杭州都市的发展，以南宋定都临安（杭州）而达到登峰造极。入元以后，杭州仍不失为东南一大都会。史学家认为，马可波罗于元初描绘杭州是“世上最美丽华贵之城”不过是南宋繁华的“余晖”。以佛教来说，比之于前朝，汉地佛教特别是南宋行都杭城的佛教只是处于挣扎图存状态。
元世祖忽必烈入主中原后，就标榜文治，崇尚儒学。为了笼络民心，对各种宗教流派都一视同仁，提倡释、道、儒、也里可温（基督教）、答失蛮（伊斯兰教）等并立，兼收并容，任其传播。当时杭城的崇恩演福寺（俗称南天竺寺）一度在名僧清古、源泽、云梦等住持护法、弘传禅宗情况下曾有起色，人称“教海”。但为时不久，进行歧视汉地禅宗，重用的佛徒大多是蒙藏僧人（俗称番僧），并让他们参与政治。如加封八思巴为国师，“其弟子之号司空司徒、封国公者，前后相望。怙势恣睢，气焰熏灼，为害不可胜言”（《新元史·释老传》）。同时也以征南有功，封藏僧杨链真伽为“江南释教总统”，加强江南佛教的控制和管理。而杨链真伽在江南杀害人民，无恶不作。在杭州、绍兴等地发掘宋陵和大臣陵墓一百零一处，盗取大师殉葬财宝，并在大内遗址上建“镇南塔”以镇压宋帝诸陵遗骨。由于四圣延祥观、西太乙宫供奉宋代历朝帝后画像，他又摧毁这些宫观，“屑像为香，断缨为珠。从此旧美荒落矣”（《西湖游览志》）。对此引起杭州僧人极大愤慨。西湖天竺的僧人温日观大骂杨链真伽为“掘坟贼”，由此被下狱，遭棰楚，但他宁死不屈，大骂不止。
由于元代奉行佛教密宗，与南方禅宗格格不入；在此情况下，佛教内部也出现纷争。至元二十五年（1288），教家少数佛徒向元帝大毁禅宗，意欲灭禅，激起禅宗佛徒不满。时径山高僧云峰妙高邀约其他禅僧联袂赴京，面见元世祖忽必烈为禅宗辩护。元世祖集徒于殿廷，命教僧仙林与之辩论，云峰妙高慷慨陈词，对答如流。
问禅以何为宗？答禅者也，净智妙圆，体本空寂，非“见、闻、觉、知”之可知，非思量分别之所可解。问禅宗之宗裔可说欤？答禅之宗裔，始于释迦，世尊在灵山会上拈起一枝金色菠萝花，普示大众，惟迦叶微笑。世尊云：“吾有正法眼藏，涅槃妙心，分付迦叶”。由此，历代佛祖授受，而至菩提达摩。达摩望此东震旦国有大乘根器，航海而来，不立文字，直指人心，见性成佛，是为禅宗也。
禅与教本一体也，如百千异流同归于海而无异味，犹如陛下坐镇山河，天下一统，四夷八蛮，随方而至，必从顺承门而入，到得黄金殿上，亲睹金颜，方可谓之到家。若是教家，只依着文字，言语不达玄旨，犹是顺承门外人；若是禅家，虽坐破六、七个蒲团，未得悟证，亦是顺承门外人。谓之到家，俱未也。是则习教者必须达玄旨，习禅者必须悟自心。如臣等今日亲登黄金殿，面睹金颜一番，方可称到家人也。元世祖闻后惊叹不已，连连称善，并赐以食禄皇饷。妙高拒受辞别南归。（《佛祖道载》）元始祖统一全国后，元军和官府在杭城管制甚严，各户门首要挂户口牲畜名牌，每隔一里要挂警板，全城桥上派兵守卫，过时不熄灯要课以罚款，致使寺庙香火冷落，僧众互不往来。当时杭州的一些名僧对异族统治也采取消极抵制态度。净慈寺的晦机元熙（其兄随文天祥起兵抗元战死），就拒绝杨链真伽邀请去育王寺取回舍利，而径自回江西探母。净慈寺一些名僧还相约“誓不历职”，不与朝廷合作。灵隐寺名僧竹泉法林在元惠宗赐其金襕衣时，他竟出走云游会稽山中，经一再催请才勉强回杭，不久就退居幻庵闭门修行。
由于众多名僧对元王朝元而避之，于是杭城佛教重心随之远离城市，转向浙西山区，其中最有影响的就是“四峰”：
云峰妙高（1219-1293）
高峰原妙（1238-1295）
中峰明本（1263-1323）
孤峰明德（1293-1372）
这“四峰”大多出自净慈。云峰宋末时曾与教家辩论，重振禅宗，入元后即迁住径山，不涉世事。孤峰则遍历名山，不畏艰险，不愿出山。高峰于元初上西天目狮子岩垒石为室，“涧饮木食，苦志修行”，三十余年“立死关”再不下山。中峰四次拒绝朝廷邀住名山，甚至朝廷下令召见，他或托病，或避去他地；最后元英宗派使臣上山宣谕“皇恩”，给予封赏，他毫不在意。而高峰、中峰在西天目专修净土，弘扬临济，继净慈寺圆照宗本、大通善本后，中峰明本承上启下，“虽弘禅宗，偏赞净土”，这“三本”为元末的楚石梵琦进一步将禅宗的自禅性与净土的念佛法门结合一体奠定了基础。特别是中峰明本的受度弟子难以数计，名扬海内外，时人尊高峰为“高峰古佛”，尊中峰为“江南古佛”。在他们的影响下，灵隐等名刹的千岩元长等也都纷纷上东西天目。
对于寺院整修，除元初朝廷有所支持外，都由寺僧募化自理。从此，如惠因寺、径山寺等再也无力修缮。灵隐寺觉皇殿修了多年才勉强告成。元至正年间，又两度毁于兵火，经该寺僧人全力重建，勉强修成了方丈室和伽蓝堂。净慈寺由三代住持苦心经营，最终仍然难以复原。故名儒徐一夔在访南天竺寺如玘法师《宿夕佳楼》诗中哀叹云：元至元十四年（1277），民间失火，殃及宋宫。据徐一夔《宋行宫考》所载：“至元十四年，民间失火，飞烬及其宫室，焚毁殆尽”。这一场大火将凤凰山南宋宫苑全部焚毁。致使“陵庙成焦土，宫墙没野蒿”（《杭州杂诗和林石田》）：
瓦砾堆堆塞路坳 腾游巷陌尽蓬蒿
祠宫地卧驼鸣輵 秘殿春扁马矢燥
直至至元二十年（1284）才由杨链真伽奏请朝廷在宋宫原址新建佛寺五所，原宫室坛庙均夷为平地建造民居僧舍。至元二十四年（1287）这五所寺院竣工：又称禅宗大报国寺、报国禅寺。其址为原宋宫垂拱殿，南起苕帚湾，北迄柳翠桥。寺成后由妙齐为开山祖师。至延祐六年（1319）两次失火焚毁，次年由中天竺寺住持大訢法师重建，其规模有所扩大。元末又毁于大火。明洪武二十四年（1391）重建，明末时成为屯兵的军营。又称小仙林寺。其址为原宋宫延和殿，在垂拱殿之后，时建一塔，只建了一半，人称“半橛塔”。元大德九年（1305）七月雷电击中仙林寺佛殿，帝释五藏塑像被击作惊愕状。（吾丘洐《闲居录》）又称大般若寺。在凤凰山之左，其址为和宁门，即宋宫北门。又名万寿尊胜塔寺，俗称白塔寺。寺内建有尊胜塔。杨链真伽不但挖掘宋陵，并曾打算将宋高宗赵构手书的《光尧石经》的碑石砸碎作为造“镇南塔”的地坪，后经大臣们力劝才罢，而尊胜塔座就是为镇压宋帝诸陵遗骨而建，其址为原福宁殿。该塔其形如壶，俗称“一瓶塔”，高二百尺，内藏佛经数十万卷、佛菩萨像万件，垩饰如雪，故又名“白塔”。“至顺辛末（1331）正月十四日黎明雷震之”（明田汝成《西湖游览志》）。该寺“正殿佛像皆西番形象，赤体侍立，虽用金装，无自然意。门立四青石柱，镌凿盘龙，甚精致，上犹有前朝铜钟一口，上铸‘淳熙改元曾觌’篆字铭，宋故物也”。（元郭天锡《客杭日记》）五寺之中，报国寺规模最大，其他“四寺虽隘，而景致宏丽，延祐、至正间诸寺递毁”。到了至正十八年（1358）张士诚割据江南，重修杭城城墙，“截凤山于外，络市河于内”（贡师泰《玩斋集》），于是凤凰山东麓之南宋行宫遗址及所建寺院全部成为城外废墟荒芜之地了。元代前期，由于对邻国相侵，日本、高丽等国都一度断绝往来。直至元成宗当政，才开始重视南方禅宗的继承和弘扬，一面派江浙释教总统、普陀山高僧一山一宁赴日通好，一面对各地名刹高僧采取不少笼络措施。如延请一些具有前朝禅门遗风的名僧住持名刹，对一些重要寺院时加封赏，有些高僧甚至历经三代帝王授予封号，并由朝廷出面护教，以示崇佛；还效法前朝由大臣与高僧结方外交，浙江行省的前后丞相达识帖木尔、康里公等均结识了不少僧友。净慈寺悦堂颜明在南屏设道场弘法时，竟“名闻京国”，除元帝亲下玺书护教外，“藩王大臣无不函香问道”。泰定年间，佛教更盛。泰定帝一意佞佛，每作佛事，辄饭僧数万人、赐钞数千锭，并命各处建寺，雕玉为楹，刻金为像，耗资甚巨。泰定帝不但亲自受法于帝师，而且宫中皇后以下都要到帝师前受戒。在元代统治近百年间，杭城堪称名僧的除元初南天竺寺（即崇恩演福寺）的清古、源泽、云梦等曾被誉为“教海”外。下天竺寺的允若与善济、天海、佛海等因结交名流被称为杭城“四名僧”。此外，如中天竺的笑隐大訢，因其学行均高，曾被元文宗召见，封为三品文官，赐号“广智全悟大师”。元仁宗曾于延祐三年（1316）下旨在金山设水陆道场，要径山元叟行端卦会升座说法，被赐号“普照大师”。当时的崇恩演福寺（即南天竺寺）也是弘传天台教观的重心，住持湛堂性澄在此传法，并于至治元年（1312）应召入京校正大藏，其弟子玉冈蒙润曾住持净慈寺，此外就是天目“四峰”，他们各有千秋，盛名远播，受到朝野尊崇；东西天目被尊为祖庭，他们的嗣法弟子，不少人成为佛教名僧。在禅学研究方面，有的高僧也各有著述。中天竺笑隐大䜣著有《禅林清规》；净慈寺千濑善庆著有《扶宗显正论》；高峰、中峰、孤峰、云峰等也遗有著述，中峰的《净土忏》一直流传至今。对于佛学研究，当时突出的现象有三：其一
天台宗在杭的进一步阐扬发展
以崇恩演福寺为中心，由湛堂性澄广容徒众，阐发台宗基本教观，他本人就著有《金刚经集注》、《弥陀经句解》等。接着其弟子玉冈蒙润又盛传“法华三昧”，后隐居龙井白莲庵时著有《四教仪集注》；另一弟子浮休允若也著有《内外集》。他们的再传弟子大用必才则于至正初（1342）开始在杭弘传天台宗教观，并著有《法华》、《涅槃》等经义。所有这些“集注”、“句解”、“讲义”，大多为台宗学徒入门提供了教材。
其二
华严宗有所流传
至元中（1280-1294）有丽水盘古来杭在惠因寺宣讲是《华严》大意，但影响不大。
其三
各宗禅师沿袭宋末的遗风
运用接近口语的文字，将平时弘法的内容辑成“语录”，别创一格，并影响到一般文学。从志书记载，各名刹住持僧大多留有《语录》行世。元代后期，明本等一些名僧善于诗文，行端有《寒拾里人稿》、清珙有《山居呤》，笑隐大䜣、圆至天隐、本诚觉隐三人时称“诗禅三隐”。
元代后期楚石梵琦创导了一种以诗悟心、以象观静的佛教文学风格，充分体现在他的《西斋净土诗》中，这种佛教诗歌开创了中国佛教文学的新的阶段。梵琦从净慈寺行端学法，又是大慧宗杲的再传弟子，凭着他几十年的禅法修习和净土实践，意识到要使禅净达到殊宗同体，弘扬净土法门，就必须用禅宗精神来改造传统的净土宗。由此，他提出了“唯心净土”，认为人的自性就是弥陀，只要发现自己的心性，便可往生净土，他说：
吾宗念佛，唯我自心，心欲见佛，佛从心见......若见自性之弥陀，即了唯心之弥陀。
他不以净土念佛之法来充实禅法，而是用禅宗精神高扬净土，遗憾的是中国净土宗史并未对此作出应有的评价。在此同时，以反对禅宗为主旨的白云宗于被禁后仍图再起，该宗所属杭州大普宁寺道安曾组织雕印《大藏经》（元本），但仍为元成宗、仁宗下令禁止，白云宗未能流传。宋亡后，律宗逐渐衰落，元代杭州的律宗法系几于无闻。元代杭州佛教最为突出的成就，就是在飞来峰、吴山宝成寺等处留下了成批富有蒙藏技法特色的摩崖石刻佛像，其造型生动，艺术价值很高，为国内所罕见，至今成为珍贵的历史文化遗产。元末，张士诚降元求王爵未得，遂自称吴王，定都平江（今苏州），割据江南两浙。元代为示意“一统山河”，各地都拆除城墙，而张士诚为割据称王竟在杭拆塔毁庙建城墙。一些佛寺又遭破坏，如灵隐寺、集庆寺、相国寺、玛瑙寺、大中祥符寺、金刚广福寺以及天竺三寺等均被毁坏。原先“禅黉教苑，金碧争辉，鲸鱼之音，彼鸣此应”的南北丛林，此时又成颓垣残宇。长按下方二维码，进入”华严共修“
随喜植福在线登记小程序