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会员机构丨水木未来:结构和计算赋能新药研发

同写意 2022-11-14


01


企业简介


水木未来(北京)科技有限公司是一家结构和计算驱动的新型药物研发公司,拥有亚太区第一个商业化冷冻电镜服务平台,基于冷冻电镜、计算化学、机器学习和高性能计算核心技术,在小分子、抗体药、蛋白降解、基因治疗等领域推动数字化创新,助力全球创新药企大幅提升药物研发效率和成功率。已成功为来自中国、美国、欧洲的30余家创新药企和顶级科研机构提供了结构生物学和药物发现服务。



02


业务范围


1、水木未来核心技术:


  • 基于结构优化的高通量膜蛋白表达体系

  • 基于冷冻电镜单颗粒技术(Cryo-EM Single Particle Analysis, Cryo-EM SPA)的蛋白结构解析

  • 基于MicroED微晶电子衍射技术(Micro-crystal Electron Diffraction, MicroED)的结构解析

  • 基于X-ray晶体学的蛋白结构解析

  • 基于冷冻电镜和AI算法的AAV病毒载体空实心比例检测(Empty‐to‐full Capsid Ratio)

  • 自主知识产权的还原氧化石墨烯载网技术

  • 基于结构的虚拟筛选技术(Structure-based Virtual Screening, SBVS)

  • 结合Cryo-EM原始数据和Deep Learning的生物大分子结构解析和建模










2、水木未来提供领先的蛋白结构解决方案


为了更好的协助科学家迎接复杂挑战,水木未来率先创新性的设计并推出了面向不同需求场景的标准产品和解决方案体系。利用快速标准的Survey评估和需求驱动的解决方案体系,降低复杂蛋白样本制备和结构解析中的不确定性。


  • Cryo-EM Survey标准评估

Survey 标准评估体系是对目标蛋白样本是否适合利用单颗粒技术进行结构解析,以及电镜解析难度、风险进行评估的手段,是进行正式的结构解析前的预试验,其结果对电镜图像采集和三维结构重构效果能够进行正相关性指导。根据Survey提示的信息,可以制定针对性的蛋白结构解析的优化方案。

 

  • Cryo-EM de novo determination解决方案

De novo 的定义为从头结构解析,是指对未被成功解析过结构的蛋白(或无可参考的同源蛋白结构)进行结构解析,创新性高且技术难度大。包括生命科学领域结构未知的蛋白,包括大型复合物,复杂膜蛋白及GPCR等药靶蛋白等。Survey标准评估+de novo解决方案是水木未来推动冷冻电镜服务商业化的重要创新。


  • Cryo-EM re-determination重解析解决方案

Re-determination重解析是指对已有成熟的冷冻电镜或晶体结构解析经验的靶点蛋白及其同源蛋白进行再解析,高通量和可快速重复是该产品的核心特征。


场景一:小分子和靶点蛋白复合物结构解析

通过高通量解析小分子和靶点蛋白复合物的冷冻电镜结构,可以有效鉴定先导化合物的结合位置,观测靶点蛋白别构效应等。


场景二:单克隆抗体识别表位鉴定(Epitope Mapping)

利用冷冻电镜可以对抗原抗体复合物的结构进行高分辨解析,冷冻电镜有望成为新一代的单克隆抗体识别表位鉴定“金标准”。

 

  • Crystal-X晶体结构解决方案

X-ray晶体学贡献了蛋白质数据库(PDB)中超过80%生物大分子的原子坐标,高质量的晶体是X-ray结构解析的的基础,但同时也是限制。基于冷冻透射电镜的MicroED微晶电子衍射技术可以摆脱对晶体大小和质量的限制,仅需百纳米级别微晶。基于此,水木未来Crystal-X晶体结构解决方案深度整合X-ray和MicroED技术的优势,可以实现极致0.5Å的完美晶体结构解析。

 

  • 基于受体生物大分子冷冻电镜结构的虚拟筛选解决方案

水木未来应用冷冻电镜技术数字化解码生命,观测到的大量真实世界数据能够加速新药研发。应用冷冻电镜技术获得受体生物大分子高分辨率的三维结构后,通过分子对接的方法,确定小分子与受体的结合构象,根据与结合能相关的亲合性打分函数对蛋白和小分子化合物的结合能力进行评价,最终利用大规模计算集群从超大规模化合物库中挑选出结合模式比较合理的、预测得分较高的化合物,用于后续的生物活性测试,是苗头化合物筛选和先导化合物验证的加速引擎。



03


业务范围



在生物大分子领域,水木未来借助冷冻电镜技术和AI的后期处理方法可以高效鉴定抗体表位,新冠中和抗体复合物分辨率达到3.4A,在全球范围内领先。

在小分子药物领域,观测蛋白质与药物结合前后及结合过程中的构象变化,为研发提供丰富的信息,可以快速精准破解药物潜在作用靶点结构,彻底改变新药研发的盲筛模式;分辨率达到2.3A。

已成功为来自中国、美国、欧洲的30余家创新药企和顶级科研机构提供了结构生物学和药物发现服务。代表客户有:安进、百济神州、诺和诺德、恒瑞医药、岸迈生物、百奥赛图、上海药物所、中国医学科学院药物研究所、华西医院、维泰瑞隆、纽福斯等。




04


团队力量





王宏伟

创始人王宏伟博士,现任清华大学教授、生命学院院长,清华大学人事处处长。





郭春龙

创始人郭春龙先生,担任公司董事长、CEO。百合网创始CEO,多年从事互联网和科技投资与管理。





程亦凡

公司科学家顾问程亦凡博士,美国科学院院士,美国文理学院院士,美国加州旧金山分校教授,HHMI教授,2013年领导实现冷冻电镜技术革命性突破性进展。





张强锋

公司科学家顾问张强锋博士,清华大学生命学院教授,从事计算结构生物学、人工智能等领域研究,公司人工智能领域带头人。





李雪明

公司科学家顾问李雪明博士,清华大学生命学院研究员,从事冷冻电镜方法学研究。





雷建林

公司科学家顾问雷建林博士,清华大学生命学院研究员,搭建了清华大学和西湖大学冷冻电镜平台。





祁海

公司科学家顾问祁海博士,清华大学教授,美国国立卫生研究院传染病与变态反应病研究所免疫实验室博士后。



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联系方式


邮箱:hi@shuimubio.com

官网:www.shuimubio.com



同写意新药英才俱乐部


同写意论坛是中国新药研发行业权威的多元化交流平台,十六年来共举办会议论坛百余期。“同写意新药英才俱乐部”基于同写意论坛而成立,早已成为众多新药英才的精神家园和中国新药思想的重要发源地之一。同写意在北京、苏州、深圳、成都设立多个管理中心负责同写意活动的运营。

尊享多重企业/机构会员特权


  • 分享庞大新药生态圈资源库;

  • 同写意活动优享折扣;

  • 会员专属坐席及专家交流机会;

  • 同写意活动优先赞助权;

  • 机构品牌活动策划与全方位推广;

  • 秘书处一对一贴心服务。

入会请联系同写意秘书处

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