数据库一网打尽：不会编程又怎样，还不照样拿课题发文章！

距离上次的承诺已经过去了1月，今天就来补上上回的坑。
说实话，现在大部分公众号已经创作乏力，我估摸着已经1个月没有点开关注的公众号了，因为在上一个月我就发现，
已经没有什么能够让我虎躯一震，要知道在以前我可是每天刷新，不断收藏的，要不然印象笔记里面也不会有1万多条笔记，以前不知道如何分享，权当做自己的精囊，写错了是锦囊，都是在师妹困难的时候发挥作用，而现在，微信允许跨公众号内插帖子链接，今天我就要把他们全部放出来。

我要申明一点，如果你把这个帖子看完后，还觉得自己拿不到课题，发不了文章，我觉得，你可能需要换个团队，或者换个脑子。
我就是掌握了这些数据库的用法，才变成了现在的我。而我学习编程，是为了更加自由。

需要强调的是，这里面大部分数据库我都使用过，但是遗憾的是，当年我并没有记录使用的感受，以及各个帖子对于新手的友好程度，甚至在使用
某些数据库时，干脆自己把使用文档看了一遍，不过，没关系，你只要知道，想到达到什么目的该用什么数据库就可以了。

对于TCGA感兴趣的，可以参考之前的导航帖，那也是这个坑的由来：
TCGA教程大合集：不会编程是常态，但永远难不倒努力前行的临床医生

下面我们正式开始：

芯片分析：

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其实这边跟TCGA帖子有点重合，说到底，数据挖掘有两个作用

• 没有课题的时候产生课题

• 没有机制的时候提供思路

单基因信息汇总数据库：

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通过TCGA帖子和前面的帖子，你已经有足够多的课题可以来做，但是如何筛选特定的基因，并确定自己的研究方向，你得看看下面的帖子
研究单个基因的生物信息学分析工具
还在为找不到基因序列而烦恼么？
如何检索基因的DNA,mRNA,protein序列
文献中基因挖掘的一个简单神器
为啥要学习这些讨厌的蛋白互作分析工具？
如何正确地寻找能扯上关系的明星分子
告诉你文献聚类分析的神器 1
告诉你文献聚类分析的神器2
新神器get√，用这个来搜PubMed
更深层次的文献分析神器Get√！
偷懒的同学看好了，了解基因的捷径——gene card
如何查询和展示一个基因在组织和细胞株里面的表达？
人家五分文章是用这个神器来验证免疫组化的
介绍一个来自全球最壕高校的数据库……
（工具篇）S5E55：肿瘤耐药研究神器之——GDSC

转录调控相关：

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我的导师告诉我，在90年代，包括现在，CELL杂志每期有一般的文章都是转录调控相关的，所以至今我们还保留在强悍得转录调控研究传统
这里面包括如何找启动子，预测结合位点，转录调控的三驾马车你也应该知道：Luciferase，EMSA，ChIP，但是这些实验相关的知识不是本次的重点，再次挖坑。
先看看我写过的帖子
找出基因的启动子并分析其结合位点
来，再教你搜个启动子吧……
转录因子和靶基因系列（一）转录因子调控哪些下游基因，有实验证据的线索
转录因子和靶基因系列（二）按类检索转录因子ChIP-seq数据
转录因子和靶基因系列（三）哪个TF会来结合我这段DNA
要是我有一堆基因，想知道他们的转录因子，要怎么整？
十分钟设计一个转录因子相关的课题，坐稳了，装个逼给你看

表观遗传相关：

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我们知道，人体内最终发货核心作用的是编码基因所对应的蛋白，而为什么拥有相同的基因组，心肌细胞和肝脏细胞差别那么大呢，一个是转录调控，另外一个重要的就是表观遗传。
组蛋白修饰预示着什么？
药物处理多久后能看到组蛋白修饰的变化？
9分多的LncRNA相关的表观研究是怎么做的？
跟着岳大师学ENCODE和RoadMap
跟着岳大师学ENCODE和RoadMap（二）——利用ENCODE做特定分子的实验
跟着岳大师学ENCODE和RoadMap（三）——如何分类查看转录因子并可视化分析ChIP-Seq
WashU EpiGenome Browser的基本用法——跟着岳大师学ENCODE和RoadMap（四）
如何神奇地用ENCODE挖课题

长链非编码RNA相关：

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按照上面的说法，我觉得目前科研就围绕两个字进行，调控，转录调控，翻译调控，表观遗传，然而那些非编码RNA发挥越来越多的调控作用，
这篇帖子要看看
（文章篇）S5E53：标准化lncRNA课题设计
但是我们同时看到，大部分团队对于长链非编码RNA的研究只是出于浅表状态，而我们理解的就是
老老实实地做RACE确定全长
通过RNA-pulldown确定结合蛋白，或者其他方法确定结合的DNA，ＲＮＡ，
然后再证明如何起作用，好的文章只做了一件事情，把事情说清楚。
然后再看看下面的帖子吧。
如何预测LncRNA与蛋白的相互结合？
你的lncRNA是否因SNP而发挥了不同的作用？导致预后的不同？
要怎么证明LncRNA是LncRNA？！
（工具篇）：神器之——lncRNA编码能力预测
如何用BLAST来预测lncRNA相关的miRNA
为啥你辛辛苦苦做的lncRNA会被reviewer毙掉
如何绘制高大上的RNA二级结构图？
（工具篇）：神器之——lncRNA编码能力预测
如何查询分子的物种保守性？
如何预测lncRNA的靶基因？

环状RNA相关：

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对于环状ＲＮＡ，我有个奇怪的想法，临床医生做到这一块的内容，实际上自己能做的少之又少，
如何筛选环状ＲＮＡ，请公司做测序
如何分析环状ＲＮＡ，生信公司给你作图
如何设计引物验证，实际上你不会
如何让ＲＮＡ成环，你也不会，请公司做
如何敲减，还是不会，实际上很困难
所以，一般的团队跟我讲，实际上是同学自豪地跟我说，他研究的方向是环状ＲＮＡ，实际上我的心内五味杂陈，最后汇成一句“你们团队好牛逼”
circRNA 引物设计
环状RNA定量PCR技术详解
circRNA研究必备神器之傻瓜攻略大全
你不能不知道的2个CircRNA研究在线工具！
circRNA研究必备工具：circRNA翻译潜能预测
非编码RNA真的不编码吗？9张图告诉你答案
环状RNA翻译蛋白研究技术思路剖析
Cell子刊连续两篇环状RNA翻译蛋白文章发表！
circRNADb：首个汇总编码蛋白环状RNA的数据库
Nature Reviews Genetics探讨环状RNA研究方法现状

碎碎念：
实际上看到这里的人不多，因为这样的帖子肯定是要收藏的，肯定是要跟自己说，以后会好好看的，可是多半不会看。大部分朋友蠢蠢欲动心急火燎地要学习生信，往往无疾而终，心灰意冷的时候，看看这篇帖子，你会重新打量人生，重振雄风的，因为你会发现，想要解决的问题，都有人给你提供方案了。（这些帖子有可能被其主人删除，早看早）