中共八届十中全会后，阶级斗争的弦又开始逐渐绷紧。1964年5月，《文汇报》发表文章批判新编昆曲《李慧娘》和繁星（廖沫沙）的《有鬼无害论》，从此开始了在报刊上一系列的公开点名批判的风潮。1964年11月，毛泽东对《戏剧报》和文化部提出了尖锐批评，他说：一个时期《戏剧报》尽宣传牛鬼蛇神。文化部不管文化，封建的、帝王将相的、才子佳人的东西很多，文化部不管。要好好检查一下，认真改正。如不改变，就改名“帝王将相部”、“才子佳人部”，或“外国死人部”。毛泽东的批评，表达了他对文化界的不满。
1964年12月12日，毛泽东把《文艺情况汇报》上登载的《柯庆施同志抓曲艺工作》一文批给了北京市委的彭真和刘仁，毛泽东在批语中写道：
“此件可一看，各种艺术形式 戏剧、曲艺、音乐、美术、舞蹈、电影、诗和文学等等，问题不少，人数很多，社会主义改造在许多部门中，至今收效甚微。许多部门至今还是死人统治着。不能低估电影、新诗、民歌、美术、小说的成绩，但其中问题也不少。至于戏剧等部门，问题就更大了。社会经济基础已经改变了，为这个经济基础服务的上层建筑之一的艺术部门，至今还是大问题。这需要从调查研究着手，认真地抓起来。”“许多共产党人热心提倡封建主义和资本主义的艺术，却不热心社会主义的艺术，岂非咄咄怪事。”这就是后来被称为毛泽东对文艺界的“两个批示”中的第一个批示。
彭真接到毛泽东的批示后，意识到这个批示不同寻常。18日，彭真将毛泽东的批示附《柯庆施同志抓曲艺工作》一文印发中央政治局、书记处各成员以及经常列席会议的同志，并建议由刘少奇在1964年元旦左右主持召开文艺座谈会，讨论贯彻毛泽东的批示。
1964年1月4日，刘少奇主持召开了有中央宣传部和文艺界有关人士40余人参加的座谈会，传达了毛泽东的批示。中央宣传部副部长、文化部副部长周扬分析了新中国成立以来文化工作的状况，肯定了成绩，也指出了文艺创作中存在的问题。周扬认为文艺界的问题是坚持毛泽东的文艺方向不够，“对大多数人来说是一个认识问题”。
彭真在发言中首先做了检讨，他说：“主席这个信是写给我和刘仁同志的，主席为什么写这个信？他就是觉得北京这个文艺队伍是相当的鸦鸦乌。”彭真指出了文艺界存在的问题后，表示应该为文艺界分担责任。又提出文艺界大多数人是认识问题，只要为社会主义、为工农兵服务就好。
邓小平在发言中说：“当前文艺战线要抓三件事：一、统一认识。要正确估计形势，明确方向。二、拟定规划。积极提倡演现代戏。三、加强写作队伍。”刘少奇肯定了周扬的发言后提出：“文艺界要认真学习毛泽东有关文艺的著作，努力反映社会主义革命斗争，文艺界也要进行社会主义教育。”
1964年2月4日，中国戏剧家协会在全国政协礼堂举行迎春晚会。会后，有两位参加者向中央宣传部领导写信，指责这次晚会“着重的是吃喝玩乐，部分演出节目庸俗低级，趣味恶劣”。收到信后，中央宣传部领导召开会议对这件事进行讨论，认为这件事“是当前阶级斗争在文艺队伍中的反映，是剧协领导资产阶级思想作风的暴露”，因此决定在文联及各协会全体干部中开展一次整风学习。
整风学习告一段落时，5月8日，中央宣传部起草了《关于全国文联和各协会整风情况的报告（草稿）》。报告尚未定稿，江青就说她个人要看，把报告草稿要走，抢先送给了毛泽东。
6月27日，毛泽东批示：“这些协会和他们所掌握的刊物的大多数（据说有少数几个好的），十五年来，基本上（不是一切人）不执行党的政策，做官当老爷，不去接近工农兵，不去反映社会主义的革命和建设，最近几年，竟然跌到了修正主义的边缘。如不认真改造。势必在将来的某一天，要变成像匈牙利裴多菲俱乐部那样的团体。”这就是后来被称为毛泽东对文艺界的“两个批示”中的第二个批示。
1964年6月5日至7月41日，全国京剧现代戏观摩演出大会在北京举行。按照计划，彭真要在大会上讲话。毛泽东的第二个批示比第一个批示的措辞更严厉，彭真在讲话中既要体现毛泽东的意图，又不愿违背党一贯的文艺政策，因此讲话出现了既严厉又不失温和的语气：“在我们社会主义社会里，怎么能够允许京剧这么一种重要的剧种，艺术水准比较高的一种剧种，我们艺术上一项重要的遗产，老这样帝王将相的演下去？继续演那些不利于社会主义革命和社会主义建设的东西？那不行。那样，客观上就是帮助封建势力进行封建主义复辟活动，帮助资本主义势力进行资本主义复辟活动。”
“不要以为我们这里不会出修正主义。如果不好好抓阶级斗争，抓社会主义教育，也可能出修正主义。老实讲，文艺界的问题是相当多的，绝不比其他方面少。所以，在文艺战线方面，要进行整风，要开展社会主义教育，开展两条道路的斗争。大家要好好地学习毛泽东同志的著作，学习马克思列宁主义，站稳无产阶级立场，自己检查清理一下过去几年自己写了些什么作品，演了些什么戏，拍了些什么电影，唱了些什么歌子，奏了些什么音乐，画了些什么画，有哪些作品，哪些东西，是资产阶级的或者是带有资产阶级残余影响的，或者是封建主义的。发现错误、缺点，改掉就好了！文艺界都要这样做，京剧界也不例外。”毛泽东认为彭真的讲话“讲得很好”。
中央“文化革命五人小组”成立后的工作
根据薄一波的回忆，1964年7月初，“在毛主席那里召开了一次会，有彭真、陆定一等同志和康生参加。毛主席批评了文化部的工作，也批评了中央宣传部和周扬同志，提出要彻底整顿文化部，并指定由陆定一、彭真、周扬同志三人组成领导小组，由陆定一同志主持。陆定一同志当场以 见事迟 为由，表示不宜由他主持，建议彭真同志挂帅。彭真同志没有表示不同意见，毛主席也表示同意。
过了一会儿，康生也谈到了文化部的事情，毛主席接着要康生和吴冷西同志也参加小组工作。”这个小组一共五个人，称为“五人小组”。当时陆定一的想法是：“文学艺术和哲学社会科学方面的问题，大都可以通过 百家争鸣 来解决。而当时的批判并不是摆事实、讲道理，以理服人的，而是打棍子、扣帽子，我不知道这个 文化革命 要怎么革法，心里没底，我没有接受这个任务，推荐彭真同志担任组长，我任副组长。”
7月7日，彭真主持召开中央书记处第480次会议。会议讨论了怎样贯彻毛泽东关于文学艺术和哲学社会科学问题的指示。彭真传达说：“毛主席最近抓了文艺、哲学、社会科学问题，认为文艺界 很混乱 ，最近又批评有些协会已跌到了修正主义边缘，发展下去势必要搞 裴多菲俱乐部 ；文化部不执行党的政策，不为工农兵服务，可改为帝王将相部，鸳鸯蝴蝶部，为什么不可以解散？甚至说，我想把地方搞起来，革中央的命。”“还有学术界，首先是哲学，杨献珍提出 合二而一 论，李秀成的问题也要讨论，还有高薪问题。有些大知识分子入了党，宇宙观如何？入党太容易，共产党成了全民党。”
会议决定：按照毛泽东的提名，由彭真、陆定一、康生、周扬、吴冷西组成“五人小组”，彭真为组长，负责领导各有关方面贯彻执行中共中央和毛泽东关于文学艺术和哲学社会科学方面的指示。
“五人小组”的成员都是分管意识形态工作的干部，在毛泽东做出“两个批示”的形势下，他们也是批评的对象。毛泽东提议他们组成这个领导小组，或许有更深层次的考虑。9月11日，彭真主持“五人小组”会议，讨论部署文艺界和学术界的整风问题。
9月24日，彭真在中南海怀仁堂主持“五人小组”召集的文学艺术和哲学社会科学问题座谈会，讨论研究怎样领导整风的问题。彭真在讲话中首先谈了自己的认识并做了自我批评。他说：去年12月，毛主席对文艺工作批评，是写给我和刘仁同志的，半年内对意识形态的革命大喝几声。所以，我请少奇同志主持开了会，还攻了一下京剧演现代戏这一关。
关于整风问题，彭真提出：第一，先整党内。整个文化战线上的党员同志，都要用无产阶级先锋队的标准来要求自己，有错误，赶快改。第二，党内怎么搞法：不是把人一棍子打死。毛主席指示说：还是要进行教育。多数人是好的，或者是可以改好的，要准许人家革命。方针还是惩前毖后，治病救人。第三，从何入手？从作品搞起。在一篇作品里，问题多得很，着重搞大是大非，就是两条道路、两个主义、两条路线，为工农兵还是为资产阶级。在大是大非问题上要区别敌我性质和人民内部问题，错误是比较系统的、一贯的，还是偶然的、个别的。人民内部问题还是采取整风的形式。允许犯错误，允许改正错误。总体来说，要兴无产阶级思想，灭资产阶级思想。两种办法：一是自觉地学习毛泽东著作，破自己的资产阶级思想，立无产阶级思想；二是大家帮助。灭资产阶级思想需要有个过程，要经过痛苦的过程，要和风细雨，小会批判，不搞大会斗争。会议从下午三点一直开到晚上九点。陆定一和周扬都讲了话。江青也参加了会议。
1965年2月17日，彭真在人民大会堂西大厅主持召开“五人小组”会议，研究文化部门当前的社会主义教育运动。彭真在讲话中强调：要以中央《二十三条》的精神统一认识，明确社会主义教育运动的性质，团结两个百分之九十五，实行群众、干部、工作队三结合，总结经验。针对1964年北京大学社会主义教育运动中出现的问题，彭真说：北大工作队也要总结经验，研究今后怎么做；不要盯在过去的一些事情上，紧张空气要放松一下。会后，陆定一即向北大工作队作了传达。但是，北大工作队并未积极贯彻执行“五人小组”的意见，致使北京大学的社会主义教育运动迟迟不能得出结论。4月2日，陆定一代表“五人小组”宣布撤销原工作队主要领导人的职务，重新设立了以中宣部副部长许立群为组长的领导小组。
1965年4月4日下午，中央书记处召开第494次会议，听取陆定一关于半年来文化界和思想界进行社会主义教育运动试点的情况汇报。彭真说：现在看，这一时期的文艺批判有很大成绩，很见效，理论上也把一些代表人物做了批判。但也有些问题，搞得人家不大敢写文章、写剧本了，连新华总社有一阵一天只来四五篇稿子，这个现象值得我们警惕。学术问题，错了允许讨论。要注意有些人不是研究学问，靠攻别人找岔子出名。多数在学术争论中有错的人，要他们自己清理，不要随便展开批判。小是小非在小组里去处理，不要搞得大家都灰溜溜的。学术界也是这样，人家过去讲得不对的允许改正，批评要同志式、友谊式的，不是一棍子打死别人，使自己一举成名。邓小平说：现在有人不敢写文章了。戏台上只演兵，演打仗的，电影哪有那么完善？这个不让演，那个不让演。那些“革命派”想靠批判别人出名，踩着别人的肩膀上台。他提出，要赶快刹车。
4月7日，中共中央发出关于调整文化部领导问题的批复，免去齐燕铭的副部长、党组书记，夏衍的副部长、党组副书记的职务，调萧望东为文化部第一副部长、中共党组书记，石西民为副部长、党组副书记。文化部的改组，是毛泽东几年来对文化部工作不满，文化界整风的结果，同时也是意识形态领域过火批判的结果。这次改组，从“实践”上论证了“完成思想战线上的社会主义革命”的必要性。
中央“文化革命五人小组”的困境
从“五人小组”1964年下半年到1965年上半年的工作来看，是与当时日益严重的文化批判不大协调的。虽然“五人小组”也直接参与领导了一些批判，比如彭真于1964年7月16日审阅同意发表《关于“合二而一”问题和杨献珍同志商榷》一文，同时批送吴冷西：“要赶快组织人进行全面的系统的研究，并准备一系列的文章，直到大体的结论（先设想个大纲，随着争论发展充实），因为学术理论问题的争论文章靠临时赶不行。请准备。”但是总的来看，还是试图把这些批判控制在一定领域，把批判的温度降下来，使批判限定在学术范围。
萧望东调任文化部第一副部长、中共党组书记后，着手起草了《文化部党委关于当前文化工作中若干问题向中央的汇报提纲》。《汇报提纲》虽然也对文化界的情况作了过于严重的估计，但仍然认为：“总的说来，当前文化战线上的形势，同其他战线一样，也是大好的。事实证明，关键在于领导，这支队伍的绝大多数人是好的，或者基本上是好的和比较好的。”1965年7月14日，萧望东将这个《汇报提纲》向“五人小组”做了汇报，得到彭真、陆定一等人的肯定。9月6日，刘少奇主持召开中共中央政治局会议，听取了周扬和萧望东的汇报，肯定了这个《汇报提纲》。10月40日，这个《汇报提纲》正式上报中共中央。1966年1月24日，中共中央批转了这个《汇报提纲》。
1965年9月，全国文化厅局长会议在北京召开，已经被批判的夏衍、阳翰笙还是被请上了主席台就座。彭真在会上讲话指出：文化工作方面存在的问题，领导责任主要是中央没有及时地抓，没有坚持地系统地加以解决，书记处要负责。从文艺、学术工作来说，很多人脱离实际，脱离工农兵，没有用马列主义、毛泽东思想武装头脑，没有认真贯彻执行上层建筑要为经济基础服务的原则。彭真还传达了毛泽东的话：延安文艺座谈会后，还有好多关于这方面的讲话，“但是我讲了就算了，放了空炮”，“负责的第一位是我”。
彭真强调说：“不要把文艺战线看作漆黑一团，主席批示指的是文化部、文联各协会及其刊物，而不是指的整个文艺战线。”“学术、艺术问题中，有同历史发展方向对立的政治问题的，应该联系政治问题对待；不是政治问题的，就不要轻率地把它同政治上的大是大非，特别是同敌我问题混淆起来，也不要轻率地下结论。”“现在有些批判就是立的这个方面少了，把错误的批判了，但是怎么立、立什么呢？看不出来。我们的批判，总的来讲，不应该这样。”“党内也好，人民内部也好，不论你是党和国家的领导人，还是文艺工作者、普通老百姓，在真理面前人人平等，这个地方只能服从真理。”周扬也在会上对那些遭到批判的人说：“不要老是想到我挨了批评，批评得多一点，少一点 批评得过重或是不够，总是有的”。
彭真用传达毛泽东谈话和自我批评的方式替当时被过火批判的文化界人士承担了责任，对当时以政治上纲代替学术研究，以轻率否定代替深入分析的倾向做出了批评，试图把政治批判引上说理讨论的轨道。彭真关于“真理面前人人平等”的论述，实际上是对当时只许批评不许反批评、几乎一边倒的批判的抗议，代表了被错误批判的文化界人士的心声。
尽管以刘少奇、邓小平为代表的中央一线领导集体对“五人小组”的工作有诸多肯定，但是毛泽东一直没有明确表态。实际上，毛泽东没有表态也是一种表态，即对“五人小组”的工作并不满意，因而在相当程度上支持，至少是允许江青等人甩开“五人小组”另搞一套。1965年2月，江青到上海组织人写批判明史学家、北京市副市长吴晗的剧作《海瑞罢官》的文章，是“因为主席允许，我才敢于去组织这篇文章，对外保密，保密了七八个月，改了不知多少次”。1965年9月，中共中央召开工作会议。上海市委书记陈丕显赴京开会时就带着《评新编历史剧＜海瑞罢官＞》的修改稿，送给了江青。毛泽东在会上问彭真：“吴晗的问题可不可以批判呀？”据陈丕显回忆，“我和魏文伯（时任中共中央华东局秘书长 作者注）对视了一下，心照不宣，知道主席肯定已经看过姚文元批判吴晗的文章了，并且是同意批《海瑞罢官》的。”
1965年9月，彭真在全国文化厅局长会议上试图使批判降温；同样是在这个时间，毛泽东却在中央工作会议上试图使批判升温。“五人小组”实际上已经被边缘化，无法领会毛泽东的精神，自然也无法贯彻毛泽东的指示了。
1967年2月4日，毛泽东同卡博、巴卢库谈话时提到了《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》，他说：“这篇文章在北京写不行，不能组织班子，只好到上海找姚文元他们搞了一个班子，写出这篇文章。开头写我也不知道，是江青他们搞的。先告诉我要批评。他们在北京组织不了，到上海去组织，我都不知道。文章写好了交给我看，说这篇文章只给你一个人看，周恩来、康生这些人也不能看，因为要给他们看，就得给刘少奇、邓小平、彭真、陆定一这些人看，而刘、邓这些人是反对发表这篇文章的。”从这些话可以看出，至少从组织《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》的时候起，毛泽东就对“五人小组”已经持不信任态度。
“五人小组”成立时的任务是“负责领导各有关方面贯彻执行中共中央和毛泽东关于文学艺术和哲学社会科学方面的指示”，但是当中共中央一线领导与毛泽东在对形势的估计上产生分歧之后，“五人小组”从党的一贯政策出发，贯彻中共中央一线领导的意图相对更积极一些，招致毛泽东的不信任也就是必然的了。这也注定了“五人小组”的最终命运。
中央“文化革命五人小组”的最终命运
1965年11月10日，姚文元的《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》在上海《文汇报》发表，全国文化批判的形势陡然紧张起来。《解放军报》转载时在按语中明确说“《海瑞罢官》是一株大毒草”，认为《海瑞罢官》的出现，“正是阶级斗争在意识形态领域里的反映”。
对《海瑞罢官》的问题，以彭真为首的“五人小组”的看法与毛泽东的看法有着明显的距离。虽然在彭真的主持下，北京市委也组织了一些批判吴晗的文章，但调子明显比姚文元的文章温和得多，角度也选择在学术范围。这显然与毛泽东认为的《海瑞罢官》的“要害问题是 罢官 ”（1965年12月21日，毛泽东在杭州同陈伯达等人谈话，其中说道：《海瑞罢官》的“要害问题是 罢官 。嘉靖皇帝罢了海瑞的官，1959年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是 海瑞 ”）相去甚远，以致后来被认为是“假批判”。全国一浪高过一浪的批判势头，把“五人小组”推到了风口浪尖上，他们必须尽快做出决断。
1966年1月2日，彭真召集文教、报刊、北京市委和部队的有关负责人在人民大会堂开会，会议听取了胡绳对毛泽东1965年12月21日在杭州的谈话的传达（没有传达“要害是罢官”这句毛泽东认为最重要的话），围绕批判《海瑞罢官》等问题进行了讨论。彭真说：现在思想界正在开展一场大争论，现在的问题是要展开，把各种不同观点放出来，政治结论可以放后一些。《解放军报》的按语讲《海瑞罢官》是大毒草，是对的，但是这么一讲，就使人家不敢讲话了。任何人的文章都可以一分为二，我在上海讲，你《解放日报》《文汇报》自己也发表了不少错误文章，也应该清理清理。
这时周扬插话说：《解放日报》推荐《海瑞上疏》是加了按语的。彭真接着说：对他们的错误，中央报纸也可以批评。陆定一在会上说：当前的讨论实际上是一次大争论，争论的重点归纳在思想范畴内比较好。在方法上，要先搞学术问题，政治问题以后再搞。康生发言说：吴晗的自我批评实际上是“自我批准”、“自我开脱”，现在他自己扯出来了，它的要害是罢官。从这些发言可以看出，“五人小组”里面，只有康生明白毛泽东的想法。
2月4日，彭真主持召开“五人小组”扩大会议。出席会议的“五人小组”成员有陆定一、康生、吴冷西（周扬因病缺席），还有许立群、胡绳、姚溱、王力、范若愚、刘仁、郑天翔等共11人。会议讨论了当时学术批判的形势、性质、方针和队伍等问题。彭真在会上指出：已经查明吴晗与彭德怀没有联系，《海瑞罢官》与彭德怀也没有联系，因此不要提庐山会议。学术批判不要过头，要慎重。要摆事实，讲道理，以理服人。左派也要整风，不要当“学阀”。
彭真的讲话实际上否定了毛泽东的“要害是罢官 ”的说法。会后由许立群、姚溱执笔写成了中央“文化革命五人小组”《关于当前学术讨论的汇报提纲》（后被称为《二月提纲》）。《提纲》指出：对吴晗《海瑞罢官》的批判所展开的大辩论，势必扩展到其他学术领域，斗争是长期、复杂和艰巨的，不是靠“几篇结论性文章或者给某些被批判者做出政治结论”，就可以完成任务的。
《提纲》还提出：领导运动要坚持毛泽东1957年4月在全国党的宣传工作会议上所提倡的“放”的方针；要用摆事实、讲道理的方法，坚持实事求是，在真理面前人人平等的原则，以理服人；要准许和欢迎犯错误的人和学术观点反动的人自己改正错误，不要不准革命；报刊上公开点名作重点批判要慎重等。
2月5日，彭真代表“五人小组”向中共中央政治局常委会汇报当前学术讨论的情况和问题。刘少奇主持会议，周恩来、邓小平等出席了会议。参加会议的还有陆定一、康生、吴冷西（周扬因病缺席），以及许立群、胡绳等11人。会上，彭真对《提纲》作简要说明后，由主要起草人许立群汇报情况。会议同意《二月提纲》，决定由彭真等赴武汉向毛泽东汇报。会议同意“五人小组”设立学术批判办公室，由许立群、胡绳、吴冷西、姚溱、王力、范若愚等组成，以许立群为主。胡绳负责主持学术方面的工作。可见，当时的中央一线领导和“五人小组”是希望学术批判有统一的领导，规范起来，但这显然不符合毛泽东的意愿。
2月8日，彭真、陆定一、康生、吴冷西及许立群、胡绳等乘专机去武汉，向毛泽东汇报中央政治局常委会讨论同意的《二月提纲》。毛泽东对《二月提纲》没有立刻表示不同意见，但问：吴晗是不是反党反社会主义呀？彭真回答：吴晗当然有政治错误，但和彭德怀没有牵连。毛泽东说：吴晗可以照样当他的副市长。他就不紧张了。毛泽东指出：对资产阶级意识形态的斗争，是长期的阶级斗争，绝不是匆忙做一个政治结论可以解决的。
毛泽东没有表示不同意见，彭真就以为毛泽东同意了《二月提纲》，于是，许立群按照彭真的意见代中共中央起草了通知，彭真做了最后改定，陆定一和康生都在文件上画了圈。2月14日，刘少奇、周恩来、李富春圈阅文件后，中央办公厅将中共中央的通知和《二月提纲》下发。
毛泽东实际上是不同意《二月提纲》的，4月28日至40日，毛泽东在上海先后同康生、江青、张春桥等进行了多次谈话，严厉批评《二月提纲》混淆阶级界限，不分是非，是错误的。他尖锐地提出：“如果包庇坏人，中宣部要解散，北京市委要解散， 五人小组 要解散。”此后，形势急转直下。
4月9日至12日，康生在中央书记处会议上传达了毛泽东的谈话。书记处会议决定：一、拟以中共中央名义起草一个通知，彻底批判“文化革命五人小组”《汇报提纲》的错误，并撤销这个《提纲》；二、成立“文化革命文件起草小组”，报毛泽东和政治局常委批准。
5月16日，中央政治局扩大会议通过经毛泽东多次修改的中共中央通知（以后被称为《五一六通知》），决定撤销《二月提纲》，撤销“文化革命五人小组”及其办事机构，重新设立“文化革命小组”，隶属于政治局常委之下。
5月28日，“中央文化革命小组”成立，陈伯达任组长，康生任顾问，江青、张春桥等为副组长，组员有王力、关锋、戚本禹、姚文元等人。