 505-508.(20191025,浙江大学,郭江涛、李敬源;天津大学,叶升)
解析了人源钾-氯共转运蛋白KCC1 2.9Å的高分辨冷冻电镜结构,揭示了KCC1共转运钾离子和氯离子的分子机理,为相关疾病治疗和药物设计提供了新的视角。
90. Li Zhaoyang., Wang Cen., Wang Ziying., Zhu Chenggang., Li Jie., Sha Tian., Ma Lixiang., Gao Chao., Yang Yi., Sun Yimin., Wang Jian., Sun Xiaoli., Lu Chenqi., Difiglia Marian., Mei Yanai., Ding Chen., Luo Shouqing., Dang Yongjun., Ding Yu., Fei Yiyan., Lu Boxun., (2019). Allele-selective lowering of mutant HTT protein by HTT-LC3 linker compounds., Nature, 575, 203-209.(20191031,复旦大学,鲁伯埙、丁澦、费义艳)
开创性地提出基于自噬小体绑定化合物(ATTEC,Autophagosome Tethering Compounds)的药物研发原创概念,并巧妙地通过基于化合物芯片和前沿光学方法的筛选,发现了特异性降低亨廷顿病致病蛋白的小分子化合物,有望为亨廷顿病的临床治疗带来新曙光。(参考链接:Nature突破丨复旦鲁伯埙/丁澦/费义艳团队合作研发亨廷顿病潜在新药——“明辨忠奸”的小分子胶水
91. Zhang Qiming., He Yao., Luo Nan., Patel Shashank J., Han Yanjie., Gao Ranran., Modak Madhura., Carotta Sebastian., Haslinger Christian., Kind David., Peet Gregory W., Zhong Guojie., Lu Shuangjia., Zhu Weihua., Mao Yilei., Xiao Mengmeng., Bergmann Michael., Hu Xueda., Kerkar Sid P., Vogt Anne B., Pflanz Stefan., Liu Kang., Peng Jirun., Ren Xianwen., Zhang Zemin., (2019). Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma., Cell, 179, 829-845.e20.(20191031,北京大学,张泽民、任仙文;首都医科大学,彭吉润;勃林格殷格翰公司,刘康)
结合10x Genomics和SMART-seq2两种单细胞RNA测序技术,对肝癌患者多个组织的免疫细胞做出了系统性的刻画,分析了免疫细胞动态迁移和状态转化的特征,探索了它们在肝癌治疗上的潜在价值。(参考链接:Cell | 张泽民/任仙文/彭吉润/刘康合作揭示肝癌免疫微环境的动态特征
92. Fan Ke-Qi., Li Yi-Yuan., Wang Hao-Li., Mao Xin-Tao., Guo Jin-Xin., Wang Fei., Huang Ling-Jie., Li Yi-Ning., Ma Xiang-Yu., Gao Zheng-Jun., Chen Wei., Qian Dan-Dan., Xue Wen-Jin., Cao Qian., Zhang Lei., Shen Li., Zhang Long., Tong Chao., Zhong Jiang-Yan., Lu Wei., Lu Ling., Ren Ke-Ming., Zhong Guisheng., Wang Yuan., Tang Mingliang., Feng Xin-Hua., Chai Ren-Jie., Jin Jin., (2019). Stress-Induced Metabolic Disorder in Peripheral CD4 T Cells Leads to Anxiety-like Behavior., Cell, 179, 864-879.e19.(20191031,浙江大学,靳津;东南大学,柴人杰)
该研究成果确定了慢性应激如何影响外周CD4+T细胞的线粒体形态,进而诱导产生的焦虑行为中的分子机制。临床治疗精神疾病的大多数药物直接针对中枢神经系统,如选择性单胺神经递质再摄取抑制剂。这些药物伴随着许多副作用,包括性功能障碍、全身代谢紊乱和持续性高血压等。而靶向其他系统干预精神疾病的药物或治疗手段有限。该工作加深对神经发育、精神疾病与免疫生理功能之间联系的理解,对了解抑郁症和焦虑症的发病机制并开发新的治疗药物具有重要意义。(参考链接:Cell | 靳津/柴人杰合作阐明CD4+ T细胞的嘌呤合成紊乱与压力引发的焦虑症间的重要联系
93. Wang Nan., Zhao Dongming., Wang Jialing., Zhang Yangling., Wang Ming., Gao Yan., Li Fang., Wang Jingfei., Bu Zhigao.Rao Zihe.Wang Xiangxi., (2019). Architecture of African swine fever virus and implications for viral assembly., Science, 366, 640-644.(20191101,中科院生物物理所,王祥喜、饶子和;中国农科院、步志高)
解析了高达4.1埃的ASFV衣壳结构,包括一个主要(p72)和四个次要的衣壳蛋白质(M1249L,p17,p49和H240R),并被组织为pentasymmetrons。这些结构细节揭示了衣壳稳定性和组装的基础,为ASF疫苗开发开辟了新途径。
94. Liu Weirong., Cremer Jonas., Li Dengjin., Hwa Terence., Liu Chenli., (2019). An evolutionarily stable strategy to colonize spatially extended habitats., Nature, 575, 664-668.(20191106,中国科学院深圳先进技术研究院,刘陈立)
作者将空间定植、实验性进化与合成生物技术结合起来,经过5年时间的大量实验反复研究空间迁徙与进化,研究了物种空间定植的进化稳定性策略,为合成生物学、生态学等提供了全新的理论指导和启示。(参考链接:专家点评Nature | 刘陈立/华泰立合作利用迁徙进化实验揭示合成生物建构原理
95. Cheng Shifeng., Xian Wenfei., Fu Yuan., Marin Birger., Keller Jean., Wu Tian., Sun Wenjing., Li Xiuli., Xu Yan., Zhang Yu., Wittek Sebastian., Reder Tanja., Günther Gerd., Gontcharov Andrey., Wang Sibo., Li Linzhou., Liu Xin., Wang Jian., Yang Huanming., Xu Xun., Delaux Pierre-Marc., Melkonian Barbara., Wong Gane Ka-Shu., Melkonian Michael., (2019). Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution., Cell, 179, 1057-1067.e14.(20191114,第一单位为中国农科院深圳农业基因组研究所,程时锋为第一作者;通讯作者为德国科隆大学Melkonian Michael和华大基因Wong Gane Ka-Shu.
证明了双星藻纲早期分化出来的一个新发现的基部陆生生活单细胞绿藻——Spirogloea muscicola,是所有陆地植物最近缘的共同祖先。(参考链接:Cell丨程时锋团队揭示现存陆地植物的共同祖先起源类群
96. Huang Bing., Chen Zhanghua., Geng Lanlan., Wang Jun., Liang Huiying., Cao Yujie., Chen Huan., Huang Wanming., Su Meiling., Wang Hanqing., Xu Yanhui., Liu Yukun., Lu Bingtai., Xian Huifang., Li Huiwen., Li Huilin., Ren Lu., Xie Jing., Ye Liping., Wang Hongli., Zhao Junhong., Chen Peiyu., Zhang Li., Zhao Shanmeizi., Zhang Ting., Xu Banglao., Che Di., Si Wenyue., Gu Xiaoqiong., Zeng Liang., Wang Yong., Li Dingyou., Zhan Yifan., Delfouneso David., Lew Andrew M., Cui Jun., Tang Wai Ho., Zhang Yan., Gong Sitang., Bai Fan., Yang Min., Zhang Yuxia., (2019). Mucosal Profiling of Pediatric-Onset Colitis and IBD Reveals Common Pathogenics and Therapeutic Pathways., Cell, 179, 1160-1176.e24.(20191114,广州医科大学/广州市妇女儿童医疗中心,张玉霞、杨敏、龚四堂;北京大学,白凡)
发现各个类型的PIBD都存在环状AMP(cAMP)信号受损。作者还发现表达PDE4B和TNF巨噬细胞的浸润会显著的降低上皮间T细胞的数量和血小板聚集以及5-羟色胺的释放。作者发现给予磷酸二酯酶抑制剂dipyridamole则能够恢复肠道免疫稳态,缓解肠炎症状。(参考链接:Cell | 中国学者揭示小儿肠炎的“罪魁祸首”——环状AMP(cAMP)信号受损
97. Niu Yuyu., Sun Nianqin., Li Chang., Lei Ying., Huang Zhihao., Wu Jun., Si Chenyang., Dai Xi., Liu Chuanyu., Wei Jingkuan., Liu Longqi., Feng Su., Kang Yu., Si Wei., Wang Hong., Zhang E., Zhao Lu., Li Ziwei., Luo Xi., Cui Guizhong., Peng Guangdun., Izpisúa Belmonte Juan Carlos., Ji Weizhi.Tan Tao., (2019). Dissecting primate early post-implantation development using long-term in vitro embryo culture., Science, 366.(20191115,昆明理工大学灵长类转化医学研究院,季维智、谭韬、牛昱宇)
实现了食蟹猴胚胎体外20天的培养,培养胚胎呈现出了与体内发育胚胎高度一致形态学与基因表达特征。(参考链接:专家点评丨中国学者Science背靠背揭示体外培养的灵长类动物早期胚胎发育图谱
98. Ma Huaixiao., Zhai Jinglei., Wan Haifeng., Jiang Xiangxiang., Wang Xiaoxiao., Wang Lin., Xiang Yunlong., He Xiechao., Zhao Zhen-Ao., Zhao Bo., Zheng Ping.Li Lei.Wang Hongmei., (2019). In vitro culture of cynomolgus monkey embryos beyond early gastrulation., Science, 366,.(20191115,中国科学院动物研究所和中国科学院干细胞与再生医学创新研究院,王红梅、李磊;中国科学院昆明动物研究所,郑萍)
研究人员借助该团队深耕多年建立的非人灵长类动物胚胎体外培养系统,同样能将食蟹猴囊胚体外培养至原肠运动出现,并进一步发育至受精后20天。从形态学、标记分子染色和单细胞转录组等多个角度提供了充分的证据,证明体外发育的食蟹猴胚胎高度重现体内胚胎发育,包括原肠运动在内的多个重要事件;第一次提供了灵长类动物早期胚胎发育过程中羊膜细胞的基因表达特征,并重新定义了多种灵长类动物早期胚胎细胞类型。(参考链接:专家点评丨中国学者Science背靠背揭示体外培养的灵长类动物早期胚胎发育图谱
99. Ye Youpi., Wu Hao., Chen Kangjing., Clapier Cedric R., Verma Naveen., Zhang Wenhao., Deng Haiteng., Cairns Bradley R., Gao Ning.Chen Zhucheng., (2019). Structure of the RSC complex bound to the nucleosome., Science, 366, 838-843.(20191115,清华大学,陈柱成;北京大学,高宁)
该工作解析了RSC-核小体复合物的高分辨冷冻电镜结构(整体分辨率7.1埃,核心区域3.0埃),揭示了RSC复合物对染色质的重塑机理。(参考链接:Science | 陈柱成/高宁等揭示RSC复合物对染色质的重塑机制
100. Zhao Yanyu., Huang Gaoxingyu., Wu Qiurong., Wu Kun., Li Ruiqi., Lei Jianlin., Pan Xiaojing., Yan Nieng., (2019). Cryo-EM structures of apo and antagonist-bound human Ca3.1., Nature, 576, 492-497.(20191125,西湖大学为第一单位,通讯作者为颜宁)
首次解析了人源Cav3家族Cav3.1的高分辨率的apo和结合拮抗剂的分子结构,分辨率分别为3.3 Å和3.1 Å。该工作为对比不同的Cav离子通道的相关分子机制提供了重要的参考,为药物靶点设计和药物筛选提供了参考模板。(参考链接:Nature | 颜宁组解析人源Cav3.1 apo与拮抗剂结合复合物结构
101. Chang Wei-Ling., Wu Hao., Chiu Yu-Kun., Wang Shuo., Jiang Ting-Xin., Luo Zhong-Lai., Lin Yen-Cheng., Li Ang., Hsu Jui-Ting., Huang Heng-Li., Gu How-Jen., Lin Tse-Yu., Yang Shun-Min., Lee Tsung-Tse., Lai Yung-Chi., Lei Mingxing., Shie Ming-You., Yao Cheng-Te., Chen Yi-Wen., Tsai J C., Shieh Shyh-Jou., Hwu Yeu-Kuang., Cheng Hsu-Chen., Tang Pin-Chi., Hung Shih-Chieh., Chen Chih-Feng., Habib Michael., Widelitz Randall B., Wu Ping., Juan Wen-Tau., Chuong Cheng-Ming., (2019). The Making of a Flight Feather: Bio-architectural Principles and Adaptation., Cell, 179, 1409-1423.e17.(20191127,中国台湾中国医科大学,Wen-Tau Juan;南加州大学Chuong Cheng-Ming
揭示了飞行羽毛形成所需的生物结构学原理和适应性。
102. Wang Haibing., Meng Jin., Wang Yuanqing., (2019). Cretaceous fossil reveals a new pattern in mammalian middle ear evolution., Nature, 576, 102-105.(20191127,中科院古脊椎所,王元青)
从一种新发现于辽宁凌源的早白垩世古老哺乳动物——盖氏热河俊兽(Jeholbaatar kielanae)的头颅里,获取到了早期哺乳动物中耳演化的新信息,为研究早期哺乳动物耳区演化提供了直接证据。
103. Chen Xuepeng., Ke Yuwen., Wu Keliang., Zhao Han., Sun Yaoyu., Gao Lei., Liu Zhenbo., Zhang Jingye., Tao Wenrong., Hou Zhenzhen., Liu Hui., Liu Jiang.Chen Zi-Jiang., (2019). Key role for CTCF in establishing chromatin structure in human embryos., Nature, 576, 306-310.(20191205,山东大学,陈子江;中科院北京基因组研究所,刘江)
首次揭示了人类早期胚胎中的染色体三维结构的动态变化,并发现CTCF蛋白对于早期胚胎发育中TAD结构的重要调控功能,为进一步揭示人类胚胎发育奥秘提供宝贵资源。(参考链接:专家点评Nature丨刘江/陈子江合作团队揭示人类精子和胚胎染色体三维结构建立的奥秘
104. Mao Fangyuan., Hu Yaoming., Li Chuankui., Wang Yuanqing., Chase Hill Morgan., Smith K. Andrew., Meng Jin., (2019). Integrated hearing and chewing modules decoupled in a Cretaceous stem therian mammal. Science. (20191206,美国自然历史博物馆,孟津;中科院古脊椎所,毛方园)
通过对采自辽宁热河生物群早白垩世(距今约1.24亿年)基干兽类的李氏源掠兽化石的研究发现,李氏源掠兽完好展现出听觉和咀嚼两个模块在基干兽类中的演化分离特征——听骨与麦氏软骨之间无骨质链接,代表了哺乳动物演化中听觉与咀嚼模块分离的关键节点。
105. Xiang Lifeng., Yin Yu., Zheng Yun., Ma Yanping., Li Yonggang., Zhao Zhigang., Guo Junqiang., Ai Zongyong., Niu Yuyu., Duan Kui., He Jingjing., Ren Shuchao., Wu Dan., Bai Yun., Shang Zhouchun., Dai Xi., Ji Weizhi., Li Tianqing.,(2019). A developmental landscape of 3D-cultured human pre-gastrulation embryos. Nature.(20191212,昆明理工大学灵长类转化研究院,李天晴,季维智)
首次建立人胚胎三维培养系统,绘制了人原肠前胚胎的发育全景图,为研究人着床后的早期胚胎发育建立了重要的研究基础。(参考链接:专家点评Nature | 李天晴/季维智团队绘制原肠前人胚胎的发育全景图谱
106. Tao Panfeng., Sun Jinqiao., Wu Zheming., Wang Shihao., Wang Jun., Li Wanjin., Pan Heling., Bai Renkui., Zhang Jiahui., Wang Ying., Lee Pui Y., Ying Wenjing., Zhou Qinhua., Hou Jia., Wang Wenjie., Sun Bijun., Yang Mi., Liu Danru., Fang Ran., Han Huan., Yang Zhaohui., Huang Xin., Li Haibo., Deuitch Natalie., Zhang Yuan., Dissanayake Dilan., Haude Katrina., McWalter Kirsty., Roadhouse Chelsea., MacKenzie Jennifer J., Laxer Ronald M., Aksentijevich Ivona., Yu Xiaomin., Wang Xiaochuan., Yuan Junying., Zhou Qing.,(2020). A dominant autoinflammatory disease caused by non-cleavable variants of RIPK1. Nature, 577(7788), 109-114. (20191212,浙江大学,周青;哈佛大学医学院,袁钧瑛;复旦大学附属儿科医院,王晓川)
报道了人类RIPK1切割位点变异会阻止caspase-8蛋白酶对其切割,导致细胞凋亡、细胞坏死和炎症信号通路的过度激活,从而引起严重的自身炎症疾病。揭示的发病分子机制指导临床治疗极大的缓解了病人的临床症状。(参考链接:Nature背靠背 | 周青/袁钧英/王晓川/俞晓敏合作揭示RIPK1切割位点变异可导致自身炎症疾病
107. Dai Peng., Wang Xin., Gou Lan-Tao., Li Zhi-Tong., Wen Ze., Chen Zong-Gui., Hua Min-Min., Zhong Ai., Wang Lingbo., Su Haiyang., Wan Huida., Qian Kun., Liao Lujian., Li Jinsong., Tian Bin., Li Dangsheng., Fu Xiang-Dong., Shi Hui-Juan.Zhou Yu.Liu Mo-Fang., (2019). A Translation-Activating Function of MIWI/piRNA during Mouse Spermiogenesis., Cell, 179, 1566-1581.e16.(20191212,中国科学院分子细胞科学卓越创新中心,刘默芳;武汉大学生命科学学院周宇;上海市计划生育科学研究所,施惠娟。)
报道了精子细胞内的MIWI(小鼠PIWI)/piRNA复合体可作为蛋白质生产的调控“机器”,激活小鼠精子细胞中蛋白质的翻译,保障功能性精子的生成,揭示了PIWI/piRNA的一种全新功能。(参考链接:Cell | 刘默芳/周宇/施惠娟合作揭示精子细胞中翻译和蛋白质合成的新调控机制
108. Wu Huijuan., Yu Yuanyuan., Huang Huanwei., Hu Yucheng., Fu Siling., Wang Zheng., Shi Mengting., Zhao Xi., Yuan Jie., Li Jiao., Yang Xueyi., Bin Ennan., Wei Dong., Zhang Hongbin., Zhang Jin., Yang Chun., Cai Tao., Dai Huaping., Chen Jingyu.Tang Nan., (2019). Progressive Pulmonary Fibrosis Is Caused by Elevated Mechanical Tension on Alveolar Stem Cells., Cell(20191219,北京生命科学研究所,汤楠;南京医科大学附属无锡市人民医院,陈静瑜
建立了可以高度模拟IPF的小鼠模型,并进一步阐明:肺泡再生障碍导致肺泡干细胞暴露于持续升高的机械张力,是诱发肺纤维化从肺叶边缘起始并不断向肺中心进行性发展的关键驱动因素(参考链接:Cell | 汤楠/陈静瑜合作揭示特发性肺纤维化发生发展机制。 
109. Zhang Liangsheng., Chen Fei., Zhang Xingtan., Li Zhen., Zhao Yiyong., Lohaus Rolf., Chang Xiaojun., Dong Wei., Ho Simon Y.W., Liu Xing., Song Aixia., Chen Junhao., Guo Wenlei., Wang Zhengjia., Zhuang Yingyu., Wang Haifeng., Chen Xuequn., Hu Juan., Liu Yanhui., Qin Yuan., Wang Kai., Dong Shanshan., Liu Yang., Zhang Shuozhou., Yu Xianxian., Wu Qian., Wang Liangsheng., Yan Xueqing., Jiao Yuannian., Kong Hongzhi., Zhou Xiaofan., Yu Cuiwei., Chen Yuchu., Li Fan., Wang Jihua., Chen Wei., Chen Xinlu., Jia Qidong., Zhang Chi., Jiang Yifan., Zhang Wanbo., Liu Guanhua., Fu Jianyu., Chen Feng., Ma Hong., Van de Peer Yves., Tang Haibao.,(2019).The water lily genome and the early evolution of flowering plants., Nature.(20191218,福建农林大学,张亮生)
获得了蓝星睡莲的高质量基因组。由于睡莲独特的进化位置,其基因组与转录组结果展示了早期被子植物的进化特点和特征;同时解析了睡莲的花器官发育和花香花色调控基因,对园艺植物分子育种等应用具有重要参考价值(参考链接:Nature | 张亮生课题组发表睡莲基因组和早期开花植物进化的重大研究成果
110. Long Haizhen., Zhang Liwei., Lv Mengjie., Wen Zengqi., Zhang Wenhao., Chen Xiulan., Zhang Peitao., Li Tongqing., Chang Luyuan., Jin Caiwei., Wu Guozhao., Wang Xi., Yang Fuquan., Pei Jianfeng., Chen Ping., Margueron Raphael., Deng Haiteng., Zhu Mingzhao.Li Guohong., (2019). H2A.Z facilitates licensing and activation of early replication origins., Nature.(20191225,中科院生物物理所,李国红,朱明昭)
发现组蛋白变体H2A.Z能够通过H2A.Z-SUV420H1-H4K20me2-ORC1通路帮助在染色质上进行复制起始位点的选择,并进一步发现受H2A.Z调控的复制位点相比与其他的复制位点有着更高的复制信号,也更偏向在复制期早期被激活使用。(参考链接:Nature丨李国红/朱明昭合作揭示组蛋白变体H2A.Z对DNA复制起始位点的调控
111. Zhao Ruozhu., Chen Xin., Ma Weiwei., Zhang Jinyu., Guo Jie., Zhong Xiu., Yao Jiacheng., Sun Jiahui., Rubinfien Julian., Zhou Xuyu., Wang Jianbin., Qi Hai., (2019). A GPR174–CCL21 module imparts sexual dimorphism to humoral immunity., Nature. (20191225,清华大学,祁海) 
揭示了体液免疫性别二态性的内在形成新机制,为增强疫苗接种效果、以及针对抗体介导自身免疫疾病的治疗提供了新思路和潜在新靶点。(参考链接:Nature亮点 | 祁海团队发现抗体免疫应答两性差异的新机制


通讯或者第一单位非国内的文章
1. Chen Song-Can., Musat Niculina., Lechtenfeld Oliver J., Paschke Heidrun., Schmidt Matthias., Said Nedal., Popp Denny., Calabrese Federica., Stryhanyuk Hryhoriy., Jaekel Ulrike., Zhu Yong-Guan., Joye Samantha B., Richnow Hans-Hermann., Widdel Friedrich., Musat Florin., (2019). Anaerobic oxidation of ethane by archaea from a marine hydrocarbon seep., Nature, 568, 108-111.(20190328,中国科学院生态环境研究中心,陈松灿。注:第一单位为德国赫尔姆霍兹环境研究)
首次报道了具有乙烷厌氧功能的古菌及其代谢途径。
2. Zhou Wenkun., Lozano-Torres Jose L., Blilou Ikram., Zhang Xiaoyue., Zhai Qingzhe., Smant Geert., Li Chuanyou., Scheres Ben., (2019). A Jasmonate Signaling Network Activates Root Stem Cells and Promotes Regeneration., Cell, 177, 942-956.e14.(20190404,中科院遗传所,周文焜)
该研究阐明了一个JA-ERF109-ERF115-RBR-SCR信号途径,该途径调控根尖干细胞的活化和环境胁迫后组织的再生。(参考链接:BioArt植物:Cell | 周文焜博士等揭示JA信号网络调控根组织再生的分子机制
3. Tian Wang., Hou Congcong., Ren Zhijie., Wang Chao., Zhao Fugeng., Dahlbeck Douglas., Hu Songping., Zhang Liying., Niu Qi., Li Legong., Staskawicz Brian J., Luan Sheng., (2019). A calmodulin-gated calcium channel links pathogen patterns to plant immunity., Nature, 572, 131-135.(20190718,首都师范大学,任志杰)
报道了拟南芥PTI免疫过程中的早期钙信号传导机制。拟南芥CNGC2和CNGC4组合能形成有活性的钙离子通道,在正常状态下此通道由钙调蛋白阻断;当病原菌侵害时,此复合物被上游激酶BIK1磷酸化而激活,引起细胞内钙离子浓度的增加。(参考链接:专家点评Nature | 栾升团队发现植物免疫早期钙信号关键钙离子通道复合物及其活性调控机制
4. Gong Danyang., Dai Xinghong., Jih Jonathan., Liu Yun-Tao., Bi Guo-Qiang., Sun Ren., Zhou Z Hong., (2019). DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV., Cell, 178, 1329-1343.e12.(20190822,中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家研究中心,刘云涛)
报道了肿瘤疱疹病毒KSHV中的DNA包装和衣壳相关的被膜复合物结构。
5. Li Ronghui., Zhong Cuiqing., Yu Yang., Liu Haisong., Sakurai Masahiro., Yu Leqian., Min Zheying., Shi Lei., Wei Yulei., Takahashi Yuta., Liao Hsin-Kai., Qiao Jie., Deng Hongkui., Nuñez-Delicado Estrella., Rodriguez Esteban Concepcion., Wu Jun., Izpisua Belmonte Juan Carlos., (2019). Generation of Blastocyst-like Structures from Mouse Embryonic and Adult Cell Cultures., Cell, 179, 687-702.e18.(20191017,北京大学第三医院,论文共同第一作者于洋)
研究人员首次从单个培养的细胞中制造出小鼠囊胚样结构(Blastoid,类囊胚)。这些培养的“类囊胚”与自然囊胚结构非常类似,甚至可以植入子宫中。类囊胚可以帮助推进胚胎发育相关的研究,以及解释妊娠失败,不育症或一些早期发育对后代健康的影响等问题的机理。(参考链接:Cell亮点 | 首次从单个培养细胞中制造出小鼠囊胚样结构
6. Cao Chen., Lemaire Laurence A., Wang Wei., Yoon Peter H., Choi Yoolim A., Parsons Lance R., Matese John C., Wang Wei., Levine Michael., Chen Kai., (2019). Comprehensive single-cell transcriptome lineages of a proto-vertebrate., Nature, 571, 349-354.(20190711,通讯作者陈凯,现任职昆明理工大学灵长类转化医学研究院)
绘制了首个涵盖从三胚层分化到孵化全过程的脊索动物胚胎发育单细胞转录图谱,并成功构建了包括神经系统在内全部组织类型的细胞分化谱系。揭示了脊索在整个脊索动物门进化过程的中间态,并提出脊椎动物特有的端脑(telencephalon)可能的新进化机制。(参考链接:专家点评Nature | 陈凯博士等报道首个脊索动物完整胚胎发育单细胞转录谱系

国内非研究性文章


1. Li Yougong., Chen Ming., Gong Jilai., Zeng Guangming., (2019). Saving China's onager., Science, 363, 701. (20190215,湖南大学,曾光明)
该文章呼吁保护濒危物种野驴。
2. Lei Ruipeng., Zhai Xiaomei., Zhu Wei., Qiu Renzong., (2019). Reboot ethics governance in China., Nature, 569, 184-186.(20190509,中国社会科学院,邱仁宗;华中科技大学,雷瑞鹏;中国医学科学院和北京协和医学院,翟晓梅;复旦大学,朱伟)
呼吁我国以“基因编辑婴儿”事件为契机加强对医学研究的伦理学监管。(参考链接:Nature聚焦 | 重启中国伦理监管——当今中国伦理审查深刻的反思以及发展建议
3. Wu Yan., Gao George F., (2019). "Breathing" Hemagglutinin Reveals Cryptic Epitopes for Universal Influenza Vaccine Design., Cell, 177, 1086-1088.(20190516,中科院微生物研究所,高福)
作者对同期两篇发表在Cell(参考链接:Cell背靠背 | A型流感病毒新型广谱中和性抗体——靶向血凝素蛋白HA头部结构域三聚体接触面,一篇发表在Cell Host & Microbe杂志的文章进行了评述。这三篇文章报道了隐藏在HA三聚体头部区的新表位,HA分子通过病毒“呼吸”暴露出这类表位,从而使机体产生识别该表位的抗体。然而该类抗体并不具有中和活性,但却对感染不同亚型甲型流感病毒的小鼠具有保护效果。(参考链接:Cell | 高福/吴燕针对流感病毒HA抗原表位相关文章发表评述
4. Li Guanqiao., Jiang Yan., Zhang Linqi., (2019). HIV upsurge in China's students., Science, 364, 711.(20190524,清华大学,张林琦)
描述了我国高校令人担忧的艾滋病毒传播状况。
5. Liu Huinian.,Li Xin., Zhang Chang., (2019). Invest in amphibians and reptiles., Science, 364, 1144.(20190621,湖南大学,李欣)
2019年4月13日下午,中国唯一一只雌性斑鳖在苏州动物园去世,这是目前世界唯一一只确认的雌性斑鳖。该文章认为,中国应加大对两栖动物和爬行动物的保护力度,也应加强国际合作,防止更多濒危的两栖动物和爬行动物走向斑鳖的灭绝之路。
6. Ker Dai Fei Elmer., Yang Yunzhi Peter., (2019). Ruminants: Evolutionary past and future impact., Science, 364, 1130-1131.(20190621,香港中文大学,柯岱飞)
总结了同期由中国发表关于反刍动物的三篇Science文章。
7. Yang Jingnan., Fu Qizi., Wang Dongbo., Liu Xuran., Xu Qiuxiang., (2019). China's highways threaten wild camels., Science, 364, 1242.(20190621,湖南大学,王冬波)
高速公路影响了野生骆驼的生存。
8. Gao Zhihua., Hu Hailan., (2019). Star-like cells spark behavioural hyperactivity in mice., Nature, 571, 43-44.(20190705,浙江大学,胡海岚)
点评了UCLA的Baljit S. Khakh于2019年4月25日发表在Cell杂志上的文章Hyperactivity with Disrupted Attention by Activation of an Astrocyte Synaptogenic Cue。
9. Li Bo., Huang Danlian., Zeng Guangming., Cheng Min., Lai Cui., Zhang Chen., Xu Piao., Xue Wenjing., Hu Xiaohong., (2019). Dugongs under threat., Science, 365, 552.(20190809,湖南大学,曾光明、黄丹莲)
儒艮(海洋中唯一的素食哺乳动物)的生存令人担忧。
10. Xie Xiaoliang Sunney., (2019). Diseases Have No Borders, Neither Should Research!, Cell, 178, 1275-1276.(20190815,北京大学,谢晓亮)
用他的个人经历向我们阐述了“疾病无国界,科研合作促双赢”。(参考链接:谢晓亮Cell 特评丨科研需要世界共谋,正如疾病不分国界
11. Feng Xu., Huang Qihong., She Qunxin., (2019). Crenarchaeal 3D Genome: A Prototypical Chromosome Architecture for Eukaryotes., Cell, 179, 56-58.(20190919,山东大学,佘群新)
评论了同期Takemata等人的文章。
12. Huang Song., Peng Lifang., (2019). Tibetan hot-spring snakes under threat., Science, 366, 193-194.(20191011,安徽师范大学,黄松)
提出在不损害西藏经济发展和福祉的情况下,保护和恢复温泉蛇种群是可行的。
13. Pei Jie., Wang Li., Xu Wenjing., Kurz David J., Geng Jing., Fang Huajun., Guo Xinlei., Niu Zheng., (2019). Recovered Tibetan antelope at risk again., Science, 366, 194.(20191011,中科院遥感与数字地球研究所,牛铮;中科院大学,郭新磊)
观察了卓乃湖溃堤对于藏羚羊种群活动的影响,该研究是地球大数据在动物保护和生态环境监测领域的典型应用,研究成果可以有效服务于科学决策。
14. Yang Li.Yang Bei., Chen Jia., (2019). One Prime for All Editing., Cell, 179, 1448-1450.(20191212,上海科技大学,陈佳;免疫化学研究所,杨贝;中国科学院-马普计算生物学伙伴研究所,杨力)
对哈佛大学David R.Liu教授近期在Nature杂志发表的Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA(详见BioArt报道:专家点评Nature | David Liu再出重磅基因编辑新工具,可实现碱基随意转换与增删)研究进行了系统性介绍,详细解读了新型基因编辑系统Prime Editing的工作原理,并展望了该领域未来的发展方向(详见BioArt报道:Cell点评 | 陈佳/杨贝/杨力点评并展望基因编辑领域新方向
制版人:珂

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