Cytoscape软件使用说明 | 云课堂(26)

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线(http://www.lc-bio.cn/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的Loupe-Cell-Browser使用说明，一起学起来吧~

Cytoscape是一个开放源码的生物信息分析软件，可以建构可视化的分子网络。 

一、软件安装

1、下载安装 JAVA 最新版：

http://www.java.com/zh_CN/

或者打开360软件管家，搜索 java，选择 JDK（TM） 864 位下载安装

2、下载并安装 cytoscape，

网址：http://www.cytoscape.org/

二、软件使用说明

1、网络关系数据导入

方式 1：Import-Network-File

方式 2：选择图标

以 Pearson 相关性数据为例（下表），进行数据讲解：

意义：第一列和第三列分别为有关联的 gene 和代谢物，第二列为两者关系（pos 正相关，neg负相关），第四列和第五列分别为相关系数及p值。除第一列和第三列外，其余列均可作为 后续网络边关系的设置。

导入数据时，cytosacpe 展示内容如下：

2、导入 table 数据

方式 1：Import-Table-File

方式 2：选择图标

导入完成后，在相应的右下角加入导入的点分类信息（见下图），同理导入边文件（以Pearson系数为例，因为网络数据中已经包含了边的一系列信息，这里就不再导入边的文件）

3、网络图简单分析

方式：Layout-yFiles Layouts-Organic

这样预分析做好了，后续进入节点 Node 及连线 Edge 的形状，大小，颜色等设置。

4、Node 调节

Node 常用调节参数见下图红框标出的部分，比如修改节点填充颜色修改 Fill Color 等。

1）按照节点分类调整节点填充颜色

                             （选择 Discrete Mapping，共分为四类）

2）分别对四类进行颜色修改设置：如点击 Cellular Process 对应的右侧空白处，依次进行调节

调节完成后，相应的节点颜色就修改完成了，如下图：

3）形状调节,比如说基因和代谢物分别用不同的形状表示，如果节点不多的话，可以按照一个节点一个节点的方式修改，如果节点较多的话，一般按照类别进行分类添加。

4）节点大小调节（如果同一调整所有节点大小，直接修改Size的数值就可以了）

5）如何添加或删除节点

添加节点方法：点击右键-Add-Node即可，删除节点方法：选择需要删除的节点-右键-Edit-Cut 即可。节点添加完成后，选择节点可对节点的名称和分类进行修改，如下图修改前后

6）节点较多，去除节点 label 且展示分类节点颜色（如 Pathway 分类颜色）及其 label 首先按照4的方式添加节点，并对节点名字进行修改，比如 Pathway分为 4 类，此时添加4个节点，并分别以 Pathway 分类名称对节点进行名称修改。然后添加 4 类节点 label，如下图，除了这四类外，其余的为空。

同样的方式将这四类节点的 label Font Size 调大。 调整完成的效果图如下：

5、Edge 调节

1）连线颜色调整（根据 Pearson 正相关或负相关的方式调整）

2）除了设置连线的颜色外，还可以设置连线的类型（比如虚线等），通过 Line Type 进行设 置，具体的设置方法与颜色设置类似。

3）连线粗细设置，可以通过线的粗细来战士关系的强弱，通过调节 Width进行设置

设置效果如下（一般如果相关性都差不多的时候，不建议调节该参数）：

6、图片导出和保存

点击下图红框标出的图标进行保存，一般导出无分辨率限制的矢量图 svg/pdf，和 jpg 和 png格式分辨率 600 的图片。

选择图片格式（以 png 为例）：

选择图片分辨率（选择最大分辨率）：

PDF 和 SVG 图片是矢量图，是质量最好的图片，不需要进行分辨率设置，直接导出。

云平台登录和注册的流程

云平台目前只针对联川客户开放，注册需用正确的合同号进行注册哦，有多个合同的填写任意一个合同号即可。暂不能体验的小伙伴也别着急，随着平台的优化，也会逐步对全员开发的~注册链接如下：

http://www.lc-bio.cn/index.html

也欢迎给位给我们的云平台留言、提建议

在大家的督促下，我们的云平台会越做越好

相关阅读