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此前的几个系列
答读者问:
答读者问 (五)如何实现各物种基因的ID/symbol的转换
答读者问 (十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?
答读者问 (十二)ERROR: have no zero exit status
答读者问 (十三)查看Seurat对象时的ERROR:type='text'
单细胞数据分析系列教程:
B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/单细胞测序基础数据分析保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取
手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释
手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化手把手教你做单细胞测序数据分析(七)——基因集富集分析
上游fastq文件处理:
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner有奖提问,这个smart-Seq2数据实战的比对率为何如此低?
细胞通讯B站连续播放起来比较方便:
https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1往期推送单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论
单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程
单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析
给你们申请到了免费的128GB云服务器
拟时序分析B站连续播放起来比较方便:
https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1往期推送单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》1.概论
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》2.monocle概论单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》3.monocle2实操:完整版
其他单细胞相关技术贴也在这里:细胞的数量由誰决定?单细胞中应该如何做GSVA?答读者问(三):单细胞测序前景答读者问(四):如何分析细胞亚群答读者问(六):Seurat中如何让细胞听你指挥答读者问(八):为什么Read10X也会报错?
答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?
答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?
给你安排一个懂生信的工具人(十):不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析:Loupe Browser
什么?不做单细胞也能分析细胞类群和免疫浸润?
答读者问 (十三)查看Seurat对象时的ERROR:type='text'
各类单细胞对象(数据格式)转换大全(一)批量整理好GEO中下载的单细胞数据
答读者问 (十四)Seurat中分类变量处理技巧
答读者问 (十五)稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策
答读者问 (十六)做单细胞测序到底需要多少内存
单细胞文献阅读:文献阅读(三)、单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化
文献阅读(四)、单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异文献阅读(六)、小鼠全肾单细胞测序开篇之作文献阅读(七)、一篇不花钱就能白嫖的文章文献阅读(八)、不会吧不会吧,Nature都能白嫖?文献阅读(十一)、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱文献阅读(十二)、IgAN & STRT-Seq
文献阅读(十三)、老树开新花——EGFR、肿瘤、免疫+scRNA-Seq
文献阅读(十五)、癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生
非技术帖:关于单细胞的事 谈谈后面的计划趁机预告一波有关提高"Biomamba 生信基地"运行效率事宜
独享服务器2.0即将上线,128GB免费试用
生信工具人系列:
给你安排一个懂生信的工具人(一):火山图给你安排一个懂生信的工具人(二):真-工具人给你安排一个懂生信的工具人(三):凌波微课开发的在线版metacoder给你安排一个懂生信的工具人(四):ggplot2"作弊器"
给你安排一个懂生信的工具人(五):手把手教你用在线 pheatmap 绘制热图
给你安排一个懂生信的工具人(六):再也不怕装不上packages了给你安排一个懂生信的工具人(七):在线版相关性分析给你安排一个懂生信的工具人(八):不会有人真的只会做T检验吧
给你安排一个懂生信的工具人(九):在线PCA分析给你安排一个懂生信的工具人(十):不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析:Loupe Browser
文献阅读系列:
文献阅读(一)、人类肠道微生物的代谢网络与疾病文献阅读(二)、肥胖与减肥干预状态下的肠道微生物组及血清代谢物变化
文献阅读(三)、单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化
文献阅读(四)、单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异
文献阅读(五)、只有5页的文章(IF=7.307)
文献阅读(六)、小鼠全肾单细胞测序开篇之作
文献阅读(七)、一篇不花钱就能白嫖的文章文献阅读(八)、不会吧不会吧,Nature都能白嫖?文献阅读(九)、一文了解GSVA原理
文献阅读(十)、DKD 这一篇就够了文献阅读(十一)、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱
文献阅读(十二)、IgAN & STRT-Seq
文献阅读(十三)、老树开新花——EGFR、肿瘤、免疫+scRNA-Seq
文献阅读(十四)、肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘
文献阅读(十五)、癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生
文献阅读(十六)、肠道微生物群&肾衰竭文献阅读(十七)、肠道菌群&代谢物&脂肪肝癌变
perl语言基础命令
Linux与Windows实现文件交互的几种方式
常用Linux命令
装着装着我R没了?
如何在Linux中安装指定版本的R
来不及解释了快上车!
给你们申请到了免费的128GB云服务器
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大家可以阅读完这几篇之后添加笑一笑也就算了有关提高"Biomamba 生信基地"运行效率事宜