是指定居于特定生物生态位的微生物，包括其基因组含量和代谢产物。现在普遍认为微生物群与宿主息息相关，如果微生物群的生态系统失衡将对宿主不利。目前研究微生物组学的主要方法有：(i)

的发病之间的关系：1.儿童含有某种病毒阳性的样本数；2.儿童在早期（3-6月）某病毒是否为阳性；3.儿童是否存在某病毒连续阳性样本的情况（图1def）。从结果中发现，EV-A

CRC不同的临床阶段的肠道病毒性失衡。4肠道病毒与CRC预后的关联将22个病毒标记物按照重要性降序排序，然后逐一增加病毒标记物构建随机生存森林（RSF）模型，依据C-index

和净相关）调整混杂因子。真实数据集中中存在多种类型相关性（线性，非线性和无相关性）。除了MIC，其他现存分析方法都只能捕获线性或单调相关性。GRaMM

种)，和大量未分类的物种，因此微生物代谢途径则更加普遍存在。还发现代谢途径普遍性与检测到的物种数量密切相关，即存在于最多物种中的途径也是高丰度的代谢途径，同时，成对比较没有关系的样品时发现平均共享

以上的代谢物的群体代谢趋势。在珊瑚、人类阴道、鼠肠道中的扩增子数据上的应用，展示了该模型在扩增子数据中也能良好应用。同时还提供了预期性能分数以指导模型在新样本中的应用。Keywords:

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C-反应蛋白（HSCRP）和异生素诱导的免疫信号。本研究揭示了在健康或疾病期间，葡萄糖失调和健康个体的通路和反应。提供开放的数据资源，可以进一步研究健康，糖尿病前期和

丰度高于非酒精性脂肪肝患者（多是胰岛素耐受）。总之，胰岛素耐受与更高的免疫反应、脂代谢的变化相关，可能导致胰岛素耐受患者对其他应激压力反应受损。3呼吸道病毒感染相关的通路为了更好的理解在

彼此强相关并且和“葡萄糖稳态”途径也强相关（图7d,e）。虽然这两项指标有许多共同关联，特别是代谢产物，包括脂类（游离脂肪酸和总甘油三酯水平（TGL））和氨基酸，如前已有的文献报道，许多分析物仅与

标记的乳酸（图4.cd）；但是没有发现丙酸，可能是由于时间过短而肠道微生物来不及代谢所致。该实验说明了运动产生的乳酸能透过肠道屏障进入肠腔，上述的培养基质谱分析证明了

1F）。为了追踪微生物的补充过程，前一个时间点的牙菌斑和唾液样本是预测后一个时间点微生物操作分类学单元起源的潜在来源。作者发现，微生物从唾液转变为牙菌斑的过程主要发生在第

文献速递肠道微生物群可以通过菌群-肠-脑（MGB）轴调节脑功能和行为。本研究发现，与健康人（HCs）相比，药物治疗和非药物治疗的精神分裂症患者（SCZ）的肠道微生物组的

多样性降低，优势菌转变为乳杆菌。这种变化发生在妊娠早期，遵循可预测的模式，与微生物组的代谢能力的简化相关，并且仅在非洲或西班牙裔血统的女性中表现显著。图

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A）在回肠和直肠样本中，人的差异表达基因，以及与表型和免疫通路的对应关系；B）宿主-微生物交互作用中相关的4个基因在不同组别和取样部位中的表达量情况；C）十种测量量的显著关联网络M菌

mice（GMF）进行实验研究，分别接种母亲及其婴儿的粪便，发现母亲患者肠道菌群能影响子代适应性免疫系统。Keywords:

岁之间的受试者，进行了详细的心脏代谢表型分析，包括评估颈动脉斑块和测量皮下和内脏脂肪组织和肝脏脂肪含量。队列纳入要求比较严格，排除各种手术史、用药史和近期心脏事件。图

项目的发展，尤其是在21世纪初。研究肠道微生物的新方法为我们理解肠道微生物在人类生物学中的作用做出了重大的贡献，例如在疾病等方面。另一个重要的进展则是认识到一些宿主疾病表型与肠道微生物群有关。DNA

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γ-氨基丁酸（GABA）在抑郁中的潜在作用。本研究揭示了微生物组和心理健康的关联，提供了一定规模的人群证据，同时强调了混杂因子对本研究的重要性。Keywords:

是肠降血糖素，通过增强胰岛素的分泌以葡萄糖依赖性方式降低血糖水平。TMA，trimethylamine，三甲胺。TMAO，trimethylamine-N-oxide，三甲胺-N-氧化物/

对人体应该是有益的，可能在能量平衡和代谢嗜血杆菌上发挥作用。与血浆丁酸盐一样，验证队列中未测量血浆丙酸盐水平。有必要进一步研究探讨粪便丙酸水平与

Abstract肠道微生物和各种各样的心理疾病的病理生理学相关。临床前研究提供了肠道微生物组影响双向的肠-脑交流机制的重要观点。肠-脑轴交流机制涉及许多信号通路：下丘脑-垂体-肾上腺轴，免疫调节，色氨酸和

【一作解读】1520个人肠道单细菌参考基因组，助力菌群研究Cell

2019-02-111研究背景已知人肠道微生物与人体的健康联系紧密；得益于技术发展，鸟枪法宏基因组的研究能揭示肠道微生物的分类组成及其功能。目前大部分的研究都是基于数据集完成的，例如

Abstract结肠微生物群的失衡可能是许多人类疾病的原因，但是维持其稳态的机制尚不清楚。最近的研究见解表明结肠细胞代谢起到控制开关的作用以调节群落稳态与失衡的变化。在稳态期间，结肠细胞代谢指向氧化磷酸化，导致高水平的上皮氧气消耗。上皮缺氧有助于维持专性厌氧细菌占主导位置的微生物群落，专性厌氧细菌可以通过将纤维转变为宿主能够吸收的发酵产物而提供益处。而改变结肠上皮代谢的疾病可以增加上皮的氧合作用，因此驱动兼性厌氧细菌的扩增，这是结肠中生态失调的标志。肠道病原体破坏结肠细胞代谢以逃避肠道微生物提供的生态位保护。通过代谢重编程恢复结肠细胞缺氧的逆向策略代表了一种新的有前景的治疗策略，用于在广泛的人类疾病中重新平衡结肠微生物群。01左图：在稳态期间，专性厌氧细菌将纤维转化为发酵产物（丁酸）以维持上皮高水平氧气消耗的代谢状态。这种分化的结肠细胞（C2）的代谢极化维持上皮的缺氧状态以限制扩散到肠腔的氧气（O2）数量。右图：终末分化的结肠细胞的代谢重定向倾向于低水平的氧气消耗，增加了从上皮表面产生的呼吸电子受体（O2

了解哪些物种在人类胃肠道微生物群中是最为普遍的。作者推断，那些在许多个体样本中高度流行的物种可能在人类生物学中发挥重要作用，应该进一步深入研究。本研究识别了

2019-1-241研究背景缺乏可靠的参考基因组一直是宏基因组分析中的巨大挑战，本文通过细致的生物信息学方法，配合实验验证，得到了一个适合人类宏基因组分析的参考基因组。2研究思路样本来源于

CGR，直到可培养的肠道细菌的基因组达到饱和，在此之后，单细胞测序可以用来研究不可培养细菌的基因组，总体目标是构建一组饱和的肠道菌群参考基因组，从而更好地理解肠道菌群生物学。本文应用

propionate）可以在抑制胰岛素受体底物（IRS）功能后通过阻断胰岛素受体信号传导通路促进胰岛素抵抗的发生，这是由

无监督主成分分析（PCA）和监督冗余分析（RDA）均显示肠道的真菌微生态（mycobiome）能将病人和健康人分成显著差异的两簇（图1AB）。真菌丰度的RDA结果中能观察到健康人、CRC

organisms.02肠道微生物群产生的短链脂肪酸通过以下途径发挥其心血管作用：通过促进粘液产生间接改善肠道屏障功能；在肾脏肾小球旁器（JGA）和外周血管系统中激活嗅觉受体

NACHT，LRR和PYD结构域的蛋白质；PI3Ks：磷酸肌醇3-激酶；ROS：活性氧；STAT3：信号转导和转录激活因子3；T3SS：3型分泌系统；TLR：Toll样受体。参考文献-01-1.

这些改变促进了微生物生态失调的发生（牙周微生物群在数量和组成上发生改变）。炎症组织遭到破坏后，龈沟液（GCF）的流量增加，导致降解的胶原蛋白和含有血红素的化合物带入牙龈缝隙。具有铁获取能力的蛋白水解

转化为三甲胺-N-氧化物（TMAO）。然后，TMAO可以通过组织特异性或细胞类型特异性重编程来促进动脉粥样硬化，血栓形成，心力衰竭，胰岛素耐受和肾脏疾病。通过未知受体介导的感受机制（图中表示为

分泌系统直接杀死与它们竞争的共生菌。病原菌诱导的炎症会导致上皮细胞更新增加，提供选择性促进病原菌生长的营养素。而且，病原菌可以定位于上皮细胞相关的生态位

的相互作用。虚线表示系统性的影响。CCL2，CC-趋化因子配体2;

传递，亦有相对较少的细菌属为二者的混合传递策略。传递方式与细菌的系统发育有关。芽孢杆菌纲，梭菌纲和拟杆菌纲三个细菌纲在属水平的TM评分均值有显著差异

》的结果显示，大部分长双歧杆菌都含有人乳寡糖（HMO）基因簇，在断奶之后，大部分长双歧杆菌都失去了这些基因。这可能反映了长双歧杆菌的两个亚型可以利用哺乳动物寡糖和植物寡糖的能力。在断奶之后，能将

的相关基因在母乳喂养期间，在个体中普遍存在及其丰度较高，断奶后减少甚至消失。说明具有益生元功能的母乳是决定婴儿肠道微生物群组成的主要因素之一。图

分析差异物种分别与吸烟剂量和戒烟时长的关系研究者进一步分析三个纲水平的差异物种与每天吸烟剂量和戒烟时长的关系。结果发现，随着每天吸烟剂量的增大，三个物种（Betaproteobacteria，

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04文章速递作者为了研究在发生心肌梗死后（Post-Infarction），肠道微生物在心肌修复中的作用，首先，C57BL/6J小鼠用抗生素（Antibiotics,

M菌·图说微生物相关的（metaorganismal）三甲胺-N-氧化物作为心血管疾病的驱动因素饮食中的胆碱，磷脂酰胆碱，肉毒碱，γ-丁基甜菜碱和其他的可能含三甲胺的营养物质为肠道微生物介导的三甲胺（TMA）产生提供了底物。几种不同肠道微生物的酶复合物（胆碱

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该文是一篇探索肠道微生物对疾病发生机制研究的经典文献，先采用代谢组和宏基因组关联分析的方法进行了探索研究，然后进行了体外体内生化验证、粪便移植的正向验证和抗生素处理的反向验证。参考文献Zhao