单细胞转录组数据分析结果查看软件Loupe-Cell-Browser使用说明 | 云课堂(25)

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线(http://www.lc-bio.cn/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的Loupe-Cell-Browser使用说明，一起学起来吧~

一、基本介绍

10X genomics 公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的 cell Ranger 软件，同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便，支持 windows 和 mac 两种操作系统，下载地址如下：

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest

二、使用方法

1、安装好之后，双击启动，界面如下：

2、Cellranger 输出的结果中有后缀名为 cloupe 文件，具体路径为：summary/1_Cellranger_result/*/*.cloupe（单样本）和 summary/2_Expression_result/aggr. cloupe（整合样本）。通过左上角 File->Open File（或者 Browse for a Loupe Cell Browser File 菜单），导入后缀名 cloupe 的文件，导入成功后的页面如下：

注：图片默认展示的是 t-SNE 降维后的 2D-plot，细胞的颜色根据 Graph-Based 聚类结果进行填充，对于聚类得到的 cluster，可以通过对应的颜色框（右击选择 Edit color 或 Edit name）来调节是否在图中显示以及 显示的颜色。通过选择 Graph-Based 右侧的三角形下拉按钮可以查看其他聚类的结果，比如 K-means 聚类的结果(下图)。

点击右侧 Export 8……可以导出每个细胞对应的 cluster 信息的 csv 格式文件（如右下图）：

点击相应的 cluster 信息，可以高亮图中所有该 cluster 的细胞，如下图，点击 Cluster2（6109），左侧红圈标注的部分即为该 cluster 对应的细胞。

3、差异分析

Significant Feature Comparison 共包含了两种方法：Locally Distinguishing 和 Globally Distinguishing，对于 Normal 与 Patient 类别的样本间的比较，两者间是等效的，如果//要在 LibraryID 类别（不包含 Patient 样本） 比较两个 Normal 样本，则需要选择 Locally Distinguishing。此外，如果想了解每个细胞群的独特之处，则需要选择 Globally Distinguishing。

(1）差异结果导出（点击下图红色标出的部分进行选择和导出操作），默认导出 top50 的 genes，按照实际需要进行选择。

差异计算完成后，基于结果绘制每个 cluster 的 top marker 的 heatmap 图，通过点击下图红框标出的部分进行热图的展示（左侧红框标出的按钮）和导出完成热图（右侧红框标出的按钮）。

4、识别细胞类型

Loupe Cell Browser 中，从已知 markers 中识别细胞类型非常简单快捷。可以通过两种方式实现这一目标，首先是通过基因搜索，然后是导入基因列表。

(1）将基因添加到活动特征列表，并在整个数据集中显示该基因（可以下拉选择基因或直接输入想要查看的基因，也可以从上步的热图结果中动态进行查看每个基因的情况点击进行图片的展示）的表达水平。

(2）导入或导出 Feature 列表（点击下图红框标出的按钮，通过 Import Lists 或 Export Lists 进行导入和导出）：

导入的格式如下：

(3）图形细胞标记

CD14 基因为 monocyte 细胞的 marker，在图中对其进行标注。按照下图的方式根据实际细胞类型进行设置：

标注完成后结果如下：

点击 Select split view 按钮（下图左侧红框标注的按钮），将 Monocyte 进行分开展示：

(4）手动修改 subgroups

如果对于以上标注的结果不满意，删除一些细胞，可使用手动的方式进行修改，选中“Lasso Selection”， 然后选择需要修改的信息，如下图所示：

选中以上信息后，填写 Assign Selection 进行信息修改，Cluster 信息不要填写，直接点击 Unassign from：

*即可删除选中的细胞，根据实际细胞情况进行删除即可。

按照相同的方法对其他 cluster 进行细胞分类即可。

5、保存

(1）图片保存（可以保存为 png 或矢量图 svg 格式）：

(2）保存为 Loupe Cell Browser 识别的格式，便于下次在此基础上修改，可以直接点击 File->Save(保存至原文件)或者 File->Save As（另存为其他文件）

Loupe-Cell-Browser使用说明就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://www.lc-bio.cn/faq/sop_detail.php?id=216或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

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