Epigenetics表观遗传学

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Make Decision: DNA甲基化检测方法,哪一款适合你?

Sequencing)。首先针对特定的区域设计引物,随后用限制性内切酶消化基因组DNA,接着用重亚硫酸盐处理,PCR,挑克隆测序。这里推荐一些引物设计过程中可能需要用到的软件或网址,包括如何寻找
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生信一瞥 | 表观遗传学常用工具及数据库简介

的,如果你没有统计学、信息学和数学的基础,是没有办法把这些海量的数据筛成你感兴趣的部分的,所以这个部分是必要的。除了筛选数据,还有就是我们怎么评价获得的数据?举个很简单的一个例子,我们拿样本去公司做
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表观遗传学习小组成员招募,一起来玩吧~

前几天,在整理资料时偶然翻到几篇关于「表观遗传的遗传」的文献。回想一下,我已经在公众号上发布了不少关于这个主题的推文,角度不同而已。但比较遗憾的是,一直缺乏一个全局的视角。突然想到
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当我们在讨论表观遗传的遗传时,我们究竟在讨论什么?(2万字长文)

甲基化恢复机制在细胞中,很多都是动态变化的过程,在不同酶的作用下,仍然能够保证有些基因的启动子区域没有甲基化,有些是有甲基化的,这里边有很多原因,我在这里举一两个例子,这个是跟组蛋白修饰是有关系的。
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深读 | 给 DNA 甲基化检测装上 GPS,看肿瘤细胞如何变花样

甲基化模式和基因表达情况,发现肝细胞特异性的基因表达显著降低,而肺细胞特异性的基因表达上调,我们认为肝细胞身份丢失和肺细胞身份的获得是肝癌发生肺转移的重要原因。在肝癌发生和转移过程中,伴随异常的
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DNA 复制过程中,组蛋白如何复制?核小体如何重组?组蛋白修饰如何遗传?

链时,无论在前导链还是后随链,成熟速率总是更慢。因为这与转录的方向一致,更慢成熟的拷贝从前进中的复制叉的反方向转录,作者认为存在一种可能抑制从这个基因拷贝转录的机制,进而避免复制和转录机器的冲突。
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哪些组蛋白修饰可遗传?

总的来说,一旦启动因子撤离以后,染色质通过某种机制回到致密压缩状态,这种压缩状态的染色质,必须包含可以传递这种抑制性的染色质状态到子细胞的信息,这种精准的遗传可以维持细胞谱系中基因表达的完整性。
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细胞大爆炸与返祖

和同事们在更大的衣藻细胞中执行相同的定向选择条件,再次看到了克隆的迅速合并。但人们质疑,实验条件下的人为筛选是非自然的,并不能很好地模拟现实环境因而其现实意义有限,为了回应这种质疑,Ratcliff
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细胞受伤后,如何重新找回自己?

敲低后,不能恢复正常的转录。这也是可以理解的,正常情况下你给一定的刺激,经过一定的时间细胞是可以恢复的,但是你要是釜底抽薪,那细胞就没救了。关键是看你抽的是哪一根“薪”,很显然,HIRA
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争鸣:记忆 T 细胞的前世今生

细胞另外一个神奇的地方在于,当他干掉敌人后,他还会记住敌人,下次当有类似的敌人入侵时,就可以快速地消灭敌人,而这正是通过接种牛痘对抗天花的奥秘所在。为了以示区分,直接发挥杀伤作用的
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Science封面:200年后,科学怪人的影子依然挥之不去

年,一些研究者将人们对于恐怖电影的强烈的恐惧反应与基因变异联系起来。[12]弗兰肯法律(Frankenlaws):一种由于失控的弗兰肯斯坦技术的应用而导致的对隐私和认知自由的危险性的入侵。(a
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学习笔记 | R 语言绘制热图的 10 种方法

里面有很多可处理纷繁复杂任务的包(packages),包里面又有若干执行具体功能的函数(functions),而每一个函数里面又有大量可调节的参数(parameters)。R
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细胞如何不忘初心?

世界上很多理所当然的事情,都有其内在的根源。大千世界,“变”是永恒的的主题(唯一不变的就是变),构成生命体的细胞也是一样,在有丝分裂过程中,必须维持“变”与“不变”的平衡。当这种平衡被打乱,细胞身份将难以维持,要么发生万分之一概率的细胞重编程,要么细胞身份紊乱进而步入病变甚至癌变的不归路。一个肝细胞在有丝分裂后变成两个肝细胞,并不是想象的那么简单,正是“变”与“不变”博弈的结果。变化是生命的本质属性,不变是生命存在的前提生命如此多元,小到细菌、蚂蚁,大到人类、鲸鱼,它们共同构成了这个多姿多彩的世界。生命的本质属性是什么?有人说,生命的本质属性是变化。对于我们人类这种多细胞生物而言,在时间的维度上,我们从受精卵到个体(从
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Epiview | 超详细的「4D 核体计划」解读

的复制和染色体的分离)间关系的分子机制。我们知识间的鸿沟可以通过高度协同、多学科和整合的方式填补,其中需要擅长成像、基因组学、计算机科学以及物理学的课题组之间通力合作,优势互补,研究同一细胞体系。
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​Epiview深度解读 | Nature: 哺乳动物中 RNA editing 动态图谱及调控

个高度保守的位点,这种差异主要通过组织差异解释。当只对高度保守的位点进行主成分分析时,观察到了也通过组织类型的区分。同时实验证实,通过物种的区分并不是由于个体间的差异或者测量的限制而导致的。
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回顾 | 第五届谈家桢国际遗传学论坛暨第二届国际表观基因组学研讨会在复旦大学圆满召开!

8:30,大会执行主席、复旦大学生命科学学院院长林鑫华教授代表大会组委会和复旦大学生命科学学院对世界各地的参会者的到来表示热烈欢迎,并祝愿各位参会者在复旦能够收获新知,并留下一段美好的学习回忆。
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Epiview解读 | 创伤后应激障碍(PTSD)及其表观遗传学

战争、自然灾害自始至终如幽灵般萦绕着我们。那些在抗日战争中九死一生的战士、充当“性奴隶”的“慰安妇”,那些在南京大屠杀中从鬼门关逃出的国民,那些在唐山大地震、汶川地震、玉树地震中幸存的民众,那些抢在地震、火灾、泥石流等特大灾难救援一线的官兵……幸运的是,他/她们活了下来。不幸的是,即使在多年以后,那些恐怖的画面依然挥之不去,在午夜将他/她们从噩梦中惊醒。PTSD创伤后应激障碍(PTSD,post‐traumatic
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表观遗传小白逆袭之道:从这 19 个视频开始吧!

表观遗传学最新进展,表观遗传学最新技术展示,表观遗传学研究相关产品应用,表观遗传学相关会议以及表观遗传学领域的风云人物介绍
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表观遗传系列视频19 | NIH Fred Tyson:表观基因组学研究的现状与展望

月,「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者,为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续
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表观遗传系列视频18 | 冷泉港 Thomas Gingeras:循环 RNA (外泌体)

月,「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者,为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续
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表观遗传系列视频17 | Penn State 岳峰:ENCODE & Roadmap workshop(附PPT)

月,「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者,为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续
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表观遗传系列视频16 | 冷泉港 Thomas Gingeras:非编码 RNA 及其功能

月,「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者,为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续
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表观遗传系列视频15 | 同济大学张勇:ChIP-seq及DNA甲基化分析策略(附PPT)

期刊编辑委员会成员、中国细胞生物学学会功能基因组学与系统生物学分会委员、中国遗传学会青年委员会委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、中国细胞生物学学会染色质生物学分会委员。
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表观遗传系列视频14 | Penn State 岳峰:增强子与基因表达调控

期演讲嘉宾为药明康德的陈云弟博士,但由于陈博士的演讲涉及商业内容,不对外公开,敬请谅解。此后的视频编号都向前挪动,其他系列视频将陆续发布,敬请持续关注。
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表观遗传系列视频13 | 复旦倪挺:表观遗传调控与基因剪接(附PPT)

细胞活化为研究体系,结合高通量测序、分子生物学和生物信息学等手段研究复杂而多样化的转录组调控,特别是选择性转录起始、反义转录本、内含子保留和选择性多聚腺苷酸化这几种重要
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表观遗传系列视频12 | 中科院杨力:环形RNA及其动态调控

的复杂调控网络。将利用实验(包括新一代高通量测序,分子和细胞生物学等)和计算(包括统计、生物信息等)生物学的方法进行系统研究,以期拓展我们在全转录组水平对
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表观遗传系列视频11 | 中科院杨运桂:RNA修饰的表观遗传学

可逆化学修饰及建立其高通量测序和分析技术体系,解析其修饰酶包括编码器、读码器及解码器等重要蛋白,阐明其作用和调控规律及对生理稳态和病理发生关联机制。
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表观遗传系列视频10 | 中科院汪海林:DNA损伤修复的表观遗传学及DNA 6mA的动态调控

月,「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者,为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续
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表观遗传系列视频9 | 复旦于文强:细胞核内 miRNA 的功能与疾病

月,「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者,为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续
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表观遗传系列视频8 | 复旦李伟:表观遗传学常用软件及网站资源介绍(附PPT)

月,「表观基因组学暑期国际讲习班」于复旦大学召开。大会邀请了国内外表观基因组学顶尖的学者,为学员们分享表观基因组学的最新进展。讲习班持续
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Epiview深度解读 | Science : circRNA在大脑中的潜在功能!

的表达下调是转录后(post-transcriptional)的。区分转录后和共转录(co-transcriptional)过程是分子生物学非常重要和本质的问题。测序结果显示,miR-7
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表观系列视频7 | 复旦马端:环境表观遗传学

表观遗传学最新进展,表观遗传学最新技术展示,表观遗传学研究相关产品应用,表观遗传学相关会议以及表观遗传学领域的风云人物介绍
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Epiview强烈推荐:超全的二代测序文库构建方法集合(文末有彩蛋)

Structure:一共包含5种方法,分别为SHAPE-Seq、PARS/dsRNA-Seq、FRAG-Seq、CapSeq、CIP-TAP。SHAPE-Seq如下:
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Epiview深度解读 | Science:“点击化学”助攻表观遗传药物的临床前评估

本文既是一篇方法学的文章,又是一篇概念验证性(proof-of-concept)文章。通过新的方法,来验证此前提出的概念。方法原理前面已经介绍完了,那么本文验证了哪些概念呢?
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Epiview深度解读 | 石破天惊:历史上首次揭示原位染色质3D结构,并不像我们设想的那样有序!

除了细胞分裂间期,作者还研究了有丝分裂过程。染色质的初级结构在有丝分裂过程中并没有改变,这有助于揭示解释染色质压缩过程的快速动态调控,以及如何通过细胞分裂将表观遗传的相互作用和结构传递给子细胞。
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报名提醒 | 第二届国际表观基因组学研讨会「早鸟票」即将截至,抓紧优惠报名吧~

为促进表观遗传学领域的国际学术交流与合作,推动基础生物学和转化医学研究进程,第五届谈家桢国际遗传学论坛暨第二届国际表观基因组学研讨会将于
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系列视频6 | 港科大 Danny Leung:表观基因组学与胚胎发育(附PPT)

月于复旦大学召开的表观基因组学暑期国际讲习班的课程视频,供感兴趣的同仁学习。系列视频将在本平台(Epiview)陆续发布,敬请持续关注。
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系列视频5 | 清华颉伟:表观遗传的遗传与重编程(附PPT)

月于复旦大学召开的表观基因组学暑期国际讲习班的课程视频,供感兴趣的同仁学习。系列视频将在本平台(Epiview)陆续发布,敬请持续关注。
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系列视频4 | 北大肿瘤医院 邓大君:表观基因组学与肿瘤发生发展和转移

ONE》、《中华预防医学杂志》等杂志编委。先后承担国家863、973、科技攻关、国家自然科学基金、北京市和卫生部等科研课题40余项。获得国家和北京市科技进步奖7项,先后在《Nucleic
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系列视频3 | 北大 伊成器:表观基因组动态调控与机制(附PPT)

月于复旦大学召开的表观基因组学暑期国际讲习班的课程视频,供感兴趣的同仁学习。系列视频将在本平台(Epiview)陆续发布,敬请持续关注。
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系列视频2 | UCSD 任兵教授:表观基因组学及其方法(附PPT)

月暑期国际讲习班的课程视频,将在本平台(Epiview)陆续发布,敬请持续关注。【特别声明:本系列视频版权归复旦大学表观基因组学暑期国际讲习班组委会所有,不得用于任何商业用途。侵权必究】
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系列视频1 | UCSD 任兵教授:3D基因组及其应用 (附PPT)

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哈佛庄小威:揭示生命中不可见的奥秘

多年以前,是我们组和其他组同时想到了这么一个方法。我们能够通过第四维把图像分开,所谓的第四维就是在时间上。因为这些图像在空间上是重叠的,如果我们不让它在时间上也同时出现的话,那么它就分开了。
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嗅觉异常:帕金森症和阿尔兹海默症的预警信号!

对于研究者而言,或许应该考虑将「嗅觉测试」添加到大样本的阿尔兹海默症相关研究中来。此外,还可以对比嗅觉测试的结果以及更烧钱的脑扫描和脊椎穿刺等侵入性操作得到的结果,以得到更客观的证据。
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Science: ATP 的新功能——生物助溶剂

还会让蛋白变得更加稳定。作者设计了一个非常有意思的实验:去鸡蛋白,在60℃的水浴中放置,向体系中分别加入两性(兼具亲水性和疏水性)小分子二甲苯磺酸钠(sodiumxylene
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转录因子:阅读遗传信息的书签!(一)

比作一本写满文字的书,转录即阅读。试想一下,当你想要把书本从图书馆借回家,你需要进行的第一步操作就是关上书本。如果你希望下一次接着阅读,那么你可能需要插入书签。DNA
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报名 | 表观基因组学的顶级盛会,大牛云集,就等你来!(内附彩蛋)

分钟留给青年学者!青年学者需提交【摘要】到组委会,组委会将组织专家筛选出符合会议主题的高质量报告。入选的青年学者也需按照正常途径注册。
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COSMIC:最大的【癌症基因突变】的数据库

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讨论:科学难道也有国界吗?我们该如何应对!

正如于文强教授说的:每一个科研工作者都有被科学难题折磨过、被编辑和审稿人虐过的经历。没有最囧,只有更囧!但科学就是科学,科学虐我千百遍,我待科学如初恋,谁叫你喜欢呢?明知是个坑,还是要跳!
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3篇Science:表观遗传信息如何传递给后代?

就在今天!Science上发表了3篇关于【表观遗传信息跨代传递机制】的论文,其中1篇Article、2篇Letter,而且比较震惊的是,其中两篇论文的作者只有2人,另外一篇作者也才3人!其中霍华德休斯医学研究所(哈佛为共同单位)一篇,哥伦比亚大学一篇,马普所一篇。除了这3篇论文,同期还刊发了一篇Perspectives,小编对这篇Perspectives进行了翻译,可快速了解这3篇文章的核心观点。在生物体中,几乎全部的细胞含有相同的遗传物质(生殖细胞含有减半的遗传物质),但在特定类型的细胞中,只有特定的基因群表达。DNA缠绕在组蛋白八聚体上形成染色质的基本单元核小体。在发育和细胞分化过程中,组蛋白的特定氨基酸残基上发生甲基化、乙酰化或磷酸化修饰。不同的修饰与基因激活或沉默相关。抑制基因表达的组蛋白修饰包括组蛋白H3K9me2/3或H3K27me3。这些组蛋白甲基转移酶通过蛋白或RNA招募到DNA,作用在两侧的核小体,产生抑制结构域。这些区域被称作异染色质或多梳蛋白结构域(Polycomb